R/lookup_species.R

In bcgov/BCForestGroundSample: BC forest ground sample compilation

## Species lookup table

lookup_species <- function(){
  speciesmatrix <- matrix(ncol = 7,
                          byrow = TRUE,
                          ## SPECIES SP   DESCRIPTION                  SP_SINDEX SP_TYPE SP_COST
                          data = c("A",     "AC", "Cottonwood",                "AT",      "D",     "AC",    "POPULUS",
                                   "AC",    "AC", "Poplar",                    "ACB",     "D",     "AC",    "POPUBAL",
                                   "ACB",   "AC", "Balsam Poplar",             "ACB",     "D",     "AC",    "POPUBAL1",
                                   "ACT",   "AC", "Black Cottonwood",          "ACT",     "D",     "AC",    "POPUBAL2",
                                   "ACT",   "AC", "Black Cottonwood",          "ACT",     "D",     "AC",    "POPUTRI",
                                   "AD",    "AC", "Southern Cottonwood",       "ACT",     "D",     "AC",    "POPUDEL1",
                                   "AD",    "AC", "Southern Cottonwood",       "ACT",     "D",     "AC",    "POPUDEL",
                                   "AH",    "AC", "Poplar Cottonwood/HYBD",    "ACT",     "D",     "AC",    NA,
                                   "AT",    "AT", "Trembling Aspen",           "AT",      "D",     "AC",    "POPUTRE",
                                   "AX",    "AC", "Hybrid Poplar",             "ACB",     "D",     "AC",    "POPULX",
                                   "B",     "B",  "Balsam",                    "BA",      "C",     "B",     "ABIES",
                                   "BA",    "B",  "Amabalis Fir",              "BA",      "C",     "B",     "ABIEAMA",
                                   "BB",    "B",  "Balsam Fir",                "BL",      "C",     "B",     "ABIEBAL",
                                   "BC",    "B",  "White Fir",                 "BA",      "C",     "B",     "ABIECON",
                                   "BG",    "B",  "Grand Fir",                 "BA",      "C",     "B",     "ABIEGRA",
                                   "BL",    "B",  "Subalpine Fir",             "BL",      "C",     "B",     "ABIELAS",
                                   "BM",    "B",  "Shasta Red Fir",            "BA",      "C",     "B",     "ABIEMAG1",
                                   "BP",    "B",  "Noble Fir",                 "BP",      "C",     "B",     "ABIEPRO",
                                   "C",     "C",  "Cedar",                     "CW",      "C",     "C",     "THUJA",
                                   "CI",    "C",  "Incense Cedar",             "CW",      "C",     "C",     NA,
                                   "CP",    "C",  "Port-Orford Cedar",         "CW",      "C",     "Y",     NA,
                                   "CW",    "C",  "Western Red Cedar",         "CW",      "C",     "C",     "THUJPLI",
                                   "CY",    "Y",  "Yellow Cedar",              "CW",      "C",     "Y",     NA,
                                   "D",     "D",  "Alder",                     "DR",      "D",     "D",     "ALNUS",
                                   "DG",    "D",  "Sitka Alder",               "DR",      "D",     "D",     NA,
                                   "DM",    "D",  "Mountain Alder",            "DR",      "D",     "D",     "ALNUTEN",
                                   "DR",    "D",  "Red Alder",                 "DR",      "D",     "D",     "ALNURUB",
                                   "DS",    "D",  "Sitka Alder",               "DR",      "D",     "D",     NA,
                                   "E",     "E",  "Birch",                     "AT",      "D",     "D",     "BETULA",
                                   "EA",    "E",  "Alaska Paper Birch",        "AT",      "D",     "D",     "BETUNEO",
                                   "EB",    "E",  "Scrub Birch",               "AT",      "D",     "D",     NA,
                                   "EE",    "E",  "European birch",            "AT",      "D",     "D",     "BETUPEN",
                                   "EP",    "E",  "Paper Birch",               "AT",      "D",     "D",     "BETUPAP",
                                   "ES",    "E",  "Silver birch",              "AT",      "D",     "D",     "BETUPUB",
                                   "EW",    "E",  "Water Birch",               "AT",      "D",     "D",     "BETUOCC",
                                   "EXP",   "E",  "Alaska x paper birch hybr", "AT",      "D",     "D",     "BETUXWI",
                                   "EY",    "E",  "Yellow Birch",              "AT",      "D",     "D",     "BETUALL",
                                   "F",     "F",  "Douglas-Fir",               "FD",      "C",     "F",     "PSEUDOT",
                                   "FD",    "F",  "Douglas-Fir",               "FD",      "C",     "F",     "PSEUMEN",
                                   "FDC",   "F",  "Coastal Douglas-fir",       "FDC",     "C",     "F",     "PSEUMEN2",
                                   "FDI",   "F",  "Interior Douglas-fir",      "FDI",     "C",     "F",     "PSEUMEN1",
                                   "G",     "MB", "Dogwood",                   "DR",      "D",     "D",     "CORNUS",
                                   "GP",    "MB", "Pacific Dogwood",           "DR",      "D",     "D",     "CORNNUT",
                                   "H",     "H",  "Hemlock",                   "HW",      "C",     "H",     "TSUGA",
                                   "HM",    "H",  "Mountain Hemlock",          "HWC",     "C",     "H",     "TSUGMER",
                                   "HW",    "H",  "Western Hemlock",           "HW",      "C",     "H",     "TSUGHET",
                                   "HXM",   "H",  "Mtn * Wstrn Hemlock Hybri", "HWC",     "C",     "H",     "TSUGHEE",
                                   "IG",    "C",  "Giant Sequoia",             "CW",      "C",     "C",     NA,
                                   "IS",    "C",  "Coast Redwood",             "CW",      "C",     "C",     NA,
                                   "J",     "C",  "Juniper",                   "CW",      "C",     "C",     "JUNIPER",
                                   "JR",    "C",  "Rocky Mtn. Juniper",        "CW",      "C",     "C",     "JUNISCO",
                                   "K",     "E",  "Cascara",                   "AT",      "D",     "D",     "RHAMNUS",
                                   "KC",    "E",  "Cascara",                   "AT",      "D",     "D",     "RHAMPUR",
                                   "L",     "L",  "Larch",                     "LW",      "C",     "F",     "LARIX",
                                   "LA",    "L",  "Alpine Larch",              "LW",      "C",     "F",     "LARILYA",
                                   "LD",    "L",  "Dahurian (Bob's) Larch",    "LW",      "C",     "F",     "LARIGME",
                                   "LE",    "L",  "Eastern Larch",             "LW",      "C",     "F",     NA,
                                   "LT",    "L",  "Tamarak",                   "LW",      "C",     "F",     "LARILAR",
                                   "LW",    "L",  "Western Larch",             "LW",      "C",     "F",     "LARIOCC",
                                   "M",     "MB", "Maple",                     "DR",      "D",     "M",     "ACER",
                                   "MB",    "MB", "Bigleaf Maple",             "DR",      "D",     "M",     "ACERMAC",
                                   "ME",    "E",  "Box Elder",                 "DR",      "D",     "M",     "ACERNEG",
                                   "MN",    "MB", "Norway maple",              "DR",      "D",     "M",     "ACERPLA",
                                   "MR",    "MB", "Douglas Maple",             "DR",      "D",     "M",     NA,
                                   "MS",    "MB", "Sycamore maple",            "DR",      "D",     "M",     "ACERPSE",
                                   "MV",    "MB", "Vine Maple",                "DR",      "D",     "M",     "ACERCIR",
                                   "OA",    "C",  "Incense-cedar",             "CW",      "C",     "C",     "CALODEC",
                                   "OB",    "C",  "Giant sequoia",             "CW",      "C",     "C",     "SEQUGIG",
                                   "OC",    "C",  "Coast redwood",             "CW",      "C",     "C",     "SEQUSEM",
                                   "OD",    "MB", "European mountain-ash",     "AT",      "D",     "D",     "SORBAUC",
                                   "OE",    "MB", "Siberian elm",              "AT",      "D",     "D",     "ULMUPUM",
                                   "OF",    "MB", "common pear",               "AT",      "D",     "D",     "PYRUCOM",
                                   "OG",    "MB", "Oregon ash",                "AT",      "D",     "D",     "FRAXLAT",
                                   "OH",    "MB", "White Ash",                 "AT",      "D",     "D",     "FRAXAME",
                                   "OI",    "MB", "Shagbark Hickory",          "AT",      "D",     "D",     "CARYOVA",
                                   "P",     "PL", "Pine",                      "PL",      "C",     "P",     "PINUS",
                                   "PA",    "PA", "Whitebark Pine",            "PL",      "C",     "P",     "PINUALB",
                                   "PF",    "PW", "Limber Pine",               "PL",      "C",     "P",     "PINUFLE",
                                   "PJ",    "PL", "Jack Pine",                 "PL",      "C",     "P",     "PINUBAN",
                                   "PL",    "PL", "Lodgepole Pine",            "PL",      "C",     "P",     "PINUCON",
                                   "PLC",   "PL", "Shore Pine",                "PL",      "C",     "P",     "PINUCON1",
                                   "PLI",   "PL", "Lodgepole Pine Interior",   "PL",      "C",     "P",     "PINUCON2",
                                   "PM",    "PW", "Monterey Pine",             "PL",      "C",     "P",     "PINURAD",
                                   "PR",    "PW", "Red Pine",                  "PL",      "C",     "P",     "PINURES",
                                   "PS",    "PW", "Sugar Pine",                "PL",      "C",     "P",     "PINULAM",
                                   "PW",    "PW", "Western White Pine",        "PW",      "C",     "P",     "PINUMON",
                                   "PXJ",   "PL", "Lodgepole x Jack Pine",     "PL",      "C",     "P",     "PINUXMU",
                                   "PY",    "PY", "Ponderosa Pine",            "PY",      "C",     "P",     "PINUPON",
                                   "Q",     "MB", "Oak",                       "AT",      "D",     "D",     "QUERCUS",
                                   "QE",    "MB", "English oak",               "AT",      "D",     "D",     "QUERROB",
                                   "QG",    "MB", ", Garry Oak",                "AT",      "D",     "D",     "QUERGAR",
                                   "QW",    "MB", "White Oak",                 "AT",      "D",     "D",     "QUERALB",
                                   "R",     "MB", "Arbutus",                   "DR",      "D",     "D",     "ARBUTUS",
                                   "RA",    "MB", "Arbutus",                   "DR",      "D",     "D",     "ARBUMEN",
                                   "S",     "S",  "Spruce",                    "S",       "C",     "S",     "PICEA",
                                   "SA",    "S",  "Norway Spruce",             "SW",      "C",     "S",     NA,
                                   "SB",    "S",  "Black Spruce",              "SB",      "C",     "S",     "PICEMAR",
                                   "SE",    "S",  "Engelmann Spruce",          "SW",      "C",     "S",     "PICEENG",
                                   "SN",    "S",  "Norway spruce",             "SW",      "C",     "S",     "PICEABI",
                                   "SS",    "S",  "Sitka Spruce",              "SS",      "C",     "S",     "PICESIT",
                                   "SW",    "S",  "White Spruce",              "SW",      "C",     "S",     "PICEGLA",
                                   "SX",    "S",  "Spruce Hybrid",             "SW",      "C",     "S",     "PICEAX",
                                   "SXB",   "S",  "Spruce glauca * mariana",   "SW",      "C",     "S",     "PICEGLM",
                                   "SXE",   "S",  "Sitka X Engleman Spruce",   "SS",      "C",     "S",     "PICEENS",
                                   "SXL",   "S",  "Sitka x White Spruce",      "SS",      "C",     "S",     "PICEXLU",
                                   "SXS",   "S",  "Sitka & Unknown Spruce",    "SS",      "C",     "S",     "PICESIX",
                                   "SXW",   "S",  "White x Engelmann Spruce",  "SW",      "C",     "S",     "PICEENE",
                                   "SXX",   "S",  "Spruce glauca x engelmann", "SW",      "C",     "S",     "PICEGES",
                                   "T",     "H",  "Yew",                       "HWC",     "C",     "Y",     "TAXUS",
                                   "TW",    "H",  "Pacific Yew",               "HWC",     "C",     "Y",     "TAXUBRE",
                                   "U",     "E",  "Apple",                     "AT",      "D",     "D",     "MALUS",
                                   "UA",    "E",  "apple",                     "AT",      "D",     "D",     "MALUPUM",
                                   "UP",    "E",  "Pacific crab apple",        "AT",      "D",     "D",     "MALUFUS",
                                   "V",     "E",  "Cherry",                    "AT",      "D",     "D",     "PRUNUS",
                                   "VB",    "E",  "Bitter Cherry",             "AT",      "D",     "D",     "PRUNEMA",
                                   "VP",    "E",  "Pin Cherry",                "AT",      "D",     "D",     "PRUNPEN",
                                   "VS",    "E",  "sweet cherry",              "AT",      "D",     "D",     "PRUNAVI",
                                   "VV",    "E",  "Choke Cherry",              "AT",      "D",     "D",     "PRUNVIR",
                                   "W",     "E",  "Willow",                    "AT",      "D",     "D",     "SALIX",
                                   "WA",    "E",  "Peachleaf willow",          "AT",      "D",     "D",     "SALIAMY",
                                   "WB",    "E",  "Bebb's willow",             "AT",      "D",     "D",     "SALIBEB",
                                   "WD",    "E",  "pussy willow",              "AT",      "D",     "D",     "SALIDIS",
                                   "WP",    "E",  "Pacific willow",            "AT",      "D",     "D",     "SALILUC2",
                                   "WP",    "E",  "Pacific willow",            "AT",      "D",     "D",     "SALILUC",
                                   "WS",    "E",  "Scouler's willow",          "AT",      "D",     "D",     "SALISCO",
                                   "WT",    "E",  "Sitka willow",              "AT",      "D",     "D",     "SALISIT",
                                   "X",     "F",  "Unknown tree",              "FD",      "C",     "B",     NA,
                                   "XC",    "F",  "Unknown Conifer",           "FD",      "C",     "B",     NA,
                                   "XH",    "E",  "Unknown Hardwood",          "AT",      "D",     "D",     NA,
                                   "Y",     "Y",  "Cypress",                   "CW",      "C",     "Y",     "CHAMAEC",
                                   "YC",    "Y",  "Yellow Cedar",              "CW",      "C",     "Y",     "CHAMNOO",
                                   "YP",    "Y",  "Port Orford-cedar",         "CW",      "C",     "Y",     "CHAMLAW",
                                   "Z",     "E",  "Other tree, not on list",   "FD",      "D",     "B",     NA,
                                   "ZC",    "F",  "Other Conifer",             "FD",      "C",     "B",     NA,
                                   "ZH",    "E",  "Other Hardwood",            "AT",      "D",     "AC",    NA))
  speciestable <- as.data.table(as.data.frame(speciesmatrix))
  names(speciestable) <- c("SPECIES", "SP0", "DESCRIPTION", "SP_SINDEX", "SP_TYPE", "SP_COST", "LONG_SPECIES")
  speciestable[,':='(SPECIES = as.character(SPECIES),
                     SP0 = as.character(SP0),
                     DESCRIPTION = as.character(DESCRIPTION),
                     SP_SINDEX = as.character(SP_SINDEX),
                     SP_TYPE = as.character(SP_TYPE),
                     SP_COST = as.character(SP_COST),
                     LONG_SPECIES = as.character(LONG_SPECIES))]

  return(speciestable)
}