Nothing
### R code from vignette source 'cmst.Rnw'
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### code chunk number 1: cmst.Rnw:112-113
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library(qtlhot)
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### code chunk number 2: cmst.Rnw:118-130
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set.seed(987654321)
CMSTCross <- SimCrossCausal(n.ind = 100,
len = rep(100, 3),
n.mar = 101,
beta = rep(0.5, 2),
add.eff = 1,
dom.eff = 0,
sig2.1 = 0.4,
sig2.2 = 0.1,
eq.spacing = FALSE,
cross.type = "bc",
normalize = TRUE)
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### code chunk number 3: cmst.Rnw:135-136
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CMSTCross <- calc.genoprob(CMSTCross, step = 1)
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### code chunk number 4: cmst.Rnw:141-145
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Scan <- scanone(CMSTCross, pheno.col = 1 : 3, method = "hk")
summary(Scan[, c(1, 2, 3)], thr = 3)
summary(Scan[, c(1, 2, 4)], thr = 3)
summary(Scan[, c(1, 2, 5)], thr = 3)
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### code chunk number 5: lodprofiles
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plot(Scan, lodcolumn = 1 : 3, ylab = "LOD")
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### code chunk number 6: cmst.Rnw:160-170
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commqtls <- GetCommonQtls(CMSTCross,
pheno1 = "y1",
pheno2 = "y3",
thr = 3,
peak.dist = 5,
addcov1 = NULL,
addcov2 = NULL,
intcov1 = NULL,
intcov2 = NULL)
commqtls
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### code chunk number 7: cmst.Rnw:175-187
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nms <- names(CMSTCross$pheno)
out1 <- CMSTtests(CMSTCross,
pheno1 = nms[1],
pheno2 = nms[2],
Q.chr = 1,
Q.pos = 55,
addcov1 = NULL,
addcov2 = NULL,
intcov1 = NULL,
intcov2 = NULL,
method = "all",
penalty = "both")
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### code chunk number 8: cmst.Rnw:192-193
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out1[1:3]
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### code chunk number 9: cmst.Rnw:198-199
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out1[4]
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### code chunk number 10: cmst.Rnw:204-205
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out1[5]
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### code chunk number 11: cmst.Rnw:210-211
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out1[6]
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### code chunk number 12: cmst.Rnw:216-217
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out1[7]
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### code chunk number 13: cmst.Rnw:222-223
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out1[8]
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### code chunk number 14: cmst.Rnw:228-229
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out1[9]
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### code chunk number 15: cmst.Rnw:236-237
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out1[10:12]
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### code chunk number 16: cmst.Rnw:242-243
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out1[13:17]
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### code chunk number 17: cmst.Rnw:248-260
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out2 <- CMSTtests(CMSTCross,
pheno1 = nms[1],
pheno2 = nms[-1],
Q.chr = 1,
Q.pos = 55.5,
addcov1 = NULL,
addcov2 = NULL,
intcov1 = NULL,
intcov2 = NULL,
method = "all",
penalty = "both")
out2
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### code chunk number 18: cmst.Rnw:269-271
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CMSTscan <- scanone(CMSTCross, pheno.col = 1:3, method = "hk")
CMSThigh <- highlod(CMSTscan)
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### code chunk number 19: cmst.Rnw:276-282
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traits <- names(CMSTCross$pheno)
annot <- data.frame(name = traits, traits = traits, chr = rep(1, 3),
Mb.pos = c(55,10,100))
annot$cM.pos <- annot$Mb.pos
annot
targets <- list(y1 = c("y2","y3"))
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### code chunk number 20: cmst.Rnw:287-293
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cand.reg <- GetCandReg(CMSThigh, annot, traits)
cand.reg
cis.cand.reg <- GetCisCandReg(CMSThigh, cand.reg)
cis.cand.reg
comap.targets <- GetCoMappingTraits(CMSThigh, cand.reg)
comap.targets
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### code chunk number 21: cmst.Rnw:298-308
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tests <- list()
for(k in seq(names(comap.targets))) {
tests[[k]] <- FitAllTests(CMSTCross, pheno1 = names(comap.targets)[k],
pheno2 = comap.targets[[k]],
Q.chr = cand.reg[k, 4],
Q.pos = cand.reg[k, 5])
}
names(tests) <- names(comap.targets)
tests <- JoinTestOutputs(comap.targets, tests)
tests
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### code chunk number 22: cmst.Rnw:313-316
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PrecTpFpMatrix(alpha = seq(0.01, 0.10, by = 0.01),
val.targets = targets, all.orfs = CMSThigh$names, tests = tests,
cand.reg = cand.reg, cis.cand.reg = cis.cand.reg)
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