fisabior
fisabior
es un paquete de R cuyo único propósito es estructurar y organizar el entorno de trabajo, facilitando el trabajo en equipo.
El proyecto generado con su función principal (init_proj()
) se estructura en 3 directorios, lo que permite seguir un criterio unificado a la hora de trabajar en equipo o, sencillamente, retomar un trabajo individual que se aparcase hace algún tiempo. El contenido de cada uno de estos directorios es:
configuracion/config.R
, el cual se ejecuta al inicio de cada sesión de RStudio para cargar tanto funciones comunes como paquetes de uso continuado.*.csv
), aunque también es posible emplear el formato nativo de R (*.RData
) o una base de datos SQL.*.R
.A su vez, la función init_proj()
permite crear directorios extra para el seguimiento de un artículo y para almacenar código foráneo:
Gracias al conjunto de funciones informe_*()
y presentacion_*()
, se pueden generar informes y presentaciones en varios formatos, todos ellos dentro del directorio informes
, el cual a su vez contiene un directorio por formato, albergando también las imágenes y datos de caché:
- informes:
- docx: documentos MS Office Word producidos por rmarkdown-knitr,
- odt: documentos LibreOffice Writer producidos rmarkdown-knitr,
- pdf: documentos PDF producidos por rmarkdown-knitr-LaTeX,
- latex: documentos TeX y PDF producidos por knitr-LaTeX,
- beamer: presentaciones TeX y PDF producidos por rmarkdown-knitr-LaTeX,
- html: documentos HTML producidos por rmarkdown-knitr.
- cache: conjuntos de datos *.Rdata
generados durante el análisis, los cuales se guardan de manera temporal como copia de respaldo que evita tener que ejecutar una y otra vez todos los datos. También alberga aquellos datos procedentes de informes elaborados con knitr
para los que se establezca como opción cache = TRUE
los cuales, dependiendo del programa empleado para generarlos, se almacenaran en subdirectorios creados junto con el informe.
- figuras: gráficos en diversos formatos generados tanto en el análisis como en la redacción de informes.
Puedes instalar este paquete empleando la función install_github()
del paquete devtools
, para lo cual debes ejecutar el siguiente código:
install.packages("devtools")
devtools::install_github("fisabio/fisabior")
fisabior
fisabior
es el nombre que nos hemos dado como grupo de usuarios de R dentro de la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO). A febrero de 2017, el grupo está compuesto por:
Si al igual que nosotros te encanta la estadística en R, o si tuvieras alguna duda acerca del grupo o su actividad, puedes contactarnos sin problema.
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