Nothing
### R code from vignette source 'covBM_vignette.Rnw'
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### code chunk number 1: covBM_vignette.Rnw:119-121
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library(covBM)
head(cd4)
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### code chunk number 2: covBM_vignette.Rnw:128-130
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RS_model<-lme(sqrtcd4~t, data=cd4, random=~t|newpid, method="ML")
RS_model
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### code chunk number 3: covBM_vignette.Rnw:135-139
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BM_model<-lmeBM(sqrtcd4~t, data=cd4, random=~t|newpid,
covariance=covBM(form=~t|newpid), method="ML",
control=list(opt="optim"))
BM_model
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### code chunk number 4: covBM_vignette.Rnw:144-148
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fBM_model<-lmeBM(sqrtcd4~t, data=cd4, random=~t|newpid,
covariance=covFracBM(form=~t|newpid), method="ML",
control=list(opt="optim"))
fBM_model
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### code chunk number 5: covBM_vignette.Rnw:153-154
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anova(RS_model, BM_model, fBM_model)
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### code chunk number 6: covBM_vignette.Rnw:159-160
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intervals(fBM_model)$corStruct
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### code chunk number 7: covBM_vignette.Rnw:165-170
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IOU_model<-lmeBM(sqrtcd4~t, data=cd4, random=~t|newpid,
covariance=covIOU(form=~t|newpid), method="ML",
control=list(opt="optim"))
IOU_model
anova(BM_model, IOU_model)
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### code chunk number 8: covBM_vignette.Rnw:178-197
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Model_1<-nlme(protein ~ SSasymp(Time, Asym, R0, lrc), data=Milk,
fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1|Cow,
start = c(Asym = 3.5, R0 = 4, lrc = -1))
Model_2<-nlme(protein ~ SSasymp(Time, Asym, R0, lrc), data=Milk,
fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1|Cow,
correlation=corCAR1(form=~Time|Cow),
start = c(Asym = 3.5, R0 = 4, lrc = 0))
Model_3<-nlmeBM(protein ~ SSasymp(Time, Asym, R0, lrc), data=Milk,
fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1, random = Asym ~ 1|Cow,
covariance=covFracBM(form=~Time|Cow),
start = c(Asym = 3.5, R0 = 4, lrc = -1))
AIC(Model_1)
AIC(Model_2)
AIC(Model_3)
Model_3
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