R/data.R

#' Artiodactyl brain data 
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#' Morphological data on mean neocortex area (mm^2), mean brain size (g) and mean body size (g) for 43 species, including estimates of within-species observational error. These standard errors are not based directly on the unbiased sample variance estimator. The sample variances were first calculated, then a "global sample variance" was estimated using a weighted average. Lastly, the global sample variance was divided by the respective within-species sample size for each species to obtain the squared standard error as reported in the dataset.
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#' @docType data
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#' @usage data(neocortex)
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#' @format An object of class \code{"data.frame"}.
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#' @keywords datasets
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#' @references 
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#' The following literature includes details on the original data collection.
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#' \itemize{
#' \item{Haarmann, K., & Oboussier, H. (1972). Morphologishce und quantitative Neocortexuntersuchungen bei Boviden, ein Beitrag zur Phylogenie dieser Familie. II. Formen geringen Körpergewichts (3kg - 25kg) aus den Subfamilien Cephalophinae und Antilopinae. Mitteilungen Aus Dem Hamburgischen Zoologischen Museum Und Institut, 68, 231–269.}
#' 
#' \item{Oboussier, H. (1972). Morphologische und quantitative Neocortexuntersuchungen bei Boviden, ein Beitrag zur Phylogenie dieser Familie III. Formen über 75 kg Körpergewicht. Mitteilungen Aus Dem Hamburgischen Zoologischen Museum Und Institut, 68, 271–292.}
#' 
#' \item{Oboussier, H. (1978). Zur Kenntnis des Bergnyalas (Tragelaphus buxtoni) und des Bongos (Taurotragus euryceros). Untersuchungen über den Körperbau und das Gehirn. Zeitschrift Für Säugetierkunde, 43, 114–125.}
#' 
#' \item{Oboussier, H., & Möller, G. (1971). Zur Kenntnis des Gehirns der Giraffidae (Pecora, Artiodactyla, Mammalia) - ein Vergleich der Neocortex-Oberflåachengrösse). Zeitschrift Für Säugetierkunde, 36, 291–296.}
#' 
#' \item{Ronnefeld, U. (1970). Morphologische und quantitative Neocortexuntersuchungen bei Boviden, ein Beitrag zur Phylogenie dieser Familie. I. Formen mittlerer Körpergrösse (25 kg bis 75 kg). Gegenbaurs Morphologische Jahrbuch, 161–230.}
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#' }
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#' See also:
#' \itemize{
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#' \item{Haarmann, K. (1975). Morphological and histological study of neocortex of bovides (Antilopinae, Cephalophinae) and Tragulidae with comments on evolutionary development. Journal Fur Hirnforschung, 16, 93–116.}
#' 
#' \item{Oboussier, H. (1979). Evolution of the brain and phylogenetic development of African Bovidae. South African Journal of Zoology, 14(3), 119–124. https://doi.org/10.1080/02541858.1979.11447660}
#' 
#' }
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#' @examples
#' data(neocortex)
#' plot(neocortex$brain_mass_g_log_mean, neocortex$neocortex_area_mm2_log_mean)
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"neocortex"


#' Artiodactyla Phylogeny
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#' A phylogenetic tree of Artiodactyla (even-toed ungulates).
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#' @docType data
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#' @usage data(artiodactyla)
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#' @format An object of class \code{"phylo"}, from package \code{"ape"}.
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#' @keywords datasets
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#' @references 
#' 
#' The tree is taken from Toljagic et al. (2017).
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#' \itemize{
#' \item{Toljagić, O., Voje, K. L., Matschiner, M., Liow, L. H., & Hansen, T. F. (2017). Millions of years behind: Slow adaptation of ruminants to grasslands. Systematic Biology, (318). https://doi.org/10.1093/sysbio/syx059}
#' }
#' 
#'
#' @examples
#' data(artiodactyla)
#' library(ape)
#' plot(artiodactyla)
#' 
#' # Note: This tree also has regime information for each internal node in the tree:
#' print(artiodactyla$node.label)
#' 
"artiodactyla"
bjornkopperud/slouchexp documentation built on Feb. 16, 2024, 4:49 a.m.