vignette.R
In cardidates: Identification of Cardinal Dates in Ecological Time Series

### R code from vignette source 'vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: vignette.Rnw:144-148
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x <- c(0, 19, 38, 57, 76, 95, 114, 133, 152, 170, 190, 208, 227, 246, 265,
      284, 303, 322, 341, 360)
y <- c(0.9, 1, 1.2, 1, 2, 4, 7, 3, 4, 2, 1.1, 1, 1, 1, 0.9, 1.2, 1,
       0.8, 1.1, 1)


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### code chunk number 2: vignette.Rnw:153-154
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plot(x, y)


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### code chunk number 3: vignette.Rnw:167-169
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library("cardidates")
res <- fitweibull6(x, y)


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### code chunk number 4: vignette.Rnw:177-178
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summary(res)


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### code chunk number 5: vignette.Rnw:199-200
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plot(res)


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### code chunk number 6: vignette.Rnw:225-226
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data(carditest)


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### code chunk number 7: vignette.Rnw:238-239
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tt <- metaCDW(carditest, xstart = 55)


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### code chunk number 8: vignette.Rnw:244-245
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summary(tt)


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### code chunk number 9: vignette.Rnw:256-257
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plot(as.numeric(carditest$sample) * 365 + carditest$x, carditest$y, type = "b")


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### code chunk number 10: vignette.Rnw:276-277
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print(plot(tt, carditest, layout=c(1, 3)))


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### code chunk number 11: vignette.Rnw:380-383
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set.seed(537)
x <- seq(1, 360, length = 50)
y <- exp(cos(x/20)) + 0.3 + rnorm(x, sd = 0.3)


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### code chunk number 12: vignette.Rnw:391-392
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peaks <- peakwindow(x, y, xstart = 60)


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### code chunk number 13: vignette.Rnw:399-400
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plot(peaks)


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### code chunk number 14: vignette.Rnw:422-425
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smd   <- peaks$smd.indices
res <- fitweibull6(x[smd], y[smd])
summary(res)


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### code chunk number 15: vignette.Rnw:428-430
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plot(res, ylim = c(0, 4), xlim = c(0, 360))
points(x, y, pch = "+", type = "b")


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### code chunk number 16: vignette.Rnw:453-454
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CDW(res, symmetric = FALSE)


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### code chunk number 17: vignette.Rnw:459-460
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CDW(res, quantile = 0.01, symmetric = FALSE)