Nothing
### R code from vignette source 'vignette.Rnw'
###################################################
### code chunk number 1: vignette.Rnw:80-81
###################################################
library(paircompviz)
###################################################
### code chunk number 2: vignette.Rnw:238-240
###################################################
library(multcomp)
head(cholesterol)
###################################################
### code chunk number 3: vignette.Rnw:245-246
###################################################
pairwise.t.test(cholesterol$response, cholesterol$trt)
###################################################
### code chunk number 4: cholesterolHasse
###################################################
paircomp(obj=cholesterol$response, grouping=cholesterol$trt, test="t")
###################################################
### code chunk number 5: bonfer
###################################################
paircomp(InsectSprays$count, InsectSprays$spray, test="t",
compress=TRUE, p.adjust.method="bonferroni")
###################################################
### code chunk number 6: tukeyHasse
###################################################
library(rpart) # for car90 dataset
library(multcomp) # for glht() and cld() functions
aovR <- aov(Price ~ Type, data = car90)
glhtR <- glht(aovR, linfct = mcp(Type = "Tukey"))
paircomp(glhtR, compress=FALSE)
###################################################
### code chunk number 7: tukeyCld
###################################################
cldR <- cld(glhtR)
par(mar=c(4, 3, 5, 1))
plot(cldR)
###################################################
### code chunk number 8: noCompress
###################################################
paircomp(InsectSprays$count, InsectSprays$spray, test="t",
compress=FALSE)
###################################################
### code chunk number 9: compress
###################################################
paircomp(InsectSprays$count, InsectSprays$spray, test="t",
compress=TRUE)
###################################################
### code chunk number 10: vignette.Rnw:420-423
###################################################
data("brokentrans")
tapply(brokentrans$x, brokentrans$g, mean)
pairwise.t.test(brokentrans$x, brokentrans$g, pool.sd=FALSE)
###################################################
### code chunk number 11: vignette.Rnw:440-458
###################################################
library(plyr)
experiment <- read.csv("result.csv")
experiment[!is.element(experiment$error, c("broken", "ok")), "error"] <- NA
experiment <- na.omit(experiment)
experiment$error <- factor(experiment$error)
experiment$test <- mapvalues(experiment$type,
from=c("prop",
"t pool.sd",
"t !pool.sd",
"tukey",
"wilcox"),
to=c("pairwise comparisons for proportions",
"t-test with pooled SD",
"t-test without pooled SD",
"Tukey test",
"Wilcoxon rank sum test"))
experiment$type <- NULL
#levels(experiment$pkg)
###################################################
### code chunk number 12: vignette.Rnw:472-482
###################################################
library(xtable)
ttt <- t(as.data.frame(table(experiment$nlev)))
sepIndex <- 9
ttt <- data.frame(rbind(ttt[, 1:sepIndex], ttt[, (sepIndex+1):ncol(ttt)]))
ttt <- cbind(rep(c('levels', 'frequency'), 2), ttt)
print(xtable(ttt, align=c('r', 'r', '|', rep('r', sepIndex))),
floating=FALSE,
include.rownames=FALSE,
include.colnames=FALSE,
hline.after=c(0, 2, 4))
###################################################
### code chunk number 13: vignette.Rnw:493-496
###################################################
library(reshape)
ttt <- as.data.frame(table(experiment[, c("test", "error")]) )
print(xtable(cast(ttt, test~error)), floating=FALSE, include.rownames=FALSE)
###################################################
### code chunk number 14: vignette.Rnw:506-511
###################################################
ttt <- experiment[experiment$error == 'broken', ]
ttt$X <- NULL
ttt$error <- NULL
colnames(ttt) <- c('package', 'dataset', 'obj', 'grouping', 'levels', 'test')
print(xtable(ttt), floating=FALSE, include.rownames=FALSE)
###################################################
### code chunk number 15: customHasse
###################################################
# create adjacency matrix
e <- matrix(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0,
1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0,
1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), nrow=8)
# remove transitive edges
e <- transReduct(e)
# draw Hasse diagram
hasse(e, v=LETTERS[1:8], main="")
Any scripts or data that you put into this service are public.
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.