Nothing
### R code from vignette source 'vignette.Rnw'
### Encoding: UTF-8
###################################################
### code chunk number 1: vignette.Rnw:395-404 (eval = FALSE)
###################################################
## library("MNS")
## set.seed(1)
## N=3
## Net = gen.Network(method = "cohort", p = 20,
## Nsub = N, sparsity = .2,
## REsize = 20, REprob = .5,
## REnoise = 1)
## # plot simulated networks:
## plot(Net, view="sub")
###################################################
### code chunk number 2: vignette.Rnw:447-452 (eval = FALSE)
###################################################
## library("MNS")
## set.seed(1)
## Net = gen.Network(method = "Danaher", p = 20)
## # plot simulated networks:
## plot(Net, view="sub")
###################################################
### code chunk number 3: vignette.Rnw:468-478 (eval = FALSE)
###################################################
## library("MNS")
## set.seed(1)
## N=3
## Net = gen.Network(method = "cohort", p = 20,
## Nobs = 500,
## Nsub = N, sparsity = .2,
## REsize = 20, REprob = .5,
## REnoise = 1)
## # plot simulated networks:
## plot.ts(Net$Data[[1]][, c(1,2,3,4,5, 6)], main="")
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### code chunk number 4: vignette.Rnw:585-600 (eval = FALSE)
###################################################
## set.seed(1)
## N=10
## Net = gen.Network(method = "cohort", p = 10,
## Nsub = N, sparsity = .2,
## REsize = 10, REprob = .75,
## REnoise = 1, Nobs = 75)
## # run cross-validation
## CV = cv.MNS(dat = Net$Data,
## l1range = seq(.05, .075, length.out = 5),
## alpharange = seq(.25, .75, length.out = 3),
## K=5, parallel=TRUE)
## # fit MNS model:
## mns = MNS(dat = Net$Data,
## lambda_pop = CV$l1 * (1-CV$alpha),
## lambda_random = CV$l1 * (CV$alpha))
###################################################
### code chunk number 5: vignette.Rnw:620-621 (eval = FALSE)
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## plot(mns, view="pop")
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### code chunk number 6: vignette.Rnw:635-636 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(mns, view="var")
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### code chunk number 7: vignette.Rnw:675-676 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(mns, view="sub", subID=c(2,4,6))
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