knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, results = 'asis') devtools::load_all()
r6obj_docstat <- rmddochelper::R6ClassDocuStatus$new() r6obj_docstat$set_current_status(psVersion = "0.0.901", psStatus = "Initialisation", psProject = "ZL_HS_2016") r6obj_docstat$include_doc_stat(psTitle = "## Document Status")
r6ob_abbrtable <- rmddochelper::R6ClassTableAbbrev$new() ### # include table of abbreviations only, if there are any if (!r6ob_abbrtable$is_empty_abbr()) r6ob_abbrtable$include_abbr_table(psAbbrTitle = "## Abbreviations")
Gegeben ist folgendes Pedigree
suppressPackageStartupMessages( library(pedigreemm) ) nNrAni <- 5 ped <- pedigree(sire = c(NA,NA,1,1,3), dam = c(NA,NA,2,2,4), label = 1:nNrAni) print(ped)
\begin{enumerate} \item[a)] Stellen Sie die additive genetische Verwandtschaftsmatrix für das oben dargestellte Pedigree auf. \end{enumerate}
\begin{enumerate} \item[b)] Welches der fünf Tiere im gezeigten Pedigree ist ingezüchtet und wie gross ist der Inzuchtkoeffizient $F_X$? (Bitte auch für nicht ingezüchtete Tiere den Inzuchtkoeffizienten angeben) \end{enumerate}
nSpecialAnimalIdx <- 5
\begin{enumerate}
\item[c)] Wir interessieren uns speziell für Tier $r nSpecialAnimalIdx
$. Welche Elemente der additiv genetischen Verwandtschaftsmatrix enthalten den Inzuchtkoeffizienten von Tier $r nSpecialAnimalIdx
$. Am besten geben Sie die Elemente der Matrix über die jeweiligen Zeilen- und Kolonnennummern an.
\end{enumerate}
Das R-Package pedigreemm
enthält ein paar Funktionalitäten zu Berechnungen mit Pedigrees. Wie alle R-packages, welche nicht mit der Grundversion von R mitkommen muss pedigreemm
mit dem Befehl
install.packages("pedigreemm")
installiert werden. Im Package pedigreemm
gibt es die Funktion getA()
, welche als Argument ein Objekt vom Typ pedigree
übernimmt und daraus die Verwandtschaftsmatrix $A$ berechnet. Ein pedigree
-Objekt wird mit der Funktion pedigree()
erstellt. Die Funktion pedigree()
braucht drei Vektoren als Argumente. Es sind dies die Vektoren
Auf der Hilfeseite von der Funktion pedigree
welche mit ?pedigree
aufgerufen wird, ist ganz am Schluss ein Beispiel angegeben, wie ein Pedigree in ein pedigree
-Objekt eingelesen wird.
Ihre Aufgabe: Überprüfen Sie die in Aufgabe 1 berechnete Verwandtschaftsmatrix $A$ mit der Funktion getA()
.
Die sogenannte Heatmap
kann als graphische Darstellung einer Verwandtschaftsmatrix verwendet werden. Die R-Statements sind in den Unterlagen beschrieben. Die Funktionen zur Erzeugung einer Heatmap
sind im R-package lattice
enthalten. Diese sollte schon mit der Basisversion von R dabei sein.
Versuchen Sie die Verwandtschaftsmatrix aus Aufgabe 1 als Heatmap
darzustellen.
Hinweis: Falls Sie die Verwandtschaftsmatrix mit der Funktion getA()
aus Package pedigreemm
erzeugen, dann müssen Sie das Resultat aus getA()
mit der Funktion as.matrix()
in eine Matrix verwandeln.
r6ob_abbrtable$writeToTsvFile()
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For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.