R/AllGenerics.R

In cellbaseR: Querying annotation data from the high performance Cellbase web

# CellBaseR methods
#'@include commons.R
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setGeneric("getClinical", function(object, param)
standardGeneric("getClinical"))


setGeneric("getGene", function(object,ids,resource,param=NULL)
standardGeneric("getGene"))

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setGeneric("getRegion", function(object,ids,resource,param=NULL)
standardGeneric("getRegion"))

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###############################################################################
setGeneric("getSnp", function(object,ids,resource,param=NULL)
standardGeneric("getSnp"))

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setGeneric("getVariant", function(object,ids,resource,param=NULL)
standardGeneric("getVariant"))

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setGeneric("getCellBase", function(object, category, subcategory, ids, resource,
                                   param=NULL)
standardGeneric("getCellBase"))

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###############################################################################
setGeneric("getTf", function(object,ids,resource,param=NULL)
standardGeneric("getTf"))

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setGeneric("getTranscript", function(object,ids,resource,param=NULL)
standardGeneric("getTranscript"))

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##############################################################################
setGeneric("getXref", function(object,ids,resource,param=NULL)
standardGeneric("getXref"))

##############################################################################

##############################################################################
setGeneric("getProtein", function(object,ids,resource,param=NULL)
standardGeneric("getProtein"))

###############################################################################
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setGeneric("getChromosomeInfo", function(object,ids,resource,param=NULL)
standardGeneric("getChromosomeInfo"))

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setGeneric("getMeta", function(object, resource) 
standardGeneric("getMeta"))

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setGeneric("AnnotateVcf", function(object, file, batch_size,
                                   num_threads,
                                   BPPARAM=bpparam())
standardGeneric("AnnotateVcf"))