inst/doc/SigTree.R

In SigTree: Identify and Visualize Significantly Responsive Branches in a Phylogenetic Tree

### R code from vignette source 'SigTree.Rnw'

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### code chunk number 1: SigTree.Rnw:102-103 (eval = FALSE)
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## tre.path <- "C:/folder1/folder2"


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### code chunk number 2: SigTree.Rnw:109-110
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tre.path <- system.file("sample", package="SigTree")


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### code chunk number 3: SigTree.Rnw:121-125
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library(ape)
tree.file <- paste(tre.path,"sample.tre",sep="/")
tree <- read.tree(tree.file)
plot(tree,type="fan")


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### code chunk number 4: SigTree.Rnw:145-148
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sig.file <- paste(tre.path,"sample.csv",sep="/")
frame <- read.csv(sig.file)
head(frame)


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### code chunk number 5: SigTree.Rnw:163-164
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library(SigTree)


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### code chunk number 6: SigTree.Rnw:183-184
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adonis.tree(tree,frame)


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### code chunk number 7: SigTree.Rnw:193-194
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plotSigTree(tree, frame, test="Hartung")


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### code chunk number 8: SigTree.Rnw:237-243
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library(RColorBrewer)
RdBu <- brewer.pal(7, "RdBu")
RdBu[4] <- brewer.pal(7, "Greys")[3]
plotSigTree(tree, frame, test="Hartung",pal=RdBu, tip.label.size=.8, 
            edge.width=2)
legend("topright",c("C > T","C < T"),cex=1.5,text.col=RdBu[c(7,1)],bty="n")


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### code chunk number 9: SigTree.Rnw:267-268 (eval = FALSE)
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## plotSigTree(tree, frame, test="Hartung", side=2)


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### code chunk number 10: SigTree.Rnw:277-282
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plotSigTree(tree, frame, test="Hartung", pal=RdBu, tip.label.size=.8, 
            edge.width=2)
p.cut.leg <- c("0.00 - 0.01","0.01 - 0.05","0.05 - 0.10",
               "0.10 - 0.90","0.90 - 0.95","0.95 - 0.99","0.99 - 1.00")
legend("topright",rev(p.cut.leg),text.col=rev(RdBu), bty="n", cex=1)


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### code chunk number 11: SigTree.Rnw:325-330
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plotSigTree(tree, frame, test="Hartung", pal=RdBu, tip.label.size=.8, 
            edge.width=2, branch="node")
p.cut.leg <- c("0.00 - 0.01","0.01 - 0.05","0.05 - 0.10",
               "0.10 - 0.90","0.90 - 0.95","0.95 - 0.99","0.99 - 1.00")
legend("topright",rev(p.cut.leg),text.col=rev(RdBu), bty="n", cex=1)


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### code chunk number 12: SigTree.Rnw:346-347
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p.adjust.methods


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### code chunk number 13: SigTree.Rnw:356-357
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plotSigTree(tree, frame, test="Hartung", method="BY")


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### code chunk number 14: SigTree.Rnw:373-376
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plotSigTree(tree, frame, test="Hartung", pal=RdBu, tip.label.size=.8, 
            edge.width=2, branch.label=TRUE, branch.label.size=.75)
edgelabels(edge=176,frame="circ",bg="yellow",cex=.8)


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### code chunk number 15: SigTree.Rnw:384-385 (eval = FALSE)
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## export.inherit(tree, frame, test="Hartung", file="sampleInherit.csv")


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### code chunk number 16: SigTree.Rnw:390-391
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temp <- export.inherit(tree, frame, test="Hartung", frame=TRUE)


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### code chunk number 17: SigTree.Rnw:397-400
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br176 <- temp[temp$Branch=="176",]
t <- !is.na(br176[1,])
br176[1,t]


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### code chunk number 18: SigTree.Rnw:408-411
###################################################
br106 <- temp[temp$Branch=="106",]
t <- !is.na(br106[1,])
br106[1,t]


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### code chunk number 19: SigTree.Rnw:421-423
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library(phyext2) 
export.figtree(tree, frame, test="Hartung", pal=RdBu, file="sigsample.tre")


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### code chunk number 20: SigTree.Rnw:462-466
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keep.taxa <- c("t57","t99","t53","t62","t39","t16",
               "t63","t67","t45","t1","t34","t82")
library(phyloseq)
new_tree <- prune_taxa(keep.taxa, tree)


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### code chunk number 21: SigTree.Rnw:472-476
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t <- is.element(frame$OTU, keep.taxa)
new_frame <- frame[t,]
plotSigTree(new_tree, new_frame, test="Hartung", pal=RdBu, tip.label.size=1.5, 
            edge.width=4)


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### code chunk number 22: SigTree.Rnw:514-515 (eval = FALSE)
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## sig_tree <- read.tree("sigsample.tre")


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### code chunk number 23: SigTree.Rnw:528-529
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sig_tree <- read.nexus("sigsample.tre")


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### code chunk number 24: SigTree.Rnw:537-539 (eval = FALSE)
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## singletontree.file <- paste(tre.path,"singletonsample.tre",sep="/")
## tree <- read.tree(singletontree.file)


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### code chunk number 25: SigTree.Rnw:557-570 (eval = FALSE)
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## t1 <- read.table(singletontree.file)
## # remove initial (
## t1.split <- strsplit(as.character(t1$V1),"")[[1]]
## t2 <- paste(t1.split[-1],collapse="")
## # remove last ) and the num:num preceding it
## t2.split <- strsplit(t2,")")[[1]]
## t2.len <- length(t2.split)
## t3.split <- t2.split[c(1:(t2.len-2),t2.len)]
## t3 <- paste(t3.split,collapse=")")
## # write to file (fixed now) and read in again
## newtree.file <- paste(tre.path,"fixedsinglesample.tre",sep="/")
## write.table(t3,file=newtree.file, quote=F, col.names=F, row.names=F)
## t4 <- read.tree(newtree.file)