In carlosvergara/fisabioR: Funciones del Área de Desigualdades de FISABIO

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library(knitr)
opts_knit$set(root.dir = normalizePath("../../"))
options(formatR.arrow = T, width = 70)
opts_chunk$set(tidy       = F,
               prompt     = F,
               dev        = "svg",
               dpi        = 100,
               fig.path   = "figuras/fig_",
               cache.path = "cache/chunk_",
               fig.align  = "center",
               fig.show   = "hold",
               fig.width  = 10,
               fig.height = 5,
               cache      = T,
               par        = T,
               comment    = "#",
               warning    = F,
               message    = F)
source("../../configuracion/config.R")
bloque <- function(texto, tipo = "alerta") {
  stopifnot(is.character(texto))
  if (tipo == "alerta") {
    cat(paste('<div class="alerta">',
              '<i class="fa fa-exclamation-triangle fa-1x"',
              'style="color:#f44336" aria-hidden="true"></i>',
              texto, '</div>'), sep = "  ")
  } else if (tipo == "exito") {
    cat(paste('<div class="alerta exito">',
              '<i class="fa fa-check fa-1x',
              'text-danger" style="color:#4CAF50" aria-hidden="true"></i>',
              texto, '</div>'), sep = "  ")
  } else if (tipo == "info") {
    cat(paste('<div class="alerta info">',
              '<i class="fa fa-info fa-1x"',
              'style="color:#2196F3" aria-hidden="true"></i>',
              texto, '</div>'), sep = "  ")
  }
}
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Empezamos

Sobre esta plantilla

Esta es la plantilla base para la elaboración de presentaciones estadísticas en FISABIO. Todo lo que ves aquí es editable:

• bien sea de forma local (cambiando la configuración de la página o haciendo lo que se te pueda ocurrir para mejorar tu documento),
• o bien de forma genérica (lo que implica modificar no solo esta plantilla, sino también compartir tus sugerencias a través de nuestra cuenta de GitHub.

Manejo de la plantilla

Trabajando con R Markdown

Como siempre, la plantilla está en formato .Rmd, de forma que resulta extremadamente fácil generar una presentación con tablas, figuras o código de R. Por ejemplo, un chunk de código se vería tal que así:

source("configuracion/config.R")
data("aragon_iam")
opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1))
paleta <- brewer.pal(6, "OrRd")
plot(aragon_iam,
  col = paleta[findInterval(with(aragon_iam@data, observada / esperada),
               c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10))])
legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"),
       title = "RME", fill = paleta, bty = "n")
par(opar)

Imágenes

Imágenes nativas

Gracias a R Markdown, las figuras generadas desde el documento se pueden incluir de una forma sencilla. Esta figura procede de la ejecución del anterior código:

source("configuracion/config.R")
library(sp)
library(RColorBrewer)
data("aragon_iam")
opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1))
paleta <- brewer.pal(6, "OrRd")
plot(aragon_iam,
  col = paleta[
    findInterval(
    with(aragon_iam@data, observada / esperada),
    c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10)
    )
    ])
legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"),
       title = "RME cruda", fill = paleta, bty = "n")
par(opar)

Imágenes foráneas

Para cargar imágenes que no procedan del código incrustado en el propio documento lo mejor es utilizar la función knitr::include_graphics("ruta/a/la/imagen") en un chunk de código estándar:

knitr::include_graphics(path = "figuras/logo-ccby.png")

Tablas

Tablas con kable

Si buscas un arreglo rápido de tabla, prueba a utilizar la función knitr::kable(). No obstante, presenta algunos inconvenientes, en el sentido de una personalización limitada:

kable(aragon_iam@data[1:3, 3:7], digits = 2, align = c(rep("l", 3), rep("r", 2)),
      caption = "Esto es una Tabla...", format = "html", row.names = F,
      adding = 2)

Tablas con huxtable

Si buscas un arreglo más fino de la tabla, puedes emplear el paquete huxtable.

library(huxtable)
tabla <- as_hux(aragon_iam@data[1:3, 3:7], add_colnames = T)
bold(tabla)[1,]                <- TRUE
bottom_border(tabla)[c(1, 4),] <- TRUE
align(tabla)[,2]               <- 'right'
right_padding(tabla)           <- 10
left_padding(tabla)            <- 10
number_format(tabla)           <- 2
caption(tabla)                 <- "Esto es una Tabla..."
tabla

El resultado lo puedes consultar en la siguiente diapositiva.

Tablas con huxtable

Aquí va el ejemplo...

library(huxtable)
tabla <- as_hux(aragon_iam@data[1:3, 3:7], add_colnames = T)
bold(tabla)[1,]                <- TRUE
bottom_border(tabla)[c(1, 4),] <- TRUE
align(tabla)[,2]               <- 'right'
right_padding(tabla)           <- 10
left_padding(tabla)            <- 10
number_format(tabla)           <- 2
caption(tabla)                 <- "Esto es una Tabla..."
tabla

Otros elementos interesantes

Bloques de resaltado {.build}

Cuando se desee añadir un bloque de resaltado hay que abrir un chunk de código en R e introducir el texto a resaltar dentro de la función bloque(). Por ejemplo:

bloque("Bloque con texto de peligro", tipo = "alerta")
bloque("Bloque con texto de un logro", tipo = "exito")
bloque("Bloque con texto informativo", tipo = "info")

bloque("Bloque con texto de peligro", tipo = "alerta")
bloque("Bloque con texto de un logro", tipo = "exito")
bloque("Bloque con texto informativo", tipo = "info")

Presentación a dos columnas

Para lograr una presentación a dos columnas, hay que añadir, junto al título de la diapositiva (el que va precedido por ##): {.columns-2}. El único inconveniente es que no acaba de funcionar bien en Firefox, de modo que la presentación usando este truco debe hacerse en Chrome, Chromium, Safari, Opera o IE...

Esto es muy útil a la hora de trabajar con figuras, pues se puede añadir junto a ellas

• algo de texto,
• una pequeña tabla u,
• otra figura.

Presentación a dos columnas: un ejemplo {.columns-2}

knitr::include_graphics(path = "figuras/fisabior.png")

• Este logo,
• sí que mola,
• se merece,
• una ola...

Citas textuales

En el documento se pueden insertar citas textuales de más de unas pocas palabras (normalmente el límite se marca en 80 caracteres, aunque puede variar). P. ej.,:

Como dijo Jacinto el de mi pueblo

Yo digo muchas cosas, pero no sé de la misa la mitad...

--- Jacinto (el "miracielos")

Citas y referencias bibliográficas

Las referencias se generan directamente con Pandoc, siendo muy fácil introducirlas. Las referencias se añaden al final de forma automática.

P. ej., vamos a añadir las referencias contenidas en el archivo .bib asociado, y lo único que tenemos que hacer es:

• entre paréntesis: [@Gelman2014; @Wickham2015],
• sin paréntesis para autores: @Fawcett2006, @Blangiardo2015,
• sin mencionar al autor: [-@Bivand2013].

Referencias bibliográficas

Referencias

carlosvergara/fisabioR documentation built on May 13, 2019, 12:49 p.m.