Nothing
### R code from vignette source 'usageExamples.Rnw'
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### code chunk number 1: package
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options(keep.source = TRUE, width = 60)
packageInfo <- packageDescription("vipor")
library(vipor)
packageKeywords<-"visualization, display, one dimensional, grouped, groups, violin, scatter, points, quasirandom, beeswarm, van der Corput"
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### code chunk number 2: vpPlot (eval = FALSE)
###################################################
## library(vipor)
## set.seed(12345)
## n<-100
## dat<-rnorm(n*2)
## labs<-rep(c('a','b'),n)
## vpPlot(labs,dat)
###################################################
### code chunk number 3: showVpPlot
###################################################
library(vipor)
set.seed(12345)
n<-100
dat<-rnorm(n*2)
labs<-rep(c('a','b'),n)
vpPlot(labs,dat)
###################################################
### code chunk number 4: vpOpts (eval = FALSE)
###################################################
## vpPlot(labs,dat,las=1,ylab='Data',col=rep(1:2,n))
## abline(h=0,lty=2)
###################################################
### code chunk number 5: showVpOpts
###################################################
vpPlot(labs,dat,las=1,ylab='Data',col=rep(1:2,n))
abline(h=0,lty=2)
###################################################
### code chunk number 6: vpFactors (eval = FALSE)
###################################################
## labs2<-factor(labs,levels=c('b','a'))
## vpPlot(labs2,dat,las=1,ylab='Data',col=rep(1:2,n))
## abline(h=0,lty=2)
###################################################
### code chunk number 7: showVpFactors
###################################################
labs2<-factor(labs,levels=c('b','a'))
vpPlot(labs2,dat,las=1,ylab='Data',col=rep(1:2,n))
abline(h=0,lty=2)
###################################################
### code chunk number 8: offsetX
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offsets<-offsetX(dat,labs)
head(offsets,4)
xPos<-vpPlot(labs,dat)
head(xPos,4)
xPos2<-rep(1:2,n)+offsets
head(xPos2,4)
all(xPos==xPos2)
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### code chunk number 9: distAdjust (eval = FALSE)
###################################################
## dat <- list(
## 'Normal'=rnorm(50),
## 'Dense normal'= rnorm(500),
## 'Bimodal'=c(rnorm(100), rnorm(100,5)),
## 'Extremes'=rcauchy(100)
## )
## par(mfrow=c(4,1), mar=c(2.5,3.1, 1.2, 0.5),mgp=c(2.1,.75,0),
## cex.axis=1.2,cex.lab=1.2,cex.main=1.2)
## dummy<-sapply(names(dat),function(label) {
## y<-dat[[label]]
## offsets <- list(
## 'defaults'=offsetX(y), # Default
## 'adjust=2'=offsetX(y, adjust=2), # More smoothing
## 'adjust=.1'=offsetX(y, adjust=0.1), # Tighter fit
## 'width=.1'=offsetX(y, width=0.1), # Less wide
## 'nbins=100'=offsetX(y, nbins=100) # Less bins
## )
## ids <- rep(1:length(offsets), each=length(y))
## plot(unlist(offsets) + ids, rep(y, length(offsets)), ylab='y value',
## xlab='', xaxt='n', pch=21,
## col='#00000099',bg='#00000033',las=1,main=label)
## axis(1, 1:length(offsets), names(offsets))
## })
###################################################
### code chunk number 10: showDistAdjust
###################################################
dat <- list(
'Normal'=rnorm(50),
'Dense normal'= rnorm(500),
'Bimodal'=c(rnorm(100), rnorm(100,5)),
'Extremes'=rcauchy(100)
)
par(mfrow=c(4,1), mar=c(2.5,3.1, 1.2, 0.5),mgp=c(2.1,.75,0),
cex.axis=1.2,cex.lab=1.2,cex.main=1.2)
dummy<-sapply(names(dat),function(label) {
y<-dat[[label]]
offsets <- list(
'defaults'=offsetX(y), # Default
'adjust=2'=offsetX(y, adjust=2), # More smoothing
'adjust=.1'=offsetX(y, adjust=0.1), # Tighter fit
'width=.1'=offsetX(y, width=0.1), # Less wide
'nbins=100'=offsetX(y, nbins=100) # Less bins
)
ids <- rep(1:length(offsets), each=length(y))
plot(unlist(offsets) + ids, rep(y, length(offsets)), ylab='y value',
xlab='', xaxt='n', pch=21,
col='#00000099',bg='#00000033',las=1,main=label)
axis(1, 1:length(offsets), names(offsets))
})
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### code chunk number 11: varwidth (eval = FALSE)
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## dat <- list(
## '10 points'=rnorm(10),
## '50 points'=rnorm(50,2),
## '200 points'=c(rnorm(400), rnorm(100,5)),
## '5000 points'= rnorm(5000,1)
## )
## labs<-rep(names(dat),sapply(dat,length))
## labs<-factor(labs,levels=unique(labs))
## vpPlot( labs,unlist(dat),offsetXArgs=list(varwidth=TRUE),
## las=1,ylab='Value',col='#00000066',bg='#00000022',pch=21)
###################################################
### code chunk number 12: showVarwidth
###################################################
dat <- list(
'10 points'=rnorm(10),
'50 points'=rnorm(50,2),
'200 points'=c(rnorm(400), rnorm(100,5)),
'5000 points'= rnorm(5000,1)
)
labs<-rep(names(dat),sapply(dat,length))
labs<-factor(labs,levels=unique(labs))
vpPlot( labs,unlist(dat),offsetXArgs=list(varwidth=TRUE),
las=1,ylab='Value',col='#00000066',bg='#00000022',pch=21)
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### code chunk number 13: vpBeaver (eval = FALSE)
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## y<-c(beaver1$temp,beaver2$temp)
## x<-rep(
## c('Beaver 1','Beaver 2'),
## c(nrow(beaver1),nrow(beaver2))
## )
## vpPlot(x,y,las=1, ylab='Body temperature',
## pch=21, col='#00000099',bg='#00000033')
###################################################
### code chunk number 14: showBeaver
###################################################
y<-c(beaver1$temp,beaver2$temp)
x<-rep(
c('Beaver 1','Beaver 2'),
c(nrow(beaver1),nrow(beaver2))
)
vpPlot(x,y,las=1, ylab='Body temperature',
pch=21, col='#00000099',bg='#00000033')
###################################################
### code chunk number 15: vpGene (eval = FALSE)
###################################################
## ints<-integrations[integrations$nearestGene>0,]
## y<-log(ints$nearestGene)
## x<-as.factor(paste(ints$study,ints$latent))
## activeCols<-c('Expressed'='#FF000033','Unexpressed'='#0000FF33')
## cols<-activeCols[ints$latent]
## par(mar=c(4,7,.1,.1))
## vpPlot(x,y,las=2, ylab='Log distance to gene',xaxt='n',
## pch=21, col=cols,bg=cols,cex=.7)
## uniqX<-levels(x)
## prettyX<-tapply(1:length(uniqX),sub('(Une|E)xpressed$','',uniqX),mean)
## axis(1,prettyX,names(prettyX),las=2)
## legend(grconvertX(0.01,from='ndc'),grconvertY(0.15,from='ndc'),
## names(activeCols),pch=21,col=cols,pt.bg=activeCols,xpd=NA)
###################################################
### code chunk number 16: showGene
###################################################
ints<-integrations[integrations$nearestGene>0,]
y<-log(ints$nearestGene)
x<-as.factor(paste(ints$study,ints$latent))
activeCols<-c('Expressed'='#FF000033','Unexpressed'='#0000FF33')
cols<-activeCols[ints$latent]
par(mar=c(4,7,.1,.1))
vpPlot(x,y,las=2, ylab='Log distance to gene',xaxt='n',
pch=21, col=cols,bg=cols,cex=.7)
uniqX<-levels(x)
prettyX<-tapply(1:length(uniqX),sub('(Une|E)xpressed$','',uniqX),mean)
axis(1,prettyX,names(prettyX),las=2)
legend(grconvertX(0.01,from='ndc'),grconvertY(0.15,from='ndc'),
names(activeCols),pch=21,col=cols,pt.bg=activeCols,xpd=NA)
###################################################
### code chunk number 17: ggPlot (eval = FALSE)
###################################################
## library(ggbeeswarm)
## n<-100
## dat<-rnorm(n*2)
## labs<-rep(c('a','b'),n)
## ggplot(mapping=aes(labs,dat))+geom_quasirandom()
###################################################
### code chunk number 18: showGg
###################################################
library(ggbeeswarm)
n<-100
dat<-rnorm(n*2)
labs<-rep(c('a','b'),n)
ggplot(mapping=aes(labs,dat))+geom_quasirandom()
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