Nothing
R/avaliaVolumeAvancado2.R
In ITGM: Individual Tree Growth Modeling
## Copyright (C) 2016 Clayton Vieira Fraga Filho
##
## This program is free software; you can redistribute it and/or
## modify it under the terms of the GNU General Public License
## as published by the Free Software Foundation; either version 2
## of the License, or (at your option) any later version.
##
## This program is distributed in the hope that it will be useful,
## but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
## MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
## GNU General Public License for more details.
##
## You should have received a copy of the GNU General Public License
## along with this program; if not, write to the Free Software
## Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
##' @title evaluates Volume Advanced
##' @description this function performs an assessment of estimates of a variable as the forcefulness with expected
##' @param base data.frame with data in case of fragment base
##' @param basePredicao data.frame with data to use in ajust
##' @param baseProjecao data.frame with data to use in validation
##' @param mapeamento name of fields on base
##' @param modelos list of exclusive for base models
##' @param salvar list of param to save the files
##' @param graficos list of param to plot graphics
##' @param estatisticas list of param to caclc estatistics
##' @param forcePredict force the calculation without using predict?
##' @param dividirEm how divide the base in training and validation
##' @param percentualDeTreino how many percent will stay in the training group?
##' @param agruparPor name field of base is group of individuals
##' @param fnCalculaVolume list of estatistics results
##' @param rmColsSuspicious remove fields b0, b1, b2, b2 ... of bases?
##' @return will be returned a result of statistics and ranking of volume
##' @import Fgmutils
##' @importFrom grDevices dev.new
##' @importFrom graphics par
##' @importFrom utils capture.output write.csv
##' @export
avaliaVolumeAvancado2 <- function (base = NULL, basePredicao = NULL, baseProjecao = NULL,
mapeamento = list(dap1 = "dap1", dap2 = "dap2", ht1 = "ht1", ht2 = "ht2", idade2 = "idadearred2", parcela = "parcela", areacorr = "areacorr"),
modelos = NULL, salvar = NULL, graficos = NULL,
estatisticas = NULL, forcePredict = F, dividirEm = NULL,
percentualDeTreino = 0.7, agruparPor = NULL, fnCalculaVolume = calculaVolumeDefault,
rmColsSuspicious = F)
{
if (!is.null(basePredicao) && !is.null(baseProjecao))
base = basePredicao
if (is.null(base))
stop("informe a base que deseja usar para extrair as informacoes")
if (is.null(modelos))
stop("informe modelos a serem avaliados vide ITGM::getModelosLiteraturaExclusivos()")
save = dirDAP = dirHT = dirVOLUME = NULL
if (!is.null(salvar)) {
save = dirDAP = dirHT = dirVOLUME = salvar$diretorio
}
if (!is.null(salvar) && !is.null(salvar$diretorioDAP))
dirDAP = paste0(salvar$diretorio, salvar$diretorioDAP)
if (!is.null(salvar) && !is.null(salvar$diretorioHT))
dirHT = paste0(salvar$diretorio, salvar$diretorioHT)
if (!is.null(salvar) && !is.null(salvar$diretorioVOLUME))
dirVOLUME = paste0(salvar$diretorio, salvar$diretorioVOLUME)
suspCols = c("b0", "b1", "b2", "b3", "b4", "b5", "b6", "b7",
"b8", "b9")
if (rmColsSuspicious) {
if (!is.null(base))
base = removeColsSuspicious(base, intersect(names(base),
suspCols))
if (!is.null(basePredicao))
basePredicao = removeColsSuspicious(basePredicao,
intersect(names(basePredicao), suspCols))
if (!is.null(baseProjecao))
baseProjecao = removeColsSuspicious(baseProjecao,
intersect(names(baseProjecao), suspCols))
}
colunas = c()
if (!is.null(dividirEm))
colunas = union(colunas, dividirEm)
if (!is.null(agruparPor))
colunas = union(colunas, agruparPor)
for (i in 1:length(modelos)) colunas = union(colunas, getColumnsOfBase(base,
modelos[[i]]()[[2]]))
if (length((diff = intersect(colunas, suspCols))) > 0)
stop(paste0("A base contem campos com nomes suspeitos: <",
toString(diff), "> sao coeficientes de algum modelo? sugest: renomeie-os ou use rmColsSuspicious = T"))
if (!is.null(baseProjecao) && length((diff = intersect(names(baseProjecao),
suspCols))) > 0)
stop(paste0("A base de projecao contem campos com nomes suspeitos: <",
toString(diff), "> sao coeficientes de algum modelo? sugest: renomeie-os:\n \n baseProjecao2 = baseProjecao[, setdiff(names(baseProjecao), c(\"",
toString(diff), "\"))] ou use rmColsSuspicious = T"))
bw = list()
eval(parse(text = paste0("bw$", union(colunas, mapeamento),
" = base$", union(colunas, mapeamento))))
baseW = as.data.frame(bw)
baseTreino = basePredicao
if (is.null(basePredicao) || is.null(baseProjecao)) {
dftv = separaDados(baseW, dividirEm, percTraining = percentualDeTreino)
baseTreino = dftv$treino
baseProjecao = dftv$validacao
}
ranking = data.frame(b0 = double(), b1 = double(), rankingB0 = double(),
rankingB1 = double())
dfestatisticas = list()
nomes = list()
if (!is.null(agruparPor)) {
volumesPreditos = data.frame(k = baseProjecao[, agruparPor])
names(volumesPreditos)[[1]] = agruparPor
}
estatisticasV = estatisticasVAj = estatisticas
estatisticasV$baseDoAjuste = baseProjecao
estatisticasVAj$baseDoAjuste = baseTreino
if (!is.null(graficos) && !is.null(graficos$funcoes)) {
rw = length(modelos)
cl = 6 * length(graficos$funcoes)
for (i in 1:length(graficos$funcoes)) if (all.equal(graficos$funcoes[[i]],
getggplot2GraphicObservadoXEstimado) == T) {
cl = cl - 6
break
}
if (cl > 0 && is.null(save)) {
dev.new(width = cl * 2, height = rw * 2)
par(mfrow = c(rw, cl))
}
nms = c()
for (nm in 1:(6 * rw)) nms = union(nms, paste0("g", nm))
j = 1
}
comparativoAjuste = list()
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral = list(estatisticas = data.frame(DAP_OBSERVADO = basePredicao[,
mapeamento$dap2], HT_OBSERVADO = basePredicao[, mapeamento$ht2],
VOLUME_OBSERVADO = fnCalculaVolume(dap = basePredicao[,
mapeamento$dap2], ht = basePredicao[, mapeamento$ht2])),
estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP = list(estatisticas = data.frame(DAP_OBSERVADO = basePredicao[,
mapeamento$dap2]), estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT = list(estatisticas = data.frame(HT_OBSERVADO = basePredicao[,
mapeamento$ht2]), estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume = list(estatisticas = data.frame(VOLUME_OBSERVADO = comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$VOLUME_OBSERVADO),
estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoVal = list()
comparativoVal$estatisticasComparativoGeral = list(estatisticas = data.frame(DAP_OBSERVADO = baseProjecao[,
mapeamento$dap2], HT_OBSERVADO = baseProjecao[, mapeamento$ht2],
VOLUME_OBSERVADO = fnCalculaVolume(dap = baseProjecao[,
mapeamento$dap2], ht = baseProjecao[, mapeamento$ht2])),
estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoVal$estatisticasComparativoDAP = list(estatisticas = data.frame(DAP_OBSERVADO = baseProjecao[,
mapeamento$dap2]), estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoVal$estatisticasComparativoHT = list(estatisticas = data.frame(HT_OBSERVADO = baseProjecao[,
mapeamento$ht2]), estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoVal$estatisticasComparativoVolume = list(estatisticas = data.frame(VOLUME_OBSERVADO = comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$VOLUME_OBSERVADO),
estatisticasDoModelo = data.frame())
for (i in 1:length(modelos)) {
modelo = modelos[[i]]
estatisticasV$formula = estatisticasVAj$formula = modelo()[[2]]
nomes[i] = gsub("\\s", "", modelo()[[1]], perl = T)
dirToSaveVol = dirToSaveVolvalidacao = dirToSaveDAP = dirToSaveHT = dirToSaveDAPvalidacao = dirToSaveHTvalidacao = NULL
id = gsub("[.]", "*", modelo()[[1]], perl = T)
if (!is.null(save)) {
dirToSaveDAP = paste0(dirDAP, nomes[i], "/")
dirToSaveHT = paste0(dirHT, nomes[i], "/")
dirToSaveVol = paste0(dirVOLUME, nomes[i], "/")
dirToSaveDAPvalidacao = paste0(dirToSaveDAP, "validacao/")
dirToSaveHTvalidacao = paste0(dirToSaveHT, "validacao/")
dirToSaveVolvalidacao = paste0(dirToSaveVol, "validacao/")
}
if (!is.null(graficos)) {
graficos$mapeamento = mapeamento
}
grafic1 = grafic2 = grafic3 = grafic4 = grafic5 = grafic6 = graficos
if (!is.null(graficos)) {
if (!is.null(save)) {
grafic1$save = dirToSaveDAP
grafic2$save = dirToSaveHT
grafic3$save = dirToSaveVolvalidacao
grafic4$save = dirToSaveDAPvalidacao
grafic5$save = dirToSaveHTvalidacao
grafic6$save = dirToSaveVol
}
grafic1$titulo = grafic1$nome = paste0(nomes[i],
" DAP Ajuste")
grafic2$titulo = grafic2$nome = paste0(nomes[i],
" HT Ajuste")
grafic3$titulo = grafic3$nome = paste0(nomes[i],
" Volume Validacao")
grafic6$titulo = grafic6$nome = paste0(nomes[i],
" Volume Ajuste")
grafic4$titulo = grafic4$nome = paste0(nomes[i],
" DAP Validacao")
grafic5$titulo = grafic5$nome = paste0(nomes[i],
" HT Validacao")
grafic1$desc = paste0("ajuste.", id, ".dap")
grafic2$desc = paste0("ajuste.", id, ".ht")
grafic6$desc = paste0("ajuste.", id, ".volume")
grafic4$desc = paste0("validacao.", id, ".dap")
grafic5$desc = paste0("validacao.", id, ".ht")
grafic3$desc = paste0("validacao.", id, ".volume")
grafic1$data = grafic2$data = grafic6$data = baseTreino
grafic3$data = grafic4$data = grafic5$data = baseProjecao
grafic1$nomeParaExibir = nms[[j]]
grafic4$nomeParaExibir = nms[[j + 1]]
grafic2$nomeParaExibir = nms[[j + 2]]
grafic5$nomeParaExibir = nms[[j + 3]]
grafic3$nomeParaExibir = nms[[j + 4]]
grafic6$nomeParaExibir = nms[[j + 5]]
j = j + 6
}
estatistica = avaliaEstimativas(observado = comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$VOLUME_OBSERVADO,
estimado = (comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])] = (comparativoVal$estatisticasComparativoVolume$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])] = (fnCalculaVolume(dap = ((ajusteDAPVAL = avaliaEstimativas(observado = baseProjecao[,
mapeamento$dap2], estimado = (comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("DAP_ESTIMADO_", nomes[i])] = (comparativoVal$estatisticasComparativoDAP$estatisticas[,
paste0("DAP_ESTIMADO_", nomes[i])] = (predizer(ajuste = (ajusteDAP = (avaliaEstimativas(observado = baseTreino[,
mapeamento$dap2], estimado = NULL, ajuste = modelo(y1 = mapeamento$dap1,
y2 = mapeamento$dap2, base = baseTreino), graficos = grafic1,
estatisticas = estatisticas, salvarEm = dirToSaveDAP,
nome = paste0("ajuste DAP ", nomes[i]))))$ajuste,
newdata = baseProjecao, force = forcePredict)))),
graficos = grafic4, estatisticas = estatisticasV,
salvarEm = dirToSaveDAPvalidacao, nome = paste0("validacao DAP ",
nomes[i])))$estimado), ht = ((ajusteHTVAL = avaliaEstimativas(observado = baseProjecao[,
mapeamento$ht2], estimado = (comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("HT_ESTIMADO_", nomes[i])] = (comparativoVal$estatisticasComparativoHT$estatisticas[,
paste0("HT_ESTIMADO_", nomes[i])] = (predizer(ajuste = (ajusteHT = (avaliaEstimativas(observado = baseTreino[,
mapeamento$ht2], estimado = NULL, ajuste = modelo(y1 = mapeamento$ht1,
y2 = mapeamento$ht2, base = baseTreino), graficos = grafic2,
estatisticas = estatisticas, salvarEm = dirToSaveHT,
nome = paste0("ajuste HT ", nomes[i]))))$ajuste,
newdata = baseProjecao, force = forcePredict)))),
graficos = grafic5, estatisticas = estatisticasV,
salvarEm = dirToSaveHTvalidacao, nome = paste0("validacao HT ",
nomes[i])))$estimado))))), graficos = grafic3,
estatisticas = estatisticasV, salvarEm = dirToSaveVolvalidacao,
nome = paste0("validacao Volume ", nomes[i]))
estatistica$estatisticas$ajusteDAP = ajusteDAP$ajuste
estatistica$estatisticas$ajusteHT = ajusteHT$ajuste
estatt = estatistica$estatisticas$estatisticas
estatistica$estatisticas$estatisticas = cbind(baseProjecao,
estatistica$estatisticas$estatisticas)
eval(parse(text = paste0("dfestatisticas$", nomes[i],
" = estatistica")))
if (!is.null(agruparPor))
eval(parse(text = paste0("volumesPreditos$", nomes[i],
" = estatistica$estimado")))
ranking = rbind(ranking, estatistica$ranking)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("DAP_ESTIMADO_", nomes[i])] = ajusteDAP$estimado
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("HT_ESTIMADO_", nomes[i])] = ajusteHT$estimado
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])] = fnCalculaVolume(dap = ajusteDAP$estimado,
ht = ajusteHT$estimado)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP$estatisticas[,
paste0("DAP_ESTIMADO_", nomes[i])] = ajusteDAP$estimado
comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT$estatisticas[,
paste0("HT_ESTIMADO_", nomes[i])] = ajusteDAP$estimado
comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])] = fnCalculaVolume(dap = ajusteDAP$estimado,
ht = ajusteHT$estimado)
estatt2 = avaliaEstimativas(observado = comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$VOLUME_OBSERVADO,
estimado = comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])], estatisticas = estatisticasVAj,
salvarEm = dirToSaveVol, graficos = grafic6, nome = paste0("ajuste Volume ",
nomes[i]))
for (name in names(estatt2$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = estatt2$estatisticas$estatisticas",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = estatt2$estatisticas$estatisticas",
name)))
}
for (name in names(ajusteDAP$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$DAP_",
name, "_", nomes[i], " = ajusteDAP$estatisticas$estatisticas$",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = ajusteDAP$estatisticas$estatisticas$",
name)))
}
for (name in names(ajusteHT$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$HT_",
name, "_", nomes[i], " = ajusteHT$estatisticas$estatisticas$",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = ajusteHT$estatisticas$estatisticas$",
name)))
}
if (i == 1) {
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticasDoModelo = data.frame(name = estatt2$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume$estatisticasDoModelo = data.frame(name = estatt2$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP$estatisticasDoModelo = data.frame(name = ajusteDAP$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT$estatisticasDoModelo = data.frame(name = ajusteHT$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
}
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = estatt2$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = ajusteDAP$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = ajusteHT$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = estatt2$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
for (name in names(estatt)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = estatt$", name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoVolume$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = estatt$", name)))
}
for (name in names(ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$DAP_",
name, "_", nomes[i], " = ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticas$",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoDAP$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticas$",
name)))
}
for (name in names(ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$HT_",
name, "_", nomes[i], " = ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticas$",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoHT$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticas$",
name)))
}
if (i == 1) {
comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticasDoModelo = data.frame(name = estatistica$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoVal$estatisticasComparativoVolume$estatisticasDoModelo = data.frame(name = estatistica$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoVal$estatisticasComparativoDAP$estatisticasDoModelo = data.frame(name = ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoVal$estatisticasComparativoHT$estatisticasDoModelo = data.frame(name = ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
}
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = estatistica$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoDAP$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoHT$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoVolume$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = estatistica$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
}
salvarComparativo <- function(comparativoAjuste, comparativoVal,
local, prefixo) {
write.csv(x = comparativoAjuste$estatisticas, file = paste0(local,
"comparativo ( ", prefixo, " ) de AJUSTE de modelos - estatisticas.csv"))
write.csv(x = comparativoAjuste$estatisticasDoModelo,
file = paste0(local, "comparativo ( ", prefixo, " ) de AJUSTE de modelos - estatistica dos modelos.csv"))
write.csv(x = comparativoVal$estatisticas, file = paste0(local,
"comparativo ( ", prefixo, " ) da VALIDACAO dos modelos - estatisticas.csv"))
write.csv(x = comparativoVal$estatisticasDoModelo, file = paste0(local,
"comparativo ( ", prefixo, " ) da VALIDACAO dos modelos - estatistica dos modelos.csv"))
}
if (!is.null(save))
salvarComparativo(comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral,
comparativoVal$estatisticasComparativoGeral, save,
"GERAL")
if (!is.null(dirDAP))
salvarComparativo(comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP,
comparativoVal$estatisticasComparativoDAP, dirDAP,
"DAP")
if (!is.null(dirHT))
salvarComparativo(comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT,
comparativoVal$estatisticasComparativoHT, dirHT,
"HT")
if (!is.null(dirVOLUME))
salvarComparativo(comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume,
comparativoVal$estatisticasComparativoVolume, dirVOLUME,
"VOLUME")
rownames(ranking) = nomes
ranking = ranking[order(ranking$rankingB0, ranking$rankingB1),
]
ranking$rank = list(1:nrow(ranking))[[1]]
rank = ranking[, c("rank", "b0", "b1")]
if (!is.null(salvar))
capture.output(rank, file = paste0(salvar$diretorio,
" rank Test F.txt"))
print(rank)
if (!is.null(agruparPor)) {
str = paste0("SELECT ", agruparPor, ", SUM(", nomes[1],
") AS '", nomes[1], "'")
if (2 <= length(nomes))
for (i in 2:length(nomes)) str = paste0(str, ", SUM(",
nomes[i], ") AS '", nomes[i], "'")
str = paste0(str, "from volumesPreditos GROUP BY ", agruparPor)
if (!is.null(save)) {
write.csv(x = basePredicao, file = paste0(save, "basePredicao.csv"))
write.csv(x = baseProjecao, file = paste0(save, "baseProjecao.csv"))
}
print("agrupando...")
volumesPreditos = sqldf(str)
print("atribuindo...")
data = atualizaCampoBase(camposAtualizar = setdiff(names(volumesPreditos),
agruparPor), baseAgrupada = volumesPreditos, baseAtualizar = baseW,
keys = agruparPor)
}
else {
data = list(predicao = baseTreino, projecao = baseProjecao)
}
return(list(estatisticas = dfestatisticas, base = data, ranking = rank,
comparativoAjuste = comparativoAjuste, comparativoValidacao = comparativoVal))
}
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ITGM documentation built on Jan. 20, 2021, 5:06 p.m.
R Package Documentation
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## but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
## MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
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## along with this program; if not, write to the Free Software
## Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
##' @title evaluates Volume Advanced
##' @description this function performs an assessment of estimates of a variable as the forcefulness with expected
##' @param base data.frame with data in case of fragment base
##' @param basePredicao data.frame with data to use in ajust
##' @param baseProjecao data.frame with data to use in validation
##' @param mapeamento name of fields on base
##' @param modelos list of exclusive for base models
##' @param salvar list of param to save the files
##' @param graficos list of param to plot graphics
##' @param estatisticas list of param to caclc estatistics
##' @param forcePredict force the calculation without using predict?
##' @param dividirEm how divide the base in training and validation
##' @param percentualDeTreino how many percent will stay in the training group?
##' @param agruparPor name field of base is group of individuals
##' @param fnCalculaVolume list of estatistics results
##' @param rmColsSuspicious remove fields b0, b1, b2, b2 ... of bases?
##' @return will be returned a result of statistics and ranking of volume
##' @import Fgmutils
##' @importFrom grDevices dev.new
##' @importFrom graphics par
##' @importFrom utils capture.output write.csv
##' @export
avaliaVolumeAvancado2 <- function (base = NULL, basePredicao = NULL, baseProjecao = NULL,
mapeamento = list(dap1 = "dap1", dap2 = "dap2", ht1 = "ht1", ht2 = "ht2", idade2 = "idadearred2", parcela = "parcela", areacorr = "areacorr"),
modelos = NULL, salvar = NULL, graficos = NULL,
estatisticas = NULL, forcePredict = F, dividirEm = NULL,
percentualDeTreino = 0.7, agruparPor = NULL, fnCalculaVolume = calculaVolumeDefault,
rmColsSuspicious = F)
{
if (!is.null(basePredicao) && !is.null(baseProjecao))
base = basePredicao
if (is.null(base))
stop("informe a base que deseja usar para extrair as informacoes")
if (is.null(modelos))
stop("informe modelos a serem avaliados vide ITGM::getModelosLiteraturaExclusivos()")
save = dirDAP = dirHT = dirVOLUME = NULL
if (!is.null(salvar)) {
save = dirDAP = dirHT = dirVOLUME = salvar$diretorio
}
if (!is.null(salvar) && !is.null(salvar$diretorioDAP))
dirDAP = paste0(salvar$diretorio, salvar$diretorioDAP)
if (!is.null(salvar) && !is.null(salvar$diretorioHT))
dirHT = paste0(salvar$diretorio, salvar$diretorioHT)
if (!is.null(salvar) && !is.null(salvar$diretorioVOLUME))
dirVOLUME = paste0(salvar$diretorio, salvar$diretorioVOLUME)
suspCols = c("b0", "b1", "b2", "b3", "b4", "b5", "b6", "b7",
"b8", "b9")
if (rmColsSuspicious) {
if (!is.null(base))
base = removeColsSuspicious(base, intersect(names(base),
suspCols))
if (!is.null(basePredicao))
basePredicao = removeColsSuspicious(basePredicao,
intersect(names(basePredicao), suspCols))
if (!is.null(baseProjecao))
baseProjecao = removeColsSuspicious(baseProjecao,
intersect(names(baseProjecao), suspCols))
}
colunas = c()
if (!is.null(dividirEm))
colunas = union(colunas, dividirEm)
if (!is.null(agruparPor))
colunas = union(colunas, agruparPor)
for (i in 1:length(modelos)) colunas = union(colunas, getColumnsOfBase(base,
modelos[[i]]()[[2]]))
if (length((diff = intersect(colunas, suspCols))) > 0)
stop(paste0("A base contem campos com nomes suspeitos: <",
toString(diff), "> sao coeficientes de algum modelo? sugest: renomeie-os ou use rmColsSuspicious = T"))
if (!is.null(baseProjecao) && length((diff = intersect(names(baseProjecao),
suspCols))) > 0)
stop(paste0("A base de projecao contem campos com nomes suspeitos: <",
toString(diff), "> sao coeficientes de algum modelo? sugest: renomeie-os:\n \n baseProjecao2 = baseProjecao[, setdiff(names(baseProjecao), c(\"",
toString(diff), "\"))] ou use rmColsSuspicious = T"))
bw = list()
eval(parse(text = paste0("bw$", union(colunas, mapeamento),
" = base$", union(colunas, mapeamento))))
baseW = as.data.frame(bw)
baseTreino = basePredicao
if (is.null(basePredicao) || is.null(baseProjecao)) {
dftv = separaDados(baseW, dividirEm, percTraining = percentualDeTreino)
baseTreino = dftv$treino
baseProjecao = dftv$validacao
}
ranking = data.frame(b0 = double(), b1 = double(), rankingB0 = double(),
rankingB1 = double())
dfestatisticas = list()
nomes = list()
if (!is.null(agruparPor)) {
volumesPreditos = data.frame(k = baseProjecao[, agruparPor])
names(volumesPreditos)[[1]] = agruparPor
}
estatisticasV = estatisticasVAj = estatisticas
estatisticasV$baseDoAjuste = baseProjecao
estatisticasVAj$baseDoAjuste = baseTreino
if (!is.null(graficos) && !is.null(graficos$funcoes)) {
rw = length(modelos)
cl = 6 * length(graficos$funcoes)
for (i in 1:length(graficos$funcoes)) if (all.equal(graficos$funcoes[[i]],
getggplot2GraphicObservadoXEstimado) == T) {
cl = cl - 6
break
}
if (cl > 0 && is.null(save)) {
dev.new(width = cl * 2, height = rw * 2)
par(mfrow = c(rw, cl))
}
nms = c()
for (nm in 1:(6 * rw)) nms = union(nms, paste0("g", nm))
j = 1
}
comparativoAjuste = list()
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral = list(estatisticas = data.frame(DAP_OBSERVADO = basePredicao[,
mapeamento$dap2], HT_OBSERVADO = basePredicao[, mapeamento$ht2],
VOLUME_OBSERVADO = fnCalculaVolume(dap = basePredicao[,
mapeamento$dap2], ht = basePredicao[, mapeamento$ht2])),
estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP = list(estatisticas = data.frame(DAP_OBSERVADO = basePredicao[,
mapeamento$dap2]), estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT = list(estatisticas = data.frame(HT_OBSERVADO = basePredicao[,
mapeamento$ht2]), estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume = list(estatisticas = data.frame(VOLUME_OBSERVADO = comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$VOLUME_OBSERVADO),
estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoVal = list()
comparativoVal$estatisticasComparativoGeral = list(estatisticas = data.frame(DAP_OBSERVADO = baseProjecao[,
mapeamento$dap2], HT_OBSERVADO = baseProjecao[, mapeamento$ht2],
VOLUME_OBSERVADO = fnCalculaVolume(dap = baseProjecao[,
mapeamento$dap2], ht = baseProjecao[, mapeamento$ht2])),
estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoVal$estatisticasComparativoDAP = list(estatisticas = data.frame(DAP_OBSERVADO = baseProjecao[,
mapeamento$dap2]), estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoVal$estatisticasComparativoHT = list(estatisticas = data.frame(HT_OBSERVADO = baseProjecao[,
mapeamento$ht2]), estatisticasDoModelo = data.frame())
comparativoVal$estatisticasComparativoVolume = list(estatisticas = data.frame(VOLUME_OBSERVADO = comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$VOLUME_OBSERVADO),
estatisticasDoModelo = data.frame())
for (i in 1:length(modelos)) {
modelo = modelos[[i]]
estatisticasV$formula = estatisticasVAj$formula = modelo()[[2]]
nomes[i] = gsub("\\s", "", modelo()[[1]], perl = T)
dirToSaveVol = dirToSaveVolvalidacao = dirToSaveDAP = dirToSaveHT = dirToSaveDAPvalidacao = dirToSaveHTvalidacao = NULL
id = gsub("[.]", "*", modelo()[[1]], perl = T)
if (!is.null(save)) {
dirToSaveDAP = paste0(dirDAP, nomes[i], "/")
dirToSaveHT = paste0(dirHT, nomes[i], "/")
dirToSaveVol = paste0(dirVOLUME, nomes[i], "/")
dirToSaveDAPvalidacao = paste0(dirToSaveDAP, "validacao/")
dirToSaveHTvalidacao = paste0(dirToSaveHT, "validacao/")
dirToSaveVolvalidacao = paste0(dirToSaveVol, "validacao/")
}
if (!is.null(graficos)) {
graficos$mapeamento = mapeamento
}
grafic1 = grafic2 = grafic3 = grafic4 = grafic5 = grafic6 = graficos
if (!is.null(graficos)) {
if (!is.null(save)) {
grafic1$save = dirToSaveDAP
grafic2$save = dirToSaveHT
grafic3$save = dirToSaveVolvalidacao
grafic4$save = dirToSaveDAPvalidacao
grafic5$save = dirToSaveHTvalidacao
grafic6$save = dirToSaveVol
}
grafic1$titulo = grafic1$nome = paste0(nomes[i],
" DAP Ajuste")
grafic2$titulo = grafic2$nome = paste0(nomes[i],
" HT Ajuste")
grafic3$titulo = grafic3$nome = paste0(nomes[i],
" Volume Validacao")
grafic6$titulo = grafic6$nome = paste0(nomes[i],
" Volume Ajuste")
grafic4$titulo = grafic4$nome = paste0(nomes[i],
" DAP Validacao")
grafic5$titulo = grafic5$nome = paste0(nomes[i],
" HT Validacao")
grafic1$desc = paste0("ajuste.", id, ".dap")
grafic2$desc = paste0("ajuste.", id, ".ht")
grafic6$desc = paste0("ajuste.", id, ".volume")
grafic4$desc = paste0("validacao.", id, ".dap")
grafic5$desc = paste0("validacao.", id, ".ht")
grafic3$desc = paste0("validacao.", id, ".volume")
grafic1$data = grafic2$data = grafic6$data = baseTreino
grafic3$data = grafic4$data = grafic5$data = baseProjecao
grafic1$nomeParaExibir = nms[[j]]
grafic4$nomeParaExibir = nms[[j + 1]]
grafic2$nomeParaExibir = nms[[j + 2]]
grafic5$nomeParaExibir = nms[[j + 3]]
grafic3$nomeParaExibir = nms[[j + 4]]
grafic6$nomeParaExibir = nms[[j + 5]]
j = j + 6
}
estatistica = avaliaEstimativas(observado = comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$VOLUME_OBSERVADO,
estimado = (comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])] = (comparativoVal$estatisticasComparativoVolume$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])] = (fnCalculaVolume(dap = ((ajusteDAPVAL = avaliaEstimativas(observado = baseProjecao[,
mapeamento$dap2], estimado = (comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("DAP_ESTIMADO_", nomes[i])] = (comparativoVal$estatisticasComparativoDAP$estatisticas[,
paste0("DAP_ESTIMADO_", nomes[i])] = (predizer(ajuste = (ajusteDAP = (avaliaEstimativas(observado = baseTreino[,
mapeamento$dap2], estimado = NULL, ajuste = modelo(y1 = mapeamento$dap1,
y2 = mapeamento$dap2, base = baseTreino), graficos = grafic1,
estatisticas = estatisticas, salvarEm = dirToSaveDAP,
nome = paste0("ajuste DAP ", nomes[i]))))$ajuste,
newdata = baseProjecao, force = forcePredict)))),
graficos = grafic4, estatisticas = estatisticasV,
salvarEm = dirToSaveDAPvalidacao, nome = paste0("validacao DAP ",
nomes[i])))$estimado), ht = ((ajusteHTVAL = avaliaEstimativas(observado = baseProjecao[,
mapeamento$ht2], estimado = (comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("HT_ESTIMADO_", nomes[i])] = (comparativoVal$estatisticasComparativoHT$estatisticas[,
paste0("HT_ESTIMADO_", nomes[i])] = (predizer(ajuste = (ajusteHT = (avaliaEstimativas(observado = baseTreino[,
mapeamento$ht2], estimado = NULL, ajuste = modelo(y1 = mapeamento$ht1,
y2 = mapeamento$ht2, base = baseTreino), graficos = grafic2,
estatisticas = estatisticas, salvarEm = dirToSaveHT,
nome = paste0("ajuste HT ", nomes[i]))))$ajuste,
newdata = baseProjecao, force = forcePredict)))),
graficos = grafic5, estatisticas = estatisticasV,
salvarEm = dirToSaveHTvalidacao, nome = paste0("validacao HT ",
nomes[i])))$estimado))))), graficos = grafic3,
estatisticas = estatisticasV, salvarEm = dirToSaveVolvalidacao,
nome = paste0("validacao Volume ", nomes[i]))
estatistica$estatisticas$ajusteDAP = ajusteDAP$ajuste
estatistica$estatisticas$ajusteHT = ajusteHT$ajuste
estatt = estatistica$estatisticas$estatisticas
estatistica$estatisticas$estatisticas = cbind(baseProjecao,
estatistica$estatisticas$estatisticas)
eval(parse(text = paste0("dfestatisticas$", nomes[i],
" = estatistica")))
if (!is.null(agruparPor))
eval(parse(text = paste0("volumesPreditos$", nomes[i],
" = estatistica$estimado")))
ranking = rbind(ranking, estatistica$ranking)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("DAP_ESTIMADO_", nomes[i])] = ajusteDAP$estimado
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("HT_ESTIMADO_", nomes[i])] = ajusteHT$estimado
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])] = fnCalculaVolume(dap = ajusteDAP$estimado,
ht = ajusteHT$estimado)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP$estatisticas[,
paste0("DAP_ESTIMADO_", nomes[i])] = ajusteDAP$estimado
comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT$estatisticas[,
paste0("HT_ESTIMADO_", nomes[i])] = ajusteDAP$estimado
comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])] = fnCalculaVolume(dap = ajusteDAP$estimado,
ht = ajusteHT$estimado)
estatt2 = avaliaEstimativas(observado = comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$VOLUME_OBSERVADO,
estimado = comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas[,
paste0("VOLUME_ESTIMADO_", nomes[i])], estatisticas = estatisticasVAj,
salvarEm = dirToSaveVol, graficos = grafic6, nome = paste0("ajuste Volume ",
nomes[i]))
for (name in names(estatt2$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = estatt2$estatisticas$estatisticas",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = estatt2$estatisticas$estatisticas",
name)))
}
for (name in names(ajusteDAP$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$DAP_",
name, "_", nomes[i], " = ajusteDAP$estatisticas$estatisticas$",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = ajusteDAP$estatisticas$estatisticas$",
name)))
}
for (name in names(ajusteHT$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$HT_",
name, "_", nomes[i], " = ajusteHT$estatisticas$estatisticas$",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = ajusteHT$estatisticas$estatisticas$",
name)))
}
if (i == 1) {
comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticasDoModelo = data.frame(name = estatt2$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume$estatisticasDoModelo = data.frame(name = estatt2$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP$estatisticasDoModelo = data.frame(name = ajusteDAP$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT$estatisticasDoModelo = data.frame(name = ajusteHT$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
}
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = estatt2$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = ajusteDAP$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = ajusteHT$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = estatt2$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
for (name in names(estatt)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = estatt$", name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoVolume$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = estatt$", name)))
}
for (name in names(ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$DAP_",
name, "_", nomes[i], " = ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticas$",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoDAP$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticas$",
name)))
}
for (name in names(ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticas)) {
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticas$HT_",
name, "_", nomes[i], " = ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticas$",
name)))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoHT$estatisticas$",
name, "_", nomes[i], " = ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticas$",
name)))
}
if (i == 1) {
comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticasDoModelo = data.frame(name = estatistica$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoVal$estatisticasComparativoVolume$estatisticasDoModelo = data.frame(name = estatistica$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoVal$estatisticasComparativoDAP$estatisticasDoModelo = data.frame(name = ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
comparativoVal$estatisticasComparativoHT$estatisticasDoModelo = data.frame(name = ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticasDoModelo$name)
}
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoGeral$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = estatistica$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoDAP$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = ajusteDAPVAL$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoHT$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = ajusteHTVAL$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
eval(parse(text = paste0("comparativoVal$estatisticasComparativoVolume$estatisticasDoModelo$value_",
nomes[i], " = estatistica$estatisticas$estatisticasDoModelo$value")))
}
salvarComparativo <- function(comparativoAjuste, comparativoVal,
local, prefixo) {
write.csv(x = comparativoAjuste$estatisticas, file = paste0(local,
"comparativo ( ", prefixo, " ) de AJUSTE de modelos - estatisticas.csv"))
write.csv(x = comparativoAjuste$estatisticasDoModelo,
file = paste0(local, "comparativo ( ", prefixo, " ) de AJUSTE de modelos - estatistica dos modelos.csv"))
write.csv(x = comparativoVal$estatisticas, file = paste0(local,
"comparativo ( ", prefixo, " ) da VALIDACAO dos modelos - estatisticas.csv"))
write.csv(x = comparativoVal$estatisticasDoModelo, file = paste0(local,
"comparativo ( ", prefixo, " ) da VALIDACAO dos modelos - estatistica dos modelos.csv"))
}
if (!is.null(save))
salvarComparativo(comparativoAjuste$estatisticasComparativoGeral,
comparativoVal$estatisticasComparativoGeral, save,
"GERAL")
if (!is.null(dirDAP))
salvarComparativo(comparativoAjuste$estatisticasComparativoDAP,
comparativoVal$estatisticasComparativoDAP, dirDAP,
"DAP")
if (!is.null(dirHT))
salvarComparativo(comparativoAjuste$estatisticasComparativoHT,
comparativoVal$estatisticasComparativoHT, dirHT,
"HT")
if (!is.null(dirVOLUME))
salvarComparativo(comparativoAjuste$estatisticasComparativoVolume,
comparativoVal$estatisticasComparativoVolume, dirVOLUME,
"VOLUME")
rownames(ranking) = nomes
ranking = ranking[order(ranking$rankingB0, ranking$rankingB1),
]
ranking$rank = list(1:nrow(ranking))[[1]]
rank = ranking[, c("rank", "b0", "b1")]
if (!is.null(salvar))
capture.output(rank, file = paste0(salvar$diretorio,
" rank Test F.txt"))
print(rank)
if (!is.null(agruparPor)) {
str = paste0("SELECT ", agruparPor, ", SUM(", nomes[1],
") AS '", nomes[1], "'")
if (2 <= length(nomes))
for (i in 2:length(nomes)) str = paste0(str, ", SUM(",
nomes[i], ") AS '", nomes[i], "'")
str = paste0(str, "from volumesPreditos GROUP BY ", agruparPor)
if (!is.null(save)) {
write.csv(x = basePredicao, file = paste0(save, "basePredicao.csv"))
write.csv(x = baseProjecao, file = paste0(save, "baseProjecao.csv"))
}
print("agrupando...")
volumesPreditos = sqldf(str)
print("atribuindo...")
data = atualizaCampoBase(camposAtualizar = setdiff(names(volumesPreditos),
agruparPor), baseAgrupada = volumesPreditos, baseAtualizar = baseW,
keys = agruparPor)
}
else {
data = list(predicao = baseTreino, projecao = baseProjecao)
}
return(list(estatisticas = dfestatisticas, base = data, ranking = rank,
comparativoAjuste = comparativoAjuste, comparativoValidacao = comparativoVal))
}
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