inst/doc/GeneSelector.R

In GeneSelector: Stability and Aggregation of ranked gene lists

### R code from vignette source 'GeneSelector.rnw'

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### code chunk number 1: preliminaries
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library(GeneSelector)


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### code chunk number 2: preliminaries
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library(GeneSelector)


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### code chunk number 3: GeneSelector.rnw:119-124
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data(toydata)
y <- as.numeric(toydata[1,])
x <- as.matrix(toydata[-1,])
dim(x)
table(y)


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### code chunk number 4: GeneSelector.rnw:130-132
###################################################
par(mfrow=c(2,2))
for(i in 1:4) boxplot(x[i,]~y, main=paste("Gene", i))


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### code chunk number 5: GeneSelector.rnw:141-142
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ordT <- RankingTstat(x, y, type="unpaired")


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### code chunk number 6: GeneSelector.rnw:148-155
###################################################

getSlots("GeneRanking")
str(ordT)

show(ordT)
toplist(ordT)



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### code chunk number 7: GeneSelector.rnw:168-170
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loo <- GenerateFoldMatrix(y = y, k=1)
show(loo)


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### code chunk number 8: GeneSelector.rnw:176-179
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loor_ordT <- RepeatRanking(ordT, loo)



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### code chunk number 9: GeneSelector.rnw:184-187
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ex1r_ordT <- RepeatRanking(ordT, loo, scheme = "labelexchange")



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### code chunk number 10: GeneSelector.rnw:194-199
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boot <- GenerateBootMatrix(y = y, maxties=3, minclassize=5, repl=30)
show(boot)
boot_ordT <- RepeatRanking(ordT, boot)



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### code chunk number 11: GeneSelector.rnw:203-204
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noise_ordT <- RepeatRanking(ordT, varlist=list(genewise=TRUE, factor=1/10))


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### code chunk number 12: GeneSelector.rnw:209-210
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toplist(loor_ordT, show=FALSE)


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### code chunk number 13: GeneSelector.rnw:219-224
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par(mfrow=c(2,2))
plot(loor_ordT, col="blue", pch=".", cex=2.5, main = "jackknife")
plot(ex1r_ordT, col="blue", pch=".", cex=2.5, main = "label exchange")
plot(boot_ordT, col="blue", pch=".", cex=2.5, main = "bootstrap")
plot(noise_ordT, frac=1/10, col="blue", pch=".", cex=2.5, main = "noise")


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### code chunk number 14: GeneSelector.rnw:320-325
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stab_ex1r_ordT <- GetStabilityOverlap(ex1r_ordT, scheme = "original",
decay="linear")
show(stab_ex1r_ordT)



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### code chunk number 15: GeneSelector.rnw:332-336
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summary(stab_ex1r_ordT, measure = "intersection", display = "all", position = 10)
summary(stab_ex1r_ordT, measure = "overlapscore", display = "all", position = 10)



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### code chunk number 16: GeneSelector.rnw:351-352
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plot(stab_ex1r_ordT, frac = 1, mode = "mean")


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### code chunk number 17: GeneSelector.rnw:363-369
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stab_loo_ordT <- GetStabilityDistance(ex1r_ordT, scheme = "original", measure
= "spearman", decay="linear")
show(stab_loo_ordT)
summary(stab_loo_ordT, display = "all")



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### code chunk number 18: GeneSelector.rnw:380-385
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BaldiLongT <- RankingBaldiLong(x, y, type="unpaired")
FoxDimmicT <- RankingFoxDimmic(x, y, type="unpaired")
sam <- RankingSam(x, y, type="unpaired")
wilcox <- RankingWilcoxon(x, y, type="unpaired")
wilcoxeb <- RankingWilcEbam(x, y, type="unpaired")


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### code chunk number 19: GeneSelector.rnw:393-396
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Merged <- MergeMethods(list(ordT, BaldiLongT, FoxDimmicT, sam, wilcox, wilcoxeb))
HeatmapRankings(Merged, ind=1:40)



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### code chunk number 20: GeneSelector.rnw:409-420
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AggMean <- AggregateSimple(Merged, measure = "mean")
AggMC <- AggregateMC(Merged, type = "MCT", maxrank = 100)
GeneSel <- GeneSelector(list(ordT, BaldiLongT, FoxDimmicT, sam, wilcox,
wilcoxeb), threshold="user", maxrank=50)
show(GeneSel)
sel <- sum(slot(GeneSel, "selected"))

cbind(mean = toplist(AggMean, top = sel, show = F), MC = toplist(AggMC, top
= sel, show = F), GeneSelector = toplist(GeneSel, top = sel, show = F)[,1])



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### code chunk number 21: GeneSelector.rnw:436-439
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plot(GeneSel, which = 1)