inst/resources/scripts/book/gutten.r

In FAwR: Functions and Datasets for "Forest Analytics with R"

### R code from vignette source 'gutten.rnw'

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### code chunk number 1: gutten.rnw:4-5
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source("../../scripts/functions.R")


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### code chunk number 2: gutten.rnw:18-22
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gutten <- read.csv("../../data/gutten.csv")
names(gutten) <- tolower(names(gutten))
names(gutten)[names(gutten)=="diameter"] <- "dbh.cm"
str(gutten)


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### code chunk number 3: gutten.rnw:25-26
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str(gutten, vec.len = 3)


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### code chunk number 4: gutten.rnw:31-34
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gutten$site <- factor(gutten$site)
gutten$location <- factor(gutten$location)
gutten$tree.ID <- with(gutten, interaction(location, tree))


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### code chunk number 5: gutten.rnw:43-47
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with(unique(gutten[,c("site","location","tree.ID")]),
     table(location))
with(unique(gutten[,c("site","location","tree.ID")]),
     table(location, site))


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### code chunk number 6: gutten.rnw:56-57
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show.cols.with.na(gutten)


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### code chunk number 7: gutten.rnw:68-69
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max(gutten$height[is.na(gutten$dbh.cm)])


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### code chunk number 8: gutten.rnw:74-75
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gutten <- gutten[!is.na(gutten$dbh.cm),]