rsm.R
In rsm: Response-Surface Analysis

### R code from vignette source 'rsm.Rtex'

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### code chunk number 1: rsm.Rtex:104-106
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library("rsm")
ChemReact


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### code chunk number 2: rsm.Rtex:110-112
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CR1 <- coded.data(ChemReact1, x1 ~ (Time - 85)/5, x2 ~ (Temp - 175)/5)
CR1


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### code chunk number 3: rsm.Rtex:115-116
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as.data.frame(CR1)


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### code chunk number 4: rsm.Rtex:122-123 (eval = FALSE)
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## CR <- coded.data(ChemReact, x1 ~ (Time - 85)/5, x2 ~ (Temp - 175)/5)


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### code chunk number 5: rsm.Rtex:129-130
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code2val(data.frame(x1 = c(0.25, 0.5), x2 = c(-1.5, -0.5)), codings(CR1))


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### code chunk number 6: rsm.Rtex:137-139
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bbd(3, n0 = 2, coding =
  list(x1 ~ (Force - 20)/3, x2 ~ (Rate - 50)/10, x3 ~ Polish - 4))


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### code chunk number 7: rsm.Rtex:200-202
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ccd.pick(5, n.c = c(8, 16), blks.c = c(1, 2, 4),
  wbr.s = 1:2, restrict = "N<=65")


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### code chunk number 8: rsm.Rtex:214-216
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des1 <- ccd (y1 + y2 ~ A + B + C + D,
  generators = E ~ - A * B * C * D, n0 = c(6, 1))


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### code chunk number 9: rsm.Rtex:222-224
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des10 <- ccd( ~ A + B + C + D + E,
  blocks = Blk ~ c(A * B * C, C * D * E), n0 = c(2, 4))


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### code chunk number 10: varfcn
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par(mfrow = c(1, 2))
varfcn(des10, ~ Blk + SO(A,B,C,D,E), dist = seq(0, 3, by = .1))
varfcn(des10, ~ Blk + SO(A,B,C,D,E), dist = seq(0, 3, by = .1), contour = TRUE)


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### code chunk number 11: rsm.Rtex:251-252
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ccd(2, n0 = c(1, 1), inscribed = TRUE, randomize = FALSE)


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### code chunk number 12: rsm.Rtex:264-266
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CR1.rsm <- rsm(Yield ~ FO(x1, x2), data = CR1)
summary(CR1.rsm)


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### code chunk number 13: rsm.Rtex:272-274
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CR1.rsmi <- update(CR1.rsm, . ~ . + TWI(x1, x2))
summary(CR1.rsmi)


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### code chunk number 14: rsm.Rtex:280-281
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( CR2 <- djoin(CR1, ChemReact2) )


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### code chunk number 15: rsm.Rtex:286-288
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CR2.rsm <- rsm(Yield ~ Block + SO(x1, x2), data = CR2)
summary(CR2.rsm)


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### code chunk number 16: rsm.Rtex:295-297
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heli.rsm <- rsm(ave ~ block + SO(x1, x2, x3, x4), data = heli)
summary(heli.rsm)


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### code chunk number 17: fig6
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par(mfrow = c(2, 3))
contour(heli.rsm, ~ x1 + x2 + x3 + x4, image = TRUE,
  at = summary(heli.rsm)$canonical$xs)


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### code chunk number 18: rsm.Rtex:325-326
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steepest(CR1.rsm, dist = c(0, 0.5, 1))


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### code chunk number 19: rsm.Rtex:335-336
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canonical.path(heli.rsm, dist = seq(-5, 5, by = 0.5))


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### code chunk number 20: rsm.Rtex:342-345
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CO = as.coded.data(codata,  x1 ~ (Ethanol - 0.2)/0.1,  x2 ~ A.F.ratio - 15)
names(CO)[3] = "CO.conc"
head(CO)


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### code chunk number 21: rsm.Rtex:348-350
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CO.rsm = rsm(CO.conc ~ SO(x1,x2), data = CO)
canonical(CO.rsm)


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### code chunk number 22: rsm.Rtex:366-367
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canonical(CO.rsm, threshold = 0)


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### code chunk number 23: rr-code (eval = FALSE)
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## contour(CO.rsm, x2 ~ x1, bounds = list(x1 = c(-16, 2), x2 = c(-2, 16)), 
##         zlim = c(-100, 100), col = "gray", decode = FALSE)
## lines(c(-1,1,1,-1,-1), c(-1,-1,1,1,-1), col = "green") # design region
## points(x2 ~ x1, data = canonical.path(CO.rsm), 
##         col = "blue", pch = 1 + 6*(dist == 0))
## points(x2 ~ x1, data = canonical.path(CO.rsm, threshold = 0), 
##         col = "red", pch = 1 + 6*(dist == 0))
## points(x2 ~ x1, data=steepest(CO.rsm), 
##         col = "magenta", pch = 1 + 6*(dist == 0))


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### code chunk number 24: rising-ridge
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par(mar=.1+c(4,4,0,0))
contour(CO.rsm, x2 ~ x1, bounds = list(x1 = c(-16, 2), x2 = c(-2, 16)), 
        zlim = c(-100, 100), col = "gray", decode = FALSE)
lines(c(-1,1,1,-1,-1), c(-1,-1,1,1,-1), col = "green") # design region
points(x2 ~ x1, data = canonical.path(CO.rsm), 
        col = "blue", pch = 1 + 6*(dist == 0))
points(x2 ~ x1, data = canonical.path(CO.rsm, threshold = 0), 
        col = "red", pch = 1 + 6*(dist == 0))
points(x2 ~ x1, data=steepest(CO.rsm), 
        col = "magenta", pch = 1 + 6*(dist == 0))