expands.R
In expands: Expanding Ploidy and Allele-Frequency on Nested Subpopulations

### R code from vignette source 'expands.Rnw'

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### code chunk number 1: expands.Rnw:43-52
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library(expands)
##load mutations:
data(snv);
## use only a subset of mutations (to reduce time required to run example):
set.seed(6); idx=sample(1:nrow(snv), 80, replace=FALSE); snv=snv[idx,];
##load copy number segments:
data(cbs);
##assign copy numbers to point mutations:
dm=assignQuantityToMutation(snv,cbs,"CN_Estimate");


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### code chunk number 2: expands.Rnw:57-62
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##parameters
max_PM=6; maxS=0.7; precision=0.018;
plotF=1; 
##the name of the sample
snvF="TCGA-06-0152-01";


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### code chunk number 3: expands.Rnw:68-70
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##calculate cell frequency probability distribution for each mutation
cfd=computeCellFrequencyDistributions(dm, max_PM, p=precision)


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### code chunk number 4: expands.Rnw:73-75
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##cluster mutations with valid distributions
toUseIdx=which(apply(is.finite(cfd$densities),1,all) )


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### code chunk number 5: expands.Rnw:81-83
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SPs=clusterCellFrequencies(cfd$densities[toUseIdx,], p=precision)
SPs=SPs[SPs[,"score"]<=maxS,]; ## exclude SPs detected at high noise levels


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### code chunk number 6: expands.Rnw:86-87
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print(SPs)


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### code chunk number 7: expands.Rnw:91-93
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##assign mutations to subpopulations:
aM= assignMutations( dm, SPs, verbose = F)


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### code chunk number 8: expands.Rnw:103-104
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o=plotSPs(aM$dm, snvF,cex=1)


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### code chunk number 9: expands.Rnw:115-117
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##assigning copy number to subpopulations
aQ=assignQuantityToSP(cbs, aM$dm, v=F)


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### code chunk number 10: expands.Rnw:120-122
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##building phylogeny
spPhylo=buildPhylo(aQ,snvF,add = NULL)


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### code chunk number 11: expands.Rnw:127-128
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plot(spPhylo$tree,cex=3,type = "c")