R/getLOH.R

In CHAT: Clonal Heterogeneity Analysis Tool

getLOH <-
function(cali,sam.dat,para){
	oo<-cali$oo
	x0<-oo$x0
	y0<-oo$y0
	plist<-cali$plist
	type<-cali$type
	p<-cali$sam.p
	n0<-log2(1+(type-1)*p)+1
	nn<-type
	if(para$model==1){
		nn<-1 # consider only diploid non-aberrant cell mix-up
	}
	if(para$model==2){
		n0<-log2(nn)+1
	}
	if(para$is.tri){
		n0<-log2(2+p)
		b0<-abs(1/(2+p)-0.5)
		nn<-1
	}
	nc<-c(0,0)
	i<-c(1,2)
	ll<-(log(p*i+(1-p)*2*nn)/log(2)-n0)+y0
	bb<-abs((p*nc+(1-p)*nn)/(p*i+(1-p)*2*nn)-0.5)+x0
	if(para$is.tri)bb<-abs((p*nc+(1-p))/(p*i+(1-p)*2*nn)-0.5)+x0-b0
	del.loh<-c()
	cn.loh<-c()
	amp.3<-c()
	for(pp in plist){
		if(abs(sam.dat[pp,6]-bb[1])<para$std.BAF&abs(sam.dat[pp,4]-ll[1])<para$std.LRR){
			del.loh<-c(del.loh,pp)
		}
		if(abs(sam.dat[pp,6]-bb[2])<para$std.BAF&abs(sam.dat[pp,4]-ll[2])<para$std.LRR){
			cn.loh<-c(cn.loh,pp)
		}
	}
	i<-3
	nc<-1
	ll<-(log(p*i+(1-p)*2*nn)/log(2)-n0)+y0
	bb<-abs((p*nc+(1-p)*nn)/(p*i+(1-p)*2*nn)-0.5)+x0
	for(pp in plist){
		if(abs(sam.dat[pp,6]-bb[1])<para$std.BAF&abs(sam.dat[pp,4]-ll[1])<para$std.LRR){
			amp.3<-c(amp.3,pp)
		}
	}
	cali$del.loh<-del.loh
	cali$cn.loh<-cn.loh
	cali$amp.3<-amp.3
	return(cali)
}