fenix: fenix

# PORCENTAS ---------------------------------------------------------------

#dirUrl = "http://www.imarpe.pe/imarpe/archivos/reportes/imarpe_rpelag_porfinal"
DownloadPorcenta <- function(directorio, dirUrl, inicio, fin, ...){
  tiempo <- seq(as.Date(inicio), as.Date(fin), by = "day")
  tiempo2 <- strftime(tiempo,format="%d%m%Y")  
  for (i in 1:length(tiempo2))
  {
    url <- paste0(dirUrl, tiempo2[i], ".xlsx")
    destfile <- paste0(directorio,"imarpe_rpelag_porfinal",tiempo2[i],".xlsx")   
    try(download.file(url,destfile,method="internal",mode="wb"))
  }  
}


ReadPorcenta <- function (directorio, inicio, fin, ...) 
{
  out.porcenta  <- list()
  list.porcenta <- NULL
  
  tiempo  <- seq(as.Date(inicio), as.Date(fin), by = "day")
  tiempo2 <- strftime(tiempo, format = "%d%m%Y")
  
  desembarque     <- NULL
  n.embarcaciones <- NULL
  e.muestreadas   <- NULL
  p.juveniles     <- NULL
  moda            <- NULL
  OtrosSp         <- NULL
  Xwarnings       <- NULL
  
  for (i in 1:length(tiempo2)) {
    file_name <- paste(directorio, paste("imarpe_rpelag_porfinal", 
                                         tiempo2[i], ".xlsx", sep = ""), sep = "")
    wb <- NULL
    wb <- tryCatch({
      loadWorkbook(file_name)
    }, error = function(e) {
      message("Not Found", file_name)
      return(wb)
    })
    
    if(!is.null(wb)){
      
      desemb <- readWorksheet(wb, sheet = "reporte", startRow = 11, 
                              startCol = 3, endRow = 12, endCol = 40)
      
      n.embar <- readWorksheet(wb, sheet = "reporte", startRow = 12, 
                               startCol = 3, endRow = 13, endCol = 40)
      
      e.muest <- readWorksheet(wb, sheet = "reporte", startRow = 13, 
                               startCol = 3, endRow = 14, endCol = 40)
      
      p.juv <- readWorksheet(wb, sheet = "reporte", startRow = 14, 
                             startCol = 3, endRow = 15, endCol = 40)
      
      mod <- readWorksheet(wb, sheet = "reporte", startRow = 15, 
                           startCol = 3, endRow = 16, endCol = 40)
      
      OTROS <- readWorksheet(wb, sheet = "reporte", startRow = 23, 
                             startCol = 2, endRow = 37, endCol = 41)
      OTROS <- OTROS[,-ncol(OTROS)]
      if(dim(OTROS)[2] < 39){
        OTROS <- cbind(OTROS, matrix(NA, ncol = 39-dim(OTROS)[2], nrow = nrow(OTROS)))
      }
    }else{
      desemb  <- rep(NA, 39)
      n.embar <- rep(NA, 39)
      e.muest <- rep(NA, 39)
      p.juv   <- rep(NA, 39)
      mod     <- rep(NA, 39)
      OTROS <- data.frame(matrix(NA, ncol = 39, nrow = 14))
      OTROS[,1] <- "NONE"
    }
    
    
    Xwarnings = rbind(Xwarnings, tiempo2[i])
    porcenta = print(tiempo2[i])
    
    desemb1 <- t(matrix(as.numeric(desemb)))
    desembarque <- rbind(desembarque, desemb1)
    
    n.embar1 <- t(matrix(as.numeric(n.embar)))
    n.embarcaciones <- rbind(n.embarcaciones, n.embar1)
    
    e.muest1      <- t(matrix(as.numeric(e.muest)))
    e.muestreadas <- rbind(e.muestreadas, e.muest1)
    
    p.juv1      <- t(matrix(as.numeric(p.juv)))
    p.juveniles <- rbind(p.juveniles, p.juv1)
    
    mod1   <- t(matrix(as.numeric(mod)))
    moda   <- rbind(moda, mod1)
    
    OtrosSp <- rbind(OtrosSp, OTROS)
  }
  
  NameSp <- unique(OtrosSp$Especies)
  puertos_porcentas <- c("Paita", "Paita", "Parachique", "Parachique", 
                         "Chicama", "Chicama", "Chimbote", "Chimbote", "Samanco", 
                         "Samanco", "Casma", "Casma", "Huarmey", "Huarmey", "Supe", 
                         "Supe", "Vegueta", "Vegueta", "Huacho", "Huacho", "Chancay", 
                         "Chancay", "Callao", "Callao", "T.Mora", "T.Mora", "Pisco", 
                         "Pisco", "Atico", "Atico", "Planchada", "Planchada", 
                         "Quilca", "Quilca", "Mollendo", "Mollendo", "Ilo", "Ilo")
  
  tipo <- c(rep(c("Ind", "Ind Mad"), length(puertos_porcentas)/2))
  puerto <- c("tiempo", as.character(tiempo))
  
  #######################################################
  
  desembarque[is.na(desembarque)] <- 0
  n.embarcaciones[is.na(n.embarcaciones)] <- 0
  e.muestreadas[is.na(e.muestreadas)] <- 0
  p.juveniles[is.na(p.juveniles)] <- 0
  moda[is.na(moda)] <- 0
  OtrosSp[is.na(OtrosSp)] <- 0
  
  #######################################################
  
  desembarque <- data.frame(desembarque)
  n.embarcaciones <- data.frame(n.embarcaciones)
  e.muestreadas <- data.frame(e.muestreadas)
  p.juveniles <- data.frame(p.juveniles)
  moda <- data.frame(moda)
  OtrosSp <- data.frame(OtrosSp)
  
  desembarque <- data.frame(rbind(tipo, desembarque))
  names(desembarque) <- puertos_porcentas
  
  n.embarcaciones <- data.frame(rbind(tipo, n.embarcaciones))
  names(n.embarcaciones) <- puertos_porcentas
  
  e.muestreadas <- data.frame(rbind(tipo, e.muestreadas))
  names(e.muestreadas) <- puertos_porcentas
  
  p.juveniles <- data.frame(rbind(tipo, p.juveniles))
  names(p.juveniles) <- puertos_porcentas
  
  moda <- data.frame(rbind(tipo, moda))
  names(moda) <- puertos_porcentas
  
  OtrosSp <- data.frame(rbind(c("Especies",tipo), OtrosSp))
  names(OtrosSp) <- c("Especies",puertos_porcentas)
  
  #################################################
  
  desembarque <- cbind(puerto, desembarque)
  n.embarcaciones <- cbind(puerto, n.embarcaciones)
  e.muestreadas <- cbind(puerto, e.muestreadas)
  p.juveniles <- cbind(puerto, p.juveniles)
  moda <- cbind(puerto, moda)
  OtrosSp <- cbind(c("tiempo",sort(rep(puerto[-1], times = 14))), OtrosSp); names(OtrosSp)[1] <- "puerto"
  Xwarnings <- data.frame(Fechas = Xwarnings)
  
  out.porcenta$desembarque = desembarque
  out.porcenta$n.embarcaciones = n.embarcaciones
  out.porcenta$e.muestreadas = e.muestreadas
  out.porcenta$p.juveniles = p.juveniles
  out.porcenta$moda = moda
  out.porcenta$OtrosSp = OtrosSp
  out.porcenta$warnings = Xwarnings
  
  out.porcenta <- suppressWarnings(out.porcenta)
  return(out.porcenta)
}

# ReadPorcenta <- function(directorio, inicio, fin,...){
#   out.porcenta  = list()
#   list.porcenta = NULL
#   
#   tiempo    <- seq(as.Date(inicio), as.Date(fin), by = "day")
#   tiempo2 <- strftime(tiempo,format="%d%m%Y")  
#   
#   desembarque     <- NULL
#   n.embarcaciones <- NULL
#   e.muestreadas   <- NULL
#   p.juveniles     <- NULL
#   moda            <- NULL
#   
#   for(i in 1:length(tiempo2))
#   {
#     file_name <- paste(directorio,paste("imarpe_rpelag_porfinal",tiempo2[i],".xlsx",sep=""),sep="")
#     wb <- NULL
#     wb <- tryCatch({
#       loadWorkbook(file_name)        
#     }, error=function(e) {
#       message("Not Found",file_name)
#       return(wb)
#     })
#     if(!is.null(wb)){
#       desemb  <- readWorksheet(wb, sheet="reporte",startRow = 11, startCol = 3,endRow = 12, endCol = 40) 
#       n.embar <- readWorksheet(wb, sheet="reporte",startRow = 12, startCol = 3, endRow = 13, endCol = 40) 
#       e.muest <- readWorksheet(wb, sheet="reporte",startRow = 13, startCol = 3, endRow = 14, endCol = 40) 
#       p.juv   <- readWorksheet(wb, sheet="reporte",startRow = 14, startCol = 3, endRow = 15, endCol = 40) 
#       mod     <- readWorksheet(wb, sheet="reporte",startRow = 15, startCol = 3, endRow = 16, endCol = 40)  
#     }else{
#       desemb  <- rep(NA, 38)
#       n.embar <- rep(NA, 38)
#       e.muest <- rep(NA, 38)
#       p.juv   <- rep(NA, 38)
#       mod     <- rep(NA, 38)
#       }
#     
#     porcenta = print(tiempo2[i])
#     list.porcenta = rbind(list.porcenta, porcenta)
#     
#     desemb1  <- t(matrix(as.numeric(desemb)))
#     desembarque <-rbind(desembarque,desemb1)
#     
#     n.embar1  <- t(matrix(as.numeric(n.embar)))
#     n.embarcaciones <-rbind(n.embarcaciones,n.embar1)
#     
#     e.muest1  <- t(matrix(as.numeric(e.muest)))
#     e.muestreadas <-rbind(e.muestreadas,e.muest1)
#     
#     p.juv1  <- t(matrix(as.numeric(p.juv)))
#     p.juveniles <-rbind(p.juveniles,p.juv1)
#     
#     mod1  <- t(matrix(as.numeric(mod)))
#     moda <-rbind(moda,mod1)    
#   }
#   
#   #desembarque0 <- desembarque
#   puertos_porcentas <-  c("Paita","Paita","Parachique","Parachique","Chicama","Chicama",
#                           "Chimbote","Chimbote","Samanco","Samanco","Casma","Casma",
#                           "Huarmey","Huarmey","Supe","Supe","Vegueta","Vegueta","Huacho","Huacho",
#                           "Chancay","Chancay","Callao","Callao","T.Mora","T.Mora",
#                           "Pisco","Pisco","Atico","Atico","Planchada","Planchada","Quilca","Quilca",
#                           "Mollendo","Mollendo","Ilo","Ilo")  
#   
#   tipo <- c(rep(c("Ind", "Ind Mad"),length(puertos_porcentas)/2))
#   puerto <- c("tiempo",as.character(tiempo))
#   
#   desembarque[is.na(desembarque)] <- 0
#   n.embarcaciones[is.na(n.embarcaciones)] <- 0
#   e.muestreadas[is.na(e.muestreadas)] <- 0
#   p.juveniles[is.na(p.juveniles)] <- 0
#   moda[is.na(moda)] <- 0
#   ##
#   desembarque <- data.frame(desembarque)
#   n.embarcaciones  <- data.frame(n.embarcaciones)
#   e.muestreadas <- data.frame(e.muestreadas)
#   p.juveniles <- data.frame(p.juveniles)
#   moda <- data.frame(moda)
#   ##
#   desembarque <- data.frame(rbind(tipo,desembarque));names(desembarque) <- puertos_porcentas
#   n.embarcaciones <- data.frame(rbind(tipo,n.embarcaciones));names(n.embarcaciones) <- puertos_porcentas
#   e.muestreadas <- data.frame(rbind(tipo,e.muestreadas));names(e.muestreadas) <- puertos_porcentas
#   p.juveniles <- data.frame(rbind(tipo,p.juveniles));names(p.juveniles) <- puertos_porcentas
#   moda <- data.frame(rbind(tipo,moda));names(moda) <- puertos_porcentas
#   ##
#   desembarque <- cbind(puerto,desembarque)
#   n.embarcaciones <- cbind(puerto,n.embarcaciones)
#   e.muestreadas <- cbind(puerto,e.muestreadas)
#   p.juveniles <- cbind(puerto,p.juveniles)
#   moda <- cbind(puerto,moda)
#   
#   out.porcenta$desembarque = desembarque
#   out.porcenta$n.embarcaciones = n.embarcaciones
#   out.porcenta$e.muestreadas = e.muestreadas
#   out.porcenta$p.juveniles = p.juveniles
#   out.porcenta$moda = moda
#   
#   return(out.porcenta)
# }


reportePorcentaExcel = function(objeto, ...){
  
  library(openxlsx)
  
  wb <- createWorkbook()
  
  options("openxlsx.borderStyle" = "thin")
  options("openxlsx.borderColour" = "#4F81BD")
  
  ## Add worksheets
  addWorksheet(wb, "desembarque")
  addWorksheet(wb, "embarcaciones")
  addWorksheet(wb, "embarcaciones_muestreadas")
  addWorksheet(wb, "juveniles")
  addWorksheet(wb, "moda")
  
  writeData(wb, "desembarque", out$desembarque, startCol = 1, startRow = 1, rowNames = FALSE)
  writeData(wb, "embarcaciones", out$n.embarcaciones, startCol = 1, startRow = 1, rowNames = FALSE)
  writeData(wb, "embarcaciones_muestreadas", out$e.muestreadas, startCol = 1, startRow = 1, rowNames = FALSE)
  writeData(wb, "juveniles", out$p.juveniles, startCol = 1, startRow = 1, rowNames = FALSE)
  writeData(wb, "moda", out$moda, startCol = 1, startRow = 1, rowNames = FALSE)
  
  saveWorkbook(wb, paste(out_excel,"/",file, sep = ""), overwrite = TRUE)
  
}


dataFrame = function(data, ...){
  
  require(lubridate)
  
  data = data[-1,]
  for(i in 1:ncol(data)){
    if(i == 1){
      data[,i] = as.Date(as.character(data[,i]), format = "%Y-%m-%d")
      data[,i] = month(as.POSIXlt(data[,i], format="%Y-%m-%d"))
    }else{
      data[,i] = as.numeric(as.character(data[,i]))  
    }
  } 
  return(data)
}


DoMonthCatch <- function(data) {
  
  catchMonth = NULL
  for(i in unique(data[, 1])){
    mdata = data[data$puerto == i, ]
    catch  = apply(mdata[-1], 2, sum)
    catchMonth   = rbind(catchMonth, catch)
  }
  catchMonth <- data.frame(catchMonth)
  catchMonth <- cbind(1:nrow(catchMonth),catchMonth)
  names(catchMonth)[1] <- "Meses"
  return(catchMonth)
}


porcentaPuertoRegion <- function(data){
  
  out = list()
  # NORTE - CENTRO
  data.nc = data.frame(cbind(apply(data[,2:5],1,sum),
                             apply(data[,6:7],1,sum),
                             apply(data[,8:13],1,sum),
                             apply(data[,14:23],1,sum),
                             apply(data[,24:25],1,sum),
                             apply(data[,26:29],1,sum)))
  
  names(data.nc) = c("paita", "chicama", "chimbote", "huacho", "callao", "pisco")                                  
  data.nc$fecha  = data$Fecha
  data.nc$dia    = as.numeric(substring(data.nc$fecha,9,10))
  data.nc$mes    = as.numeric(substring(data.nc$fecha,6,7))
  data.nc$md     = paste(data.nc$mes, "-",data.nc$dia, sep = "")
  
  # SUR
  data.sur = data.frame(cbind(apply(data[,30:31],1,sum),
                              apply(data[,32:33],1,sum),
                              apply(data[,36:37],1,sum),
                              apply(data[,38:39],1,sum)))
  
  names(data.sur) = c("atico", "planchada", "mollendo", "ilo")                                  
  data.sur$fecha  = data$Fecha
  data.sur$dia    = as.numeric(substring(data.sur$fecha,9,10))
  data.sur$mes    = as.numeric(substring(data.sur$fecha,6,7))
  data.sur$md     = paste(data.sur$mes, "-",data.sur$dia, sep = "")
  
  out$data.nc  = data.nc
  out$data.sur = data.sur
  
  return(out)
}