inst/doc/PwrGSD-vignette.R

In PwrGSD: Power in a Group Sequential Design

### R code from vignette source 'PwrGSD-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: PwrGSDpd
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options(keep.source = TRUE, width = 70)
PwrGSDpd <- packageDescription("PwrGSD")


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### code chunk number 2: outcome-space
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  tlook <- c(7.14, 8.14, 9.14, 10.14, 10.64, 11.15, 12.14, 13.14,
             14.14, 15.14, 16.14, 17.14, 18.14, 19.14, 20.14)
  t0 <- 0:19      
  h0 <- c(rep(3.73e-04, 2), rep(7.45e-04, 3), rep(1.49e-03, 15))

  rhaz <-c(1, 0.9125, 0.8688, 0.7814, 0.6941, 0.6943, 0.6072, 0.5202,  
           0.4332, 0.652, 0.6524, 0.6527, 0.653, 0.6534, 0.6537, 
           0.6541, 0.6544, 0.6547, 0.6551, 0.6554)
  hc <- c(rep(1.05e-02, 2), rep(2.09e-02, 3), rep(4.19e-02, 15))
  hd1B <- c(0.1109, 0.1381, 0.1485, 0.1637, 0.2446, 0.2497, 0)


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### code chunk number 3: example-1
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  library(PwrGSD)
  example.1 <- 
    PwrGSD(EfficacyBoundary=LanDemets(alpha=0.05, spending= ObrienFleming),
           FutilityBoundary=LanDemets(alpha=0.1, spending=ObrienFleming),
           RR.Futility = 0.82, sided="1<",method="A",accru =7.73, accrat=9818.65,
           tlook =tlook, tcut0 =t0, h0=h0, tcut1=t0, rhaz=rhaz, 
           tcutc0=t0, hc0=hc, tcutc1=t0, hc1=hc, 
           tcutd0B =c(0, 13), hd0B =c(0.04777, 0),
           tcutd1B =0:6, hd1B =hd1B,
           noncompliance =crossover, gradual =TRUE,
           WtFun =c("FH", "SFH", "Ramp"),
           ppar =c(0, 1, 0, 1, 10, 10))


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### code chunk number 4: example-2
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  example.2 <- update(example.1, EfficacyBoundary=LanDemets(alpha=0.05, spending=Pow(1)))