BiSEp.R
In BiSEp: Toolkit to Identify Candidate Synthetic Lethality

### R code from vignette source 'BiSEp.Snw'

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### code chunk number 1: BiSEp.Snw:18-23
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require(BiSEp)
data(INPUT_data)

INPUT_data[1:2,1:6]


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### code chunk number 2: packages
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BISEP_data <- BISEP(INPUT_data)
biIndex <- BISEP_data$BI
bisepIndex <- BISEP_data$BISEP


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### code chunk number 3: BiSEp.Snw:40-43
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biIndex[1:10,]
bisepIndex[1:10,]


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### code chunk number 4: fig1
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plot(density(INPUT_data["TUSC3",]), main="TUSC3 Density Distribution")


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### code chunk number 5: fig2
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plot(density(INPUT_data["MLH1",]), main="MLH1 Density Distribution")


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### code chunk number 6: packages
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plot(density(INPUT_data["MLH1",]), main="MLH1 Density Distribution")


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### code chunk number 7: BiSEp.Snw:72-73
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BIGEE_out <- BIGEE(BISEP_data, sampleType="cell_line")


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### code chunk number 8: BiSEp.Snw:78-79
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BIGEE_out[1:4,]


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### code chunk number 9: fig3
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expressionPlot(BISEP_data, gene1="SMARCA4", gene2="SMARCA1")


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### code chunk number 10: fig4
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expressionPlot(BISEP_data, gene1="MTAP", gene2="MLH1")


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### code chunk number 11: BiSEp.Snw:101-103
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data(MUT_data)
MUT_data[1:4,1:10]


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### code chunk number 12: BiSEp.Snw:106-107
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BEEMout <- BEEM(BISEP_data, mutData=MUT_data, sampleType="cell_line",  minMut=40)


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### code chunk number 13: BiSEp.Snw:112-113
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BEEMout


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### code chunk number 14: fig5
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waterfallPlot(BISEP_data, MUT_data, expressionGene="MICB", 
mutationGene="PBRM1")


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### code chunk number 15: fig6
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waterfallPlot(BISEP_data, MUT_data, expressionGene="BOK", 
mutationGene="BRCA2")


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### code chunk number 16: packages
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fOut <- FURE(BIGEE_out[1,], inputType="BIGEE")
frPairs <- fOut$funcRedundantPairs
allPairs <- fOut$allPairs


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### code chunk number 17: BiSEp.Snw:145-146
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allPairs[1,]