keggorth.R
In keggorthology: graph support for KO, KEGG Orthology

### R code from vignette source 'keggorth.Rnw'

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### code chunk number 1: lkkog
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library(keggorthology)
library(graph)
data(KOgraph)
KOgraph
nodes(KOgraph)[1:5]


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### code chunk number 2: lkr
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adj(KOgraph, nodes(KOgraph)[1])


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### code chunk number 3: lkpa
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library(RBGL)
sp.between(KOgraph, nodes(KOgraph)[1], "PPAR signaling pathway")


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### code chunk number 4: lkta
###################################################
nodeData(KOgraph,,"tag")[1:5]


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### code chunk number 5: lkde
###################################################
nodeData(KOgraph,,"depth")[1:5]


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### code chunk number 6: lkd
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getKOtags("insulin")


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### code chunk number 7: lkp
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library(hgu95av2.db)
mp = getKOprobes("Methionine")
library(ALL)
data(ALL)
ALL[mp,]


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### code chunk number 8: lksi
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sessionInfo()