AppShiny/participation/MoreMess/participation_Shiny.R

In cesco-lab/Vigie-Chiro_scripts: Predict Distribution Of Chiropter

#authors: Jean-François Julien and Yves Bas
#rm(list = ls())
#FileParticipation="./VigieChiro/exemples/TP_validationSaintEtienne2001/participation-A-observations.csv"
AppFolder="C:/Users/Yves Bas/Documents/Tadarida/Vigie-Chiro_scripts/Vigie-Chiro_scripts/AppShiny/participation"
FileParticipation="C:/Users/Yves Bas/Downloads/participation-595f85ae0e7a7c7004056fb0-observations.csv"
FileParticipation="C:/Users/Yves Bas/Downloads/participation-5f79cde5bf20810010a52fb4-observations.csv"
Syrinx=F
packages <- c("dplyr", "ggplot2", "ggvis", "shiny","data.table","lubridate","clipr")
if (length(setdiff(packages, rownames(installed.packages()))) > 0) {
  install.packages(setdiff(packages, rownames(installed.packages())))
}
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggvis)
library(shiny)
library(data.table)
library(lubridate)
library(clipr)
# options(graphics.record = TRUE)
# windows(record = TRUE)
SpeciesList=fread("SpeciesList.csv")
if(Syrinx){
wavdir <- choose.dir()
ConfigSyrinx=fread("exp384.dsp",sep=";")
}else{
  wavdir=""
  ConfigSyrinx=""
  
}
ms=4


#setwd("C:/Tadarida") ## R?pertoire de travail. A ADAPTER !
# Pour libérer un peu de mémoire, décommenter les 3 lignes suivantes:
# liste <- subset(ls(), !grepl("batcalls", ls()))
gc()
groupes=unique(SpeciesList$GroupFR)
especes=unique(SpeciesList$Esp)

#Chargement du fichier de sortie Tadarida Vigie-Chiro
print("CHARGEMENT DE LA PARTICIPATIOn A ANALYSER")

print("Choix du répertoire contenant les sons au format *.wav")

#find Syrinx location
#if(dir.exists("C:/Program Files (x86)/"))
#{
 # SyrinxLoc="C:/Program Files (x86)/syrinx/Syrinx.exe"
#}else{
 # SyrinxLoc="C:/Program Files/syrinx/Syrinx.exe"
#}




#wavdir <- "C:/wamp64/www"
##### Chargement des identifs Tadarida
AlleYoupi5=fread(FileParticipation)

# Pour prendre en compte les wav enregistr?s directement et pas "from wac". 4 caract?res de moins (pas de "_nnn" millisecondes) donc ms=4; devrait fonctionner avec l'EM3
#if   (substr(AlleYoupi5$`nom du fichier`[2],nchar(AlleYoupi5$`nom du fichier`[2])-7,nchar(AlleYoupi5$`nom du fichier`[2])-7) !="_") ms = 4 else ms = 0

####### Construction de la colonne DateHeure compatible POSIX
DateHeure <- substr(AlleYoupi5$`nom du fichier`,nchar(AlleYoupi5$`nom du fichier`)-22+ms,nchar(AlleYoupi5$`nom du fichier`)-8+ms)
DateHeure=ymd_hms(DateHeure,tz="Europe/Paris") 
  
  
  
#AlleYoupi5 <- cbind(AlleYoupi5, DateHeure)
AlleYoupi5$DateHeure=DateHeure
AlleYoupi5$Date_nuit=as.Date(DateHeure+12*3600)

tab.synt<-data.frame(table(AlleYoupi5$tadarida_taxon))
tab.synt<-tab.synt[order(tab.synt$Freq,decreasing=T),]
print ("#########################################################", quote = FALSE)
print(paste("fichier de données: ", basename(FileParticipation), sep=""), quote = FALSE )
print(paste("dossiers des sons WAV: ", wavdir, sep=""), quote = FALSE )
print ("#########################################################", quote = FALSE)
cat(rep("\n",2))
print ("Nombre de contacts par ID:", quote = FALSE)
print(tab.synt)
print ("Nombre de contacts par ID(lignes) par indice de confiance(colonnes):", quote = FALSE)
tab.synt3<-table(AlleYoupi5$tadarida_taxon,round(AlleYoupi5$tadarida_probabilite,1))
print ("#########################################################", quote = FALSE)
cat(rep("\n",2))
print ("Nombre de contacts par Espèce(lignes) par indice de confiance(colonnes):", quote = FALSE)
print(tab.synt3)
print ("#########################################################", quote = FALSE)
cat(rep("\n",2))
print ("Nombre de contacts par Espèce(lignes) par Nuit (colonnes):", quote = FALSE)
tab.synt4<-table(AlleYoupi5$tadarida_taxon,AlleYoupi5$Date_nuit)
print(tab.synt4)
##########  RETENIR pour une autre fois     as.data.frame.matrix()    pour transformer la table en data.frame. C'est la seule solution simple !! ######
##########  Fonction pour calculer l'heure de la nuit, après minuit > 24h
ampm <- function(x)
  x -as.integer(x>=12)*12 +as.integer(x<12)*12
##########
AlleYoupi5$Heure=hour(DateHeure)
AlleYoupi5$Heure_Midi <- ampm(AlleYoupi5$Heure)
tab.synt5<-table(AlleYoupi5$tadarida_taxon,AlleYoupi5$Heure_Midi,deparse.level = 0)
actparheure <- as.data.frame.matrix(tab.synt5)
## remet les heures "après midi en heures légales; affiche la table de contingence activité par heure.
heuresmidi <- as.numeric(colnames(actparheure))
heureslegales <- as.factor(ampm(heuresmidi))
colnames(actparheure) <- heureslegales
print ("#########################################################", quote = FALSE)
cat(rep("\n",2))
print ("Nombre de contacts par Espèce(lignes) par heure (moyennes sur toutes les nuits):", quote = FALSE)
print (actparheure)
# ContactsHeure=paste(dirTC,"ParHeure.csv", sep="")
# write.table(actparheure,ContactsHeure,sep=",",row.names=T,col.names=NA)
#shell.exec(ContactsHeure)

#Création de variables pour l'app Shiny
AlleYoupi5$Affiche <- paste(AlleYoupi5$`nom du fichier`, " sp: ", AlleYoupi5$tadarida_taxon, "Confiance: ", as.character(round(AlleYoupi5$tadarida_probabilite,1), sep=""))
AlleYoupi5$duree_sequence=AlleYoupi5$temps_fin-AlleYoupi5$temps_debut
test=match(AlleYoupi5$tadarida_taxon,SpeciesList$Esp)
AlleYoupi5$groupe=SpeciesList$GroupFR[test]


params <- c("frequence_mediane", "duree_sequence","temps_debut", "temps_fin")
AlleYoupi5=as.data.frame(AlleYoupi5)
AlleYoupi7 <- cbind(Grpe_corrige = NA, Esp_corrige = NA, AlleYoupi5) #tableau avec validations à sauver
AlleYoupi8 <- AlleYoupi7[0, ] #tableau qui s'affiche dans le dernier onglet de l'appli (validations faites)
submit0 <- 0 #initialisation du fichier sélectionner sur le graphe par click ?
gpnames <-append("Tous", sort(as.character(unique(AlleYoupi5$Groupe))))
spnames <-append("Toutes", sort(as.character(unique(AlleYoupi5$tadarida_taxon))))
timespan <- max(DateHeure) - min(DateHeure)
sliderlabel <- paste("Intervalle depuis: ", min(AlleYoupi5$DateHeure), "  jusqu'à ", max(AlleYoupi5$DateHeure), sep = "")
mintemps <- min(DateHeure)
maxtemps <- max(DateHeure)
fichierslash <- gsub("\\\\", "/", FileParticipation)
coupe <- unlist(strsplit(fichierslash,"/"))
titre <- substr(coupe[length(coupe)], 1, nchar(coupe[length(coupe)])-4)
fichiervu <- paste(titre, '_Vu.csv', sep = '')
runApp(AppFolder, launch.browser = TRUE)
write.csv2(AlleYoupi7,"AlleYoupi7.csv")
# todo:
# 1) contacts secondaires,
# OK 2) correction des SpMaxF2 via shiny,
# 3) détection des fichiers si dans le même dossier que le log ScanR.
# 4) plusieurs tabs avec input (upload) du log ScanR et
# lancement de Tadarida depuis shiny.