inst/doc/vignette.R

In ARTP: Gene and Pathway p-Values Computed using the Adaptive Rank Truncated Product

### R code from vignette source 'vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: vignette.Rnw:11-12
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library(ARTP)


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### code chunk number 2: vignette.Rnw:20-24
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pheno_file <- system.file("sampleData", "pheno_data.txt", package="ARTP")
geno_file  <- system.file("sampleData", "geno_data.txt", package="ARTP")
print(pheno_file)
print(geno_file)


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### code chunk number 3: vignette.Rnw:30-32
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pheno.list <- list(file=pheno_file, delimiter="\t", header=1, id.var="ID", 
                   response.var="Y", main.vars=c("X1", "X2"))


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### code chunk number 4: vignette.Rnw:38-39
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geno.list <- list(file=geno_file, delimiter="\t", file.type=2)


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### code chunk number 5: vignette.Rnw:44-46
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out.dir <- getwd()
print(out.dir)


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### code chunk number 6: vignette.Rnw:51-53
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gs_file  <- system.file("sampleData", "gene_SNP_data.txt", package="ARTP")
print(gs_file)


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### code chunk number 7: vignette.Rnw:57-58
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gs.list <- list(file=gs_file, snp.var="SNP", gene.var="Gene", delimiter="\t", header=1)


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### code chunk number 8: vignette.Rnw:65-67
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obs.outfile  <- paste(out.dir, "/", "obs.txt", sep="")
perm.outfile <- paste(out.dir, "/", "perm.txt", sep="") 


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### code chunk number 9: vignette.Rnw:72-74
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nperm   <- 50
op.list <- list(nperm=nperm, obs.outfile=obs.outfile, perm.outfile=perm.outfile, perm.method=2)


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### code chunk number 10: vignette.Rnw:78-79
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runPermutations(geno.list, pheno.list, 1, op=op.list)


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### code chunk number 11: vignette.Rnw:85-88
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set.seed(76523)
ret <- ARTP_pathway(obs.outfile, perm.outfile, nperm, out.dir, gene.list=gs.list)
print(ret)


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### code chunk number 12: vignette.Rnw:93-96
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set.seed(76523)
ret <- ARTP_pathway(obs.outfile, perm.outfile, nperm, out.dir)
print(ret)