In carlosvergara/fisabioR: Funciones del Área de Desigualdades de FISABIO

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library(knitr)
opts_knit$set(root.dir = normalizePath("../../"))
options(
  formatR.arrow         = T,
  width                 = 70
)
opts_chunk$set(tidy       = T,
               dev        = "png",
               dpi        = 600,
               prompt     = F,
               fig.path   = "figuras/fig_",
               cache.path = "cache/chunk_",
               fig.width  = 6.5,
               fig.height = 4,
               cache      = T,
               par        = T,
               comment    = "#",
               warning    = F,
               message    = F)
source("../../configuracion/config.R")
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Sobre esta plantilla

La elaboración de esta plantilla se asocia al paquete de R fisabior, en el que puedes participar abiertamente como desarrollador de cara a mejorar el producto final. Este paquete empieza con el propósito de homogeneizar la elaboración de proyectos estadísticos en la fundación, así como el facilitar una estructura organizativa común que facilite tanto la búsqueda de información dentro de un proyecto, como la colaboración de otros estadísticos de FISABIO en un proyecto abierto.

Fruto de esta idea inicial, una de las primeras sugerencias que se recibieron y aceptaron fue la de crear una plantilla uniforme que sirviera de base para la elaboración de informes estadísticos, y como suele decirse de aquellos polvos estos lodos. Esta plantilla está pensada para ser trabajada directamente a través de R empleando knitr y rmarkdown.

Acerca de `knitr`

Para insertar elementos de código y decorarlos para que tengan vistosidad, se usará el paquete knitr junto con Markdown. Con knitr, en primer lugar hay que identificar los trozos de código, y para ello escribimos ```r, indicando que comienza la sección de código qu deseamos introducir y que el lenguaje de programación empleado es R, y ``` para indicar el final de la pieza de código. En la web del autor de knitr podrás encontrar un montón de ejemplos y de opciones útiles para obtener la salida deseada: p. ej., imagina que deseas mostrar únicamente un resultado y omitir el código, pues la solución es añadir echo = F en el encabezado (```r); o que deseas que la figura que se produzca con un plot(x) tenga un tamaño de 10cm x 5cm, pues ```r. Como ves, la sintaxis es muy sencilla y bastante intuitiva, aunque la mejor forma de asimilarlo es mediante un ejemplo:

source("configuracion/config.R")
library(sp)
library(RColorBrewer)
data("aragon_iam")
opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1))
paleta <- brewer.pal(6, "OrRd")
plot(aragon_iam,
  col = paleta[findInterval(with(aragon_iam@data, observada / esperada),
               c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10))])
legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"),
       title = "RME", fill = paleta, bty = "n")
par(opar)

kable(head(aragon_iam@data), digits = 2, align = rep("c", 7), caption = "Esto es una Tabla...")

Añadir imágenes

Para cargar imágenes que no procedan del código incrustado en el propio documento lo mejor es utilizar la función knitr::include_graphics("ruta/a/la/imagen") en un chunk de código estándar knitr::include_graphics("fisabior.png"), cuyo resultado es:

knitr::include_graphics(path = "figuras/logo-ccby.png")

Citas y referencias bibliográficas

Las referencias se generan directamente con Pandoc, siendo muy fácil introducirlas. P. ej., en cuanto a su número:

se pueden meter una [@Congdon2014] a una [@Daniels2008],
de dos [@Gelman2014; @Harrell2015] en dos [@Bivand2013; @Blangiardo2015],
a cascoporro [@Chang2012; @Duda2001; @Fawcett2006; @Greenland2008; @Lash2014],
o a cholón [@Congdon2014; @Daniels2008; @Gelman2014; @Harrell2015; @Bivand2013; @Blangiardo2015; @Chang2012; @Duda2001; @Fawcett2006; @Greenland2008; @Lash2014; @Lunn2012; @Matloff2016; @Rothman2008; @Wickham2015].

Respecto a su apariencia, se puede obtener una cita entre paréntesis o contextual, en función del comando que se use. P. ej.:

[@documento\_a\_citar]: tal cosa es así, al menos eso dice la literatura específica [@Fawcett2006],
[-@documento\_a\_citar]: Fawcett ya lo dijo en su momento [-@Fawcett2006],
@documento\_a\_citar: por otro lado, y siempre según [-@Fawcett2006], tal cosa no es así (en absoluto),