R/seqggplot.R

In ECLOH/ViCaTraj: Construction et visualisation de trajectoires

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seqggplot<-function(TYPE="d", 
                    objseq = actcal.seq, groupes=NULL, 
                    merge_mods, col.selected=c("1", "2"), 
                    pmin.sup=0.05 , str.subs=NULL, max.k=2, SORTV=NULL, 
                    PAS.temps=NULL, TIME.varying=FALSE, Pourc.eff=FALSE, Sens=FALSE){
  
  if(TYPE=="flux"&length(col.selected)==1){
    stop("ATTENTION : veuillez sélectionner au moins deux moments pour le calcul du graphique de flux")
  }
  
  if(sum(class(objseq)!=c("stslist", "data.frame"))==0){
    #p<-
      seqggplot.internal(objseq.r1 = objseq, TYPE.r1=TYPE, grup_var.r1=groupes, 
                         merge_mods.r1 = merge_mods, col_selected.r1=col.selected, 
                         pmin.sup1 = pmin.sup, STR.SUBS.1 = str.subs, max.k1 = max.k, SORTV1=SORTV, 
                         PAS.temps1=PAS.temps, TIME.varying1=TIME.varying, Pourc.eff1=Pourc.eff, Sens1=Sens)
  } else {
    if(class(objseq)=="list"){
     # p<-
     lapply(1:length(objseq) , function(i){
       obji<-objseq[[i]]
       if(is.null(names(objseq))){
         nami<-i
       } else {nami <- names(objseq)[i] }
        seqggplot.internal(objseq.r1 = obji, 
                           TYPE.r1=TYPE, grup_var.r1=groupes, SORTV1=SORTV)+ggtitle(label = nami)
      })
    } else {
      NULL
    }
  }
  #return(p)
}