library(kwb.qmra)
#library(ggplot2)
### Create configuration files
if (FALSE) {
config_write_dummy()
config_write_dummy("C:/Users/mrustl/Documents/WC_Server/R_Development/trunk/RPackages/kwb.qmra/inst/extdata/configs/dummy")
}
################################################################################
#### 1) CONFIGURATION
################################################################################
confDirs <- dir("C:/Users/mrustl/Desktop/QMRA_configs",full.names = TRUE)
#### DEFINE DIRECTORY ################
configDir <- system.file("extdata/configs/dummy", package = "kwb.qmra")
config <- config_read(configDir)
config_write(config,
confName = "dummy1",
confDir = system.file("extdata/configs", package = "kwb.qmra"),
zipFiles = FALSE)
#### LOAD ############################
config <- config_read(confDir = confDirs[2])
################################################################################
#### 2) SIMULATE RISK
################################################################################
knitr::knit(input = "C:/Users/mrustl/Documents/WC_Server/R_Development/trunk/RPackages/kwb.qmra/inst/extdata/report/workflow.Rmd",
output = "C:/Users/mrustl/Documents/WC_Server/R_Development/trunk/RPackages/kwb.qmra/inst/extdata/report/workflow.md")
risk <- simulate_risk(config)
#inflow <- simulate_inflow(config)
################################################################################
#### 3) VISUALIZE
################################################################################
plot_inflow(risk)
plot_reduction(risk)
plot_effluent(risk)
plot_event_volume(risk)
plot_doseresponse(risk)
### Exposure: effluent conc * volume #####
plot_event_exposure(risk)
#### Dose: based on exposure discrete dose is calculated by using rpois(), for
#### details see: simulate_risk() function
plot_event_dose(risk)
#### RISK PER EVENT ######################
plot_event_infectionProb(risk)
plot_event_illnessProb(risk)
plot_event_dalys(risk)
#### RISK TOTAL ##########################
plot_total_infectionProb(risk)
plot_total_illnessProb(risk)
plot_total_dalys(risk)
################################################################################
#### 4) Create report
################################################################################
set.seed(seed = 1)
report_workflow(confDirs = "C:/Users/mrustl/Desktop/QMRA_configs")
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