inst/doc/CompareGroups.R

In USGS-R/smwrStats: R functions to support statistical methods in water resources

### R code from vignette source 'CompareGroups.Rnw'

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### code chunk number 1: CompareGroups.Rnw:29-35
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# Load the stats, smwrData, and smwrStats packages
library(stats)
library(smwrData)
library(smwrStats)
# Get the dataset
data(AppalachianSpecCap)


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### code chunk number 2: CompareGroups.Rnw:43-51
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# setSweave is a specialized function that sets up the graphics page for
# Sweave scripts. For interactive use, it should be removed and the
# default setting for set.up can be used.
setSweave("CG01", 5, 5)
with(AppalachianSpecCap, boxPlot(LogSpecCap, group=RockType,
																 Box=list(type="tukey")))
# Required call to close PDF output graphics
graphics.off()


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### code chunk number 3: CompareGroups.Rnw:53-55
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cat("\\includegraphics{CG01.pdf}\n")
cat("\\paragraph{}\n")


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### code chunk number 4: CompareGroups.Rnw:65-67
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# Perform the analysis using a formula
kruskal.test(LogSpecCap ~ RockType, data=AppalachianSpecCap)


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### code chunk number 5: CompareGroups.Rnw:72-76
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# Perform the MCT using the default Tukey method for determining the
# critical value for separating groups.
with(AppalachianSpecCap, multicomp.test(LogSpecCap, RockType,
																				method="non"))


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### code chunk number 6: CompareGroups.Rnw:86-88
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# Perform the analysis using a formula
oneway.test(LogSpecCap ~ RockType, data=AppalachianSpecCap)


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### code chunk number 7: CompareGroups.Rnw:93-97
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# Perform the MCT using the default Tukey method for determining the
# critical value for separating groups.
with(AppalachianSpecCap, multicomp.test(LogSpecCap, RockType,
																				method="para"))