inst/doc/triform.R

In triform: Triform finds enriched regions (peaks) in transcription factor ChIP-sequencing data

### R code from vignette source 'triform.Rnw'

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### code chunk number 1: Loading triform
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library(triform)


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### code chunk number 2: Preprocessing BED files using configuration file
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config.file.path = system.file("extdata", "config.yml", package="triform")
data.file.path = system.file("extdata", package="triform")
preprocess(config.file.path, params=list(READ.PATH=data.file.path, COVER.PATH=data.file.path))


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### code chunk number 3: <Running triform using configuration file
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  triform(config.file.path, params=list(COVER.PATH=data.file.path))


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### code chunk number 4: session info
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  sessionInfo()