Nothing
###################################################
### code chunk: Ch01init
###################################################
options(width=65, digits=5, show.signif.stars = FALSE )
date()
packageVersion("nlmeU")
packageVersion("nlme")
sessionInfo()
###################################################
### code chunk: R2.1
###################################################
## dataDir <- file.path("C:", "temp") # Data directory
dataDir <- file.path(.Library, "nlmeU", "csvData") # Directory in nlmeU package
fp <- file.path(dataDir, "armd240.data.csv") # .csv file path
armd240.data <- read.csv(fp, header = TRUE) # Loading csv data
dim(armd240.data) # No. of rows and cols
(nms <- names(armd240.data)) # Variables' names
unique(sapply(armd240.data, class)) # Variables' classes
str(armd240.data) # Data structure
names(armd240.data) <- abbreviate(nms) # Variables' names shortened
head(armd240.data, 3) # First 3 records
names(armd240.data) <- nms # Variables' names reinstated
###################################################
### code chunk: R2.2
###################################################
data(armd.wide, package = "nlmeU") # armd.wide data loaded
str(armd.wide) # Structure of data
head(armd.wide) # First few records
(facs <- sapply(armd.wide, is.factor)) # Factors indicated
names(facs[facs == TRUE]) # Factor names displayed
###################################################
### code chunk: R2.3a
###################################################
attach(armd240.data) # Attach armd240.data
treat.f <- factor(treat, # Factor created
labels = c("Placebo", "Active") # 1 -> Placebo, 2 -> Active
)
levels(treat.f)
str(treat.f)
###################################################
### code chunk: R2.3b
###################################################
miss.pat <- # missing patterns
nlmeU:::missPat(visual4, visual12, visual24, visual52)
length(miss.pat) # Vector length
mode(miss.pat) # Vector mode
miss.pat # Vector contents
detach(armd240.data) # Detach armd240.data
###################################################
### code chunk: R2.4
###################################################
data(armd0, package = "nlmeU") # From nlmeU package
dim(armd0) # No. of rows and cols
head(armd0) # First six records
names(armd0) # Variables' names
str(armd0) # Data structure
###################################################
### code chunk: R2.5
###################################################
auxDt <- subset(armd0, time > 0) # Post-baseline measures
dim(auxDt) # No. of rows & cols
levels(auxDt$time.f) # Levels of treat.f
armd <- droplevels(auxDt) # Drop unused levels
levels(armd$time.f) # Baseline level dropped
armd <- within(armd, { # Contrasts assigned
contrasts(time.f) <- contr.poly(4, scores = c(4, 12, 24, 52))
})
head(armd) # First six records
###################################################
### code chunk: R2.6a
###################################################
fp <- file.path(dataDir, "prt.subjects.data.csv")
prt.subjects.data <- read.csv(fp, header = TRUE, as.is = TRUE)
dim(prt.subjects.data)
names(prt.subjects.data)
str(prt.subjects.data)
head(prt.subjects.data, 4)
###################################################
### code chunk: R2.6b
###################################################
fp <- file.path(dataDir, "prt.fiber.data.csv")
prt.fiber.data <- read.csv(fp, header = TRUE)
str(prt.fiber.data)
head(prt.fiber.data, 4)
###################################################
### code chunk: R2.7a
###################################################
prt.subjects <- within(prt.subjects.data,{
id <- factor(id)
bmi <- weight/(height^2)
sex.f <- factor(gender, labels = c("Female", "Male"))
age.f <- factor(ageGrp, labels = c("Young", "Old"))
prt.f <- factor(trainGrp, levels = c("1", "0"),
labels = c("High", "Low"))
gender<- ageGrp <- trainGrp <- height <- weight <- NULL
})
str(prt.subjects)
###################################################
### code chunk: R2.7b
###################################################
prt.fiber <- within(prt.fiber.data, {
id <- factor(id)
fiber.f <- factor(fiber.type,
labels = c("Type 1", "Type 2"))
occ.f <- factor(train.pre.pos,
labels = c("Pre", "Pos"))
fiber.type <- train.pre.pos <- NULL
})
str(prt.fiber)
###################################################
### code chunk: R2.8
###################################################
prt <- merge(prt.subjects, prt.fiber, sort=FALSE)
dim(prt)
names(prt)
head(prt)
###################################################
### code chunk: R2.9
###################################################
data(classroom, package = "WWGbook")
dim(classroom) # Number of rows & variables
names(classroom) # Variable names
# classroom # Raw data (long output)
str(classroom)
###################################################
### code chunk: R2.10
###################################################
SIIdata <- within(classroom, {
sex <- factor(sex,
levels = c(0, 1),
labels = c("M", "F")) # 0 -> 1(M), 1 -> 2(F)
minority <- factor(minority,
labels = c("Mnrt:No", "Mnrt:Yes"))# 0 -> 1(No), 1 -> 2(Yes)
schoolid <- factor(schoolid)
classid <- factor(classid)
childid <- factor(childid)
})
str(SIIdata)
###################################################
### code chunk: R2.11
###################################################
rdaDir <- file.path("C:", "temp") # Dir path
fp <- file.path(rdaDir, "SIIdata.Rdata") # External file path
save(SIIdata, file = fp) # Save data
file.exists(fp)
(load(fp)) # Load data
###################################################
### code chunk: R2.12
###################################################
data(SIIdata, package = "nlmeU") # Load data
dtId <- subset(SIIdata, select = c(schoolid, classid, childid))
names(dtId) # id names
any(duplicated(dtId)) # Any duplicate ids?
require(nlme)
names(gsummary(dtId, form = ~childid, inv = TRUE))
names(gsummary(dtId, form = ~classid, inv = TRUE))
names(gsummary(dtId, form = ~schoolid, inv = TRUE))
###################################################
### code chunk: R2.13a
###################################################
(nms1 <- names(gsummary(SIIdata,
form = ~schoolid, # schoolid-specific
inv = TRUE)))
###################################################
### code chunk: R2.13b
###################################################
nms2a <- names(gsummary(SIIdata,
form = ~classid, # classid- and schoolid-specific
inv = TRUE))
idx1 <- match(nms1, nms2a)
(nms2 <- nms2a[-idx1]) # classid-specific
###################################################
### code chunk: R2.13c
###################################################
nms3a <- names(gsummary(SIIdata,
form = ~childid, # All
inv = TRUE)
)
idx12 <- match(c(nms1, nms2), nms3a)
nms3a[-idx12] # childid-specific
###################################################
### code chunk: R2.14
###################################################
fp <- file.path(dataDir, "crossreg.data.csv")
crossreg.data <- read.csv(fp, header = TRUE)
dim(crossreg.data) # No. of rows and columns
names(crossreg.data) # Variable names
head(crossreg.data) # First six records
str(crossreg.data) # Data structure
###################################################
### code chunk: R2.15
###################################################
unique(crossreg.data$target) # Unique values for target
(unique(crossreg.data$id)) # Unique values for id
unique(crossreg.data$scorec) # Unique values for scorec
summary(crossreg.data$scorec) # Summary statistics for scorec
###################################################
### code chunk: R2.16a
###################################################
nItms <- c(4, 6, 8, 5, 9, 6, 8, 6, 5) # See Table 2.1
(lbls <- paste("T", 1:9, "(", nItms, ")", sep = ""))
fcat <- within(crossreg.data, {
id <- factor(id)
target <- factor(target, labels = lbls)
})
str(fcat)
###################################################
### code chunk: R2.16b
###################################################
tab1 <- xtabs(~ id + target, data = fcat) # id by target table
tab1[c(1,2,539),]
all(tab1 > 0) # All counts > 0?
range(tab1) # Range of counts
###################################################
### code chunk: Cleanup
###################################################
rm(armd240.data, armd.wide, armd0, armd) # Data not needed
rm(prt.fiber.data, prt.subjects.data, prt.fiber, prt.subjects, prt)
rm(classroom, SIIdata)
rm(crossreg.data, fcat)
rm(dataDir, rdaDir, auxDt)
rm(treat.f, miss.pat, facs, lbls)
rm(nms,nms1, nms2, nms2a, nms3a)
rm(idx1, idx12, nItms, tab1, dtId)
### sessionInfo
sessionInfo() # with packages attached
detach(package:nlme)
Any scripts or data that you put into this service are public.
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.