Nothing
### R code from vignette source 'citccmstdemo.rnw'
### Encoding: UTF-8
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### code chunk number 1: foo
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foo <- packageDescription("citccmst")
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### code chunk number 2: centroid
###################################################
library(citccmst)
summary(citccmst)
###################################################
### code chunk number 3: affy
###################################################
load(list.files(system.file("extdata", package="citccmst"), full.names=TRUE)) # load citvalid.exp.norm object stored in /inst/extdata
citvalid.exp.annot <- data.frame(id=rownames(citvalid.exp.norm), stringsAsFactors=FALSE, row.names=rownames(citvalid.exp.norm) )
###################################################
### code chunk number 4: fig1plot
###################################################
citvalid.citccmst <- cit.assignCcmst( data=citvalid.exp.norm,
data.annot=citvalid.exp.annot,
data.colId="id",
data.colMap="id" ,
citccmst.colMap="Probe.Set.ID",
dist.method="dqda",
plot=T
)
###################################################
### code chunk number 5: affy2
###################################################
str(citvalid.citccmst)
table(citvalid.citccmst$citccmst)
table(citvalid.citccmst$citccmst.mixed)
table(citvalid.citccmst$citccmst.core)
table(citvalid.citccmst$citccmst.confidence)
###################################################
### code chunk number 6: fig1
###################################################
citvalid.citccmst <- cit.assignCcmst( data=citvalid.exp.norm,
data.annot=citvalid.exp.annot,
data.colId="id",
data.colMap="id" ,
citccmst.colMap="Probe.Set.ID",
dist.method="dqda",
plot=T
)
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