ternarynet.R
In ternarynet: Ternary Network Estimation

### R code from vignette source 'ternarynet.Rnw'

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### code chunk number 1: ternarynet.Rnw:43-44
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library(ternarynet)


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### code chunk number 2: ternarynet.Rnw:59-65
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perturbationObj <- matrix(c(
1,0,0,0,0,	
0,1,0,0,0,	
0,0,1,0,0,	
0,0,0,1,0,
0,0,0,0,1),nrow=5,ncol=5,byrow=T)	


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### code chunk number 3: ternarynet.Rnw:67-68
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perturbationObj


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### code chunk number 4: ternarynet.Rnw:72-78
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steadyStateObj<-matrix(c(
 1, 0, 0, 0, 0,	
 0, 1, 1, 1, 0,
 0, 1, 1, 1, 0,	
 0, 1, 1, 1, 0,
 1, 0, 0, 0, 1),nrow=5,ncol=5,byrow=T)


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### code chunk number 5: ternarynet.Rnw:80-81
###################################################
steadyStateObj


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### code chunk number 6: ternarynet.Rnw:93-94
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tnfit <- tnetfit(steadyStateObj, perturbationObj, xSeed=11235)


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### code chunk number 7: ternarynet.Rnw:100-101
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plotTraces(tnfit)


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### code chunk number 8: ternarynet.Rnw:107-108
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tnpost <- tnetpost(tnfit, xSeed=11235)


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### code chunk number 9: ternarynet.Rnw:119-121
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attractorSummary(tnpost)
attractorSummary(tnpost, wildtype=FALSE)


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### code chunk number 10: ternarynet.Rnw:135-136
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graphPosterior(tnpost)


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### code chunk number 11: ternarynet.Rnw:147-148
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sessionInfo()