picante-intro.R
In picante: Integrating Phylogenies and Ecology

### R code from vignette source 'picante-intro.Rnw'

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### code chunk number 1: picante-intro.Rnw:16-17
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options(width=72)


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### code chunk number 2: picante-intro.Rnw:30-31
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library(picante)


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### code chunk number 3: picante-intro.Rnw:38-43
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data(phylocom)
names(phylocom)
phy <- phylocom$phylo
comm <- phylocom$sample
traits <- phylocom$traits


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### code chunk number 4: picante-intro.Rnw:50-51
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phy


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### code chunk number 5: picante-intro.Rnw:60-64
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comm
class(comm)
colnames(comm)
rownames(comm)


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### code chunk number 6: picante-intro.Rnw:75-78
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head(traits)
traitA <- df2vec(traits, "traitA")
traitA


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### code chunk number 7: picante-intro.Rnw:89-91
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prunedphy <- prune.sample(comm, phy)
prunedphy


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### code chunk number 8: picante-intro.Rnw:96-102
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par(mfrow = c(2, 3))
for (i in row.names(comm)) {
plot(prunedphy, show.tip.label = FALSE, main = i)
tiplabels(tip = which(prunedphy$tip.label %in% names(which(comm [i, ] > 0))),
          pch=19, cex=2)
}


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### code chunk number 9: picante-intro.Rnw:107-112
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par(mfrow=c(2,2))
for (i in names(traits)) {
	plot(phy, show.tip.label=FALSE, main=i)
	tiplabels(pch=22, col=traits[,i]+1, bg=traits[,i]+1, cex=1.5)
}


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### code chunk number 10: picante-intro.Rnw:123-125
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pd.result <- pd(comm, phy, include.root=TRUE)
pd.result


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### code chunk number 11: picante-intro.Rnw:144-151
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phydist <- cophenetic(phy)
ses.mpd.result <- ses.mpd(comm, phydist, null.model="taxa.labels",
                          abundance.weighted=FALSE, runs=99)
ses.mpd.result
ses.mntd.result <- ses.mntd(comm, phydist, null.model="taxa.labels",
                            abundance.weighted=FALSE, runs=99)
ses.mntd.result


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### code chunk number 12: picante-intro.Rnw:177-178
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par(mfrow=c(1,1))


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### code chunk number 13: picante-intro.Rnw:180-184
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comdist.result <- comdist(comm, phydist)
comdist.result
comdist.clusters <- hclust(comdist.result)
plot(comdist.clusters)


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### code chunk number 14: picante-intro.Rnw:197-199
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traits <- traits[phy$tip.label,]
multiPhylosignal(traits,phy)