inst/netsim.mods.R

In dth2/EpiModelHIV_SHAMP: Epidemic Modeling of HIV Transmission among MSM, MSMF and Heterosexual Populations

rm(list=ls())
suppressMessages(library("EpiModelHIV"))
sourceDir("R/")

data(est)
data(st)
est
st
param <- param_msm(nwstats = st, 
                   ai.scale = 1.323,
                   prep.coverage = 0)
init <- init_msm(nwstats = st, 
                 prev.B = 0.253, 
                 prev.W = 0.253)
control <- control_msm(simno = 0.253, 
                       nsteps = 52,
                       nsims = 5, 
                       ncores = 1, 
                       save.nwstats = TRUE,
                       verbose.int = 1)
sim <- netsim(est, param, init, control)



at <- 1
dat <- initialize_msm(est, param, init, control, s = 1)
# dat <- reinit_msm(sim, param, init, control, s = 1)

at <- at + 1
dat <- aging_msm(dat, at)
dat <- deaths_msm(dat, at)
dat <- births_msm(dat, at)
dat <- test_msm(dat, at)
dat <- tx_msm(dat, at)
dat <- prep_msm(dat, at)
dat <- progress_msm(dat, at)
dat <- update_vl_msm(dat, at)
dat <- update_aiclass_msm(dat, at)
dat <- update_roleclass_msm(dat, at)
dat <- edges_correct_msm(dat, at)
dat <- updatenwp_msm(dat, at)
dat <- simnet_msm(dat, at)
dat <- disclose_msm(dat, at)
dat <- acts_msm(dat, at)
dat <- condoms_msm(dat, at)
dat <- riskhist_msm(dat, at)
dat <- position_msm(dat, at)
dat <- trans_msm(dat, at)
dat <- prevalence_msm(dat, at)
verbose_msm(dat, type = "progress", s = 1, at)