Nothing
inst/doc/mvngGrAd.R
In mvngGrAd: Moving Grid Adjustment in Plant Breeding Field Trials
### R code from vignette source 'mvngGrAd.Rnw'
###################################################
### code chunk number 1: setWidth
###################################################
op <- options(); utils::str(op)
options(width = 60)
options(prompt = "R> ")
###################################################
### code chunk number 2: loadPackage
###################################################
library(mvngGrAd)
###################################################
### code chunk number 3: sketchGrid1 (eval = FALSE)
###################################################
##
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(1, ## down
## 1, ## up
## 1:4, ## left
## 1:4),## right
## layers = NULL,
## excludeCenter = TRUE)
###################################################
### code chunk number 4: sketchGrid2 (eval = FALSE)
###################################################
##
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(2,
## 2, ## up
## 2:5, ## left
## 2:5),## right
## layers = NULL,
## excludeCenter = TRUE)
###################################################
### code chunk number 5: sketchGrid3 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(NULL, ## down
## NULL, ## up
## NULL, ## left
## NULL),## right
## layers = 1,
## excludeCenter = TRUE)
###################################################
### code chunk number 6: sketchGrid4 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(NULL, ## down
## NULL, ## up
## NULL, ## left
## NULL),## right
## layers = 1:2,
## excludeCenter = TRUE)
###################################################
### code chunk number 7: sketchGrid5 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(1:4,
## 1:4,
## 1:4,
## 1:4),
## layers = c(1:4),
## excludeCenter = TRUE)
###################################################
### code chunk number 8: sketchGrid5 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(1:4,
## 1:4,
## 1:4,
## 1:4),
## layers = c(1:4),
## excludeCenter = FALSE)
###################################################
### code chunk number 9: sketchGrid7 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(2:4,
## 2:4,
## 2:4,
## 2:4),
## layers = c(2:4),
## excludeCenter = TRUE)
###################################################
### code chunk number 10: sketchGrid8 (eval = FALSE)
###################################################
##
## sketchGrid(i = 2,
## j = 2,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(2:4,
## 2:4,
## 2:4,
## 2:4),
## layers = c(2:4),
## excludeCenter = TRUE)
##
###################################################
### code chunk number 11: rowAndCol
###################################################
## row vector
rows <- rep(1 : 50, each = 50)
## column vector
cols <- rep(1 : 50, 50)
###################################################
### code chunk number 12: envError
###################################################
set.seed(13)
envError <-
rep(c(seq(from = -12.5 , to = -0.5, by = 0.5),
seq(from = 0.5 , to = 12.5, by = 0.5)),
each = 50) + rnorm(2500)
###################################################
### code chunk number 13: scaleEnvError
###################################################
scaleFactE <- (sd(envError) / sqrt(45))
envError <-
scale(envError, center = FALSE,
scale = scaleFactE)
envError <- as.vector(envError)
###################################################
### code chunk number 14: gEffects
###################################################
gEffects <- rnorm(2500,
mean = 0,
sd = 5)
scaleFactG <- (sd(gEffects)/sqrt(25))
gEffects <-
scale(gEffects,
center = FALSE,
scale = scaleFactG)
gEffects <- as.vector(gEffects)
###################################################
### code chunk number 15: gValues
###################################################
## population mean
mu <- 30
gValues <- mu + gEffects
###################################################
### code chunk number 16: obsPisGplusE
###################################################
obsP <- gValues + envError
###################################################
### code chunk number 17: setNA
###################################################
obsP[3] <- NA
###################################################
### code chunk number 18: varPandVarG
###################################################
## phenotypic variance
varP <- var(obsP,na.rm = TRUE)
## genotypic variance
varG <- var(gEffects)
###################################################
### code chunk number 19: movingGrid1
###################################################
## creates object of class movG
resMG <- movingGrid(rows = rows,
columns = cols,
obsPhe = obsP,
shapeCross =
list(1:2,
1:2,
1:2,
1:2),
layers = 1)
###################################################
### code chunk number 20: summary
###################################################
summary(resMG)
###################################################
### code chunk number 21: entryData
###################################################
## only first 10
head(entryData(resMG))
###################################################
### code chunk number 22: fitted
###################################################
## only first 10
fitted(resMG)[1:10]
###################################################
### code chunk number 23: movingMean
###################################################
## only first 10
movingMean(resMG)[1:10]
###################################################
### code chunk number 24: residuals
###################################################
residuals(resMG)[1:10]
###################################################
### code chunk number 25: hsquareObs
###################################################
varG/varP
###################################################
### code chunk number 26: hsquareAdj
###################################################
## variance of the adj. phenot. values
varPadj <- var(fitted(resMG),na.rm = TRUE)
varG/varPadj
###################################################
### code chunk number 27: aToD
###################################################
layout(rbind(c(1,2),
c(3,4)))
sketchGrid(i = 10,
j = 10,
rowLimit = 20,
colLimit = 20,
shapeCross =
list(1, ## down
1, ## up
1:4, ## left
1:4),## right
layers = NULL,
excludeCenter = TRUE)
title(main = "[a]")
sketchGrid(i = 10,
j = 10,
rowLimit = 20,
colLimit = 20,
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list(2, ## down
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excludeCenter = TRUE)
title(main = "[b]")
sketchGrid(i = 10,
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j = 10,
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NULL, ## up
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excludeCenter = TRUE)
title(main = "[d]")
###################################################
### code chunk number 28: eToH
###################################################
layout(rbind(c(1,2),
c(3,4)))
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title(main = "[f]")
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2:4,
2:4,
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list(2:4,
2:4,
2:4,
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layers = c(2:4),
excludeCenter = TRUE)
title(main = "[h]")
Try the mvngGrAd package in your browser
Any scripts or data that you put into this service are public.
mvngGrAd documentation built on Oct. 10, 2023, 1:08 a.m.
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### R code from vignette source 'mvngGrAd.Rnw'
###################################################
### code chunk number 1: setWidth
###################################################
op <- options(); utils::str(op)
options(width = 60)
options(prompt = "R> ")
###################################################
### code chunk number 2: loadPackage
###################################################
library(mvngGrAd)
###################################################
### code chunk number 3: sketchGrid1 (eval = FALSE)
###################################################
##
## sketchGrid(i = 10,
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###################################################
### code chunk number 4: sketchGrid2 (eval = FALSE)
###################################################
##
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(2,
## 2, ## up
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## layers = NULL,
## excludeCenter = TRUE)
###################################################
### code chunk number 5: sketchGrid3 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(NULL, ## down
## NULL, ## up
## NULL, ## left
## NULL),## right
## layers = 1,
## excludeCenter = TRUE)
###################################################
### code chunk number 6: sketchGrid4 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(NULL, ## down
## NULL, ## up
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## layers = 1:2,
## excludeCenter = TRUE)
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### code chunk number 7: sketchGrid5 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
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## colLimit = 20,
## shapeCross =
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## 1:4,
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## excludeCenter = TRUE)
###################################################
### code chunk number 8: sketchGrid5 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
## j = 10,
## rowLimit = 20,
## colLimit = 20,
## shapeCross =
## list(1:4,
## 1:4,
## 1:4,
## 1:4),
## layers = c(1:4),
## excludeCenter = FALSE)
###################################################
### code chunk number 9: sketchGrid7 (eval = FALSE)
###################################################
## sketchGrid(i = 10,
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## shapeCross =
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## 2:4,
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### code chunk number 10: sketchGrid8 (eval = FALSE)
###################################################
##
## sketchGrid(i = 2,
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##
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### code chunk number 11: rowAndCol
###################################################
## row vector
rows <- rep(1 : 50, each = 50)
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###################################################
### code chunk number 12: envError
###################################################
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seq(from = 0.5 , to = 12.5, by = 0.5)),
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###################################################
### code chunk number 13: scaleEnvError
###################################################
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envError <- as.vector(envError)
###################################################
### code chunk number 14: gEffects
###################################################
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### code chunk number 15: gValues
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## population mean
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### code chunk number 16: obsPisGplusE
###################################################
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###################################################
### code chunk number 17: setNA
###################################################
obsP[3] <- NA
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### code chunk number 18: varPandVarG
###################################################
## phenotypic variance
varP <- var(obsP,na.rm = TRUE)
## genotypic variance
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###################################################
### code chunk number 19: movingGrid1
###################################################
## creates object of class movG
resMG <- movingGrid(rows = rows,
columns = cols,
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list(1:2,
1:2,
1:2,
1:2),
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### code chunk number 20: summary
###################################################
summary(resMG)
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### code chunk number 21: entryData
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### code chunk number 22: fitted
###################################################
## only first 10
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### code chunk number 23: movingMean
###################################################
## only first 10
movingMean(resMG)[1:10]
###################################################
### code chunk number 24: residuals
###################################################
residuals(resMG)[1:10]
###################################################
### code chunk number 25: hsquareObs
###################################################
varG/varP
###################################################
### code chunk number 26: hsquareAdj
###################################################
## variance of the adj. phenot. values
varPadj <- var(fitted(resMG),na.rm = TRUE)
varG/varPadj
###################################################
### code chunk number 27: aToD
###################################################
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title(main = "[a]")
sketchGrid(i = 10,
j = 10,
rowLimit = 20,
colLimit = 20,
shapeCross =
list(2, ## down
2, ## up
2:5, ## left
2:5),## right
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title(main = "[b]")
sketchGrid(i = 10,
j = 10,
rowLimit = 20,
colLimit = 20,
shapeCross =
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NULL, ## up
NULL, ## left
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title(main = "[c]")
sketchGrid(i = 10,
j = 10,
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title(main = "[d]")
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### code chunk number 28: eToH
###################################################
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2:4,
2:4,
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j = 2,
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