#' Curadoria dos Dados do e-SUS Notifica
#'
#' \code{clean_esus} é uma função genérica para o pré-processamento dos dados do e-SUS Notifica.
#'
#' @param dados Um data frame contendo os dados do e-SUS Notifica.
#'
#' @return A função retorna um data frame com dados tratados do e-SUS Notifica.
#'
#' @examples
#' esusve-uf <- clean_esus(esusve-uf)
#'
#' @export
#library(tidyverse)
#library(lubridate)
#library(abjutils)
#library(data.table)
#library(devtools)
#library(roxygen2)
clean_esus <- function(dados){
nomesVars <- names(dados)
# NOME COMPLETO
if("nomeCompleto" %in% nomesVars){
dados$nomeCompleto <- as.character(dados$nomeCompleto)
dados$nomeCompleto[dados$nomeCompleto == ""] <- NA
dados$nomeCompleto <- rm_accent(dados$nomeCompleto)
dados$nomeCompleto <- str_replace_all(dados$nomeCompleto, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$nomeCompleto <- str_to_upper(dados$nomeCompleto)
dados$nomeCompleto <- str_trim(dados$nomeCompleto, side = "both")
dados$nomeCompleto <- str_squish(dados$nomeCompleto)
}
# NOME DA MAE
if("nomeMae" %in% nomesVars){
dados$nomeMae <- as.character(dados$nomeMae)
dados$nomeMae[dados$nomeMae == ""] <- NA
dados$nomeMae <- rm_accent(dados$nomeMae)
dados$nomeMae <- str_replace_all(dados$nomeMae, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$nomeMae <- str_to_upper(dados$nomeMae)
dados$nomeMae <- str_trim(dados$nomeMae, side = "both")
dados$nomeMae <- str_squish(dados$nomeMae)
}
# NOME DO LOGRADOURO DE RESIDENCIA
if("logradouro" %in% nomesVars){
dados$logradouro <- as.character(dados$logradouro)
dados$logradouro[dados$logradouro == ""] <- NA
dados$logradouro <- rm_accent(dados$logradouro)
dados$logradouro <- str_replace_all(dados$logradouro, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$logradouro <- str_to_upper(dados$logradouro)
dados$logradouro <- str_trim(dados$logradouro, side = "both")
dados$logradouro <- str_squish(dados$logradouro)
}
# DATA DE NASCIMENTO
if("dataNascimento" %in% nomesVars){
dados$dataNascimento <- as_date(dados$dataNascimento)
dados$dataNascimento[dados$dataNascimento < as_date("1901-01-01")] <- NA
dados$dataNascimento[dados$dataNascimento > Sys.Date()] <- NA
}
# DATA DE INICIO DOS SINTOMAS
if("dataInicioSintomas" %in% nomesVars){
dados$dataInicioSintomas <- as_date(dados$dataInicioSintomas)
dados$dataInicioSintomas[dados$dataInicioSintomas < as_date("2020-01-01")] <- NA
dados$dataInicioSintomas[dados$dataInicioSintomas > Sys.Date()] <- NA
}
# DATA DA NOTIFICACAO
if("dataNotificacao" %in% nomesVars){
dados$dataNotificacao <- as_date(dados$dataNotificacao)
dados$dataNotificacao[dados$dataNotificacao < as_date("2020-01-01")] <- NA
dados$dataNotificacao[dados$dataNotificacao > Sys.Date()] <- NA
}
# DATA DO TESTE
if("dataTeste" %in% nomesVars){
dados$dataTeste <- as_date(dados$dataTeste)
dados$dataTeste[dados$dataTeste < as_date("2020-01-01")] <- NA
dados$dataTeste[dados$dataTeste > Sys.Date()] <- NA
}
# DATA DE ENCERRAMENTO
if("dataEncerramento" %in% nomesVars){
dados$dataEncerramento <- as_date(dados$dataEncerramento)
dados$dataEncerramento[dados$dataEncerramento < as_date("2020-01-01")] <- NA
dados$dataEncerramento[dados$dataEncerramento > Sys.Date()] <- NA
}
# DATA DA CRIACAO DO REGISTRO
if("_created_at" %in% nomesVars){
names(dados)[names(dados) == "_created_at"] <- "dataCriacao"
dados$dataCriacao <- as_date(dados$dataCriacao)
dados$dataCriacao[dados$dataCriacao < as_date("2020-01-01")] <- NA
dados$dataCriacao[dados$dataCriacao > Sys.Date()] <- NA
}
# DATA DA ATUALIZACAO DO REGISTRO
if("_updated_at" %in% nomesVars){
names(dados)[names(dados) == "_updated_at"] <- "dataAtualizacao"
dados$dataAtualizacao <- as_date(dados$dataAtualizacao)
dados$dataAtualizacao[dados$dataAtualizacao < as_date("2020-01-01")] <- NA
dados$dataAtualizacao[dados$dataAtualizacao > Sys.Date()] <- NA
}
# SEXO
if("sexo" %in% nomesVars){
dados$sexo[dados$sexo == "Indefinido"] <- NA
dados$sexo[dados$sexo == ""] <- NA
}
# RACA/COR
if("racaCor" %in% nomesVars){
dados$racaCor[dados$racaCor == ""] <- NA
}
# IDADE
if("idade" %in% nomesVars){
dados$idade <- as.integer(dados$idade)
dados$idade[dados$idade == 0] <- NA
}
# PROFISSIONAL DA SAUDE
if("profissionalSaude" %in% nomesVars){
dados$profissionalSaude <- rm_accent(dados$profissionalSaude)
dados$profissionalSaude <- str_replace_all(dados$profissionalSaude, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$profissionalSaude <- str_to_upper(dados$profissionalSaude)
dados$profissionalSaude <- str_trim(dados$profissionalSaude, side = "both")
dados$profissionalSaude <- str_squish(dados$profissionalSaude)
dados$profissionalSaude[dados$profissionalSaude == ""] <- NA
}
# PROFISSIONAL DA SEGURANCA
if("profissionalSeguranca" %in% nomesVars){
dados$profissionalSeguranca <- rm_accent(dados$profissionalSeguranca)
dados$profissionalSeguranca <- str_replace_all(dados$profissionalSeguranca, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$profissionalSeguranca <- str_to_upper(dados$profissionalSeguranca)
dados$profissionalSeguranca <- str_trim(dados$profissionalSeguranca, side = "both")
dados$profissionalSeguranca <- str_squish(dados$profissionalSeguranca)
dados$profissionalSeguranca[dados$profissionalSeguranca == ""] <- NA
}
# ESTRANGEIRO
if("estrangeiro" %in% nomesVars){
dados$estrangeiro <- rm_accent(dados$estrangeiro)
dados$estrangeiro <- str_replace_all(dados$estrangeiro, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$estrangeiro <- str_to_upper(dados$estrangeiro)
dados$estrangeiro <- str_trim(dados$estrangeiro, side = "both")
dados$estrangeiro <- str_squish(dados$estrangeiro)
dados$estrangeiro[dados$estrangeiro == ""] <- NA
}
# ESTADO DE RESIDENCIA
if("estado" %in% nomesVars){
dados$estado <- as.character(dados$estado)
dados$estado[dados$estado == ""] <- NA
dados$estado[dados$estado == "ACRE"] <- "AC"
dados$estado[dados$estado == "ALAGOAS"] <- "AL"
dados$estado[dados$estado == "AMAP?"] <- "AP"
dados$estado[dados$estado == "AMAZONAS"] <- "AM"
dados$estado[dados$estado == "BAHIA"] <- "BA"
dados$estado[dados$estado == "CEAR?"] <- "CE"
dados$estado[dados$estado == "DISTRITO FEDERAL"] <- "DF"
dados$estado[dados$estado == "ESP?RITO SANTO"] <- "ES"
dados$estado[dados$estado == "GOI?S"] <- "GO"
dados$estado[dados$estado == "MARANH?O"] <- "MA"
dados$estado[dados$estado == "MATO GROSSO"] <- "MT"
dados$estado[dados$estado == "MATO GROSSO DO SUL"] <- "MS"
dados$estado[dados$estado == "MINAS GERAIS"] <- "MG"
dados$estado[dados$estado == "PAR?"] <- "PA"
dados$estado[dados$estado == "PARA?BA"] <- "PB"
dados$estado[dados$estado == "PARAN?"] <- "PR"
dados$estado[dados$estado == "PERNAMBUCO"] <- "PE"
dados$estado[dados$estado == "PIAU?"] <- "PI"
dados$estado[dados$estado == "RIO DE JANEIRO"] <- "RJ"
dados$estado[dados$estado == "RIO GRANDE DO NORTE"] <- "RN"
dados$estado[dados$estado == "RIO GRANDE DO SUL"] <- "RS"
dados$estado[dados$estado == "ROND?NIA"] <- "RO"
dados$estado[dados$estado == "RORAIMA"] <- "RR"
dados$estado[dados$estado == "SANTA CATARINA"] <- "SC"
dados$estado[dados$estado == "S?O PAULO"] <- "SP"
dados$estado[dados$estado == "SERGIPE"] <- "SE"
dados$estado[dados$estado == "TOCANTINS"] <- "TO"
}
# ESTADO DE NOTIFICACAO
if("estadoNotificacao" %in% nomesVars){
dados$estadoNotificacao <- as.character(dados$estadoNotificacao)
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == ""] <- NA
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "ACRE"] <- "AC"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "ALAGOAS"] <- "AL"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "AMAP?"] <- "AP"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "AMAZONAS"] <- "AM"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "BAHIA"] <- "BA"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "CEAR?"] <- "CE"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "DISTRITO FEDERAL"] <- "DF"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "ESP?RITO SANTO"] <- "ES"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "GOI?S"] <- "GO"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "MARANH?O"] <- "MA"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "MATO GROSSO"] <- "MT"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "MATO GROSSO DO SUL"] <- "MS"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "MINAS GERAIS"] <- "MG"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "PAR?"] <- "PA"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "PARA?BA"] <- "PB"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "PARAN?"] <- "PR"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "PERNAMBUCO"] <- "PE"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "PIAU?"] <- "PI"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "RIO DE JANEIRO"] <- "RJ"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "RIO GRANDE DO NORTE"] <- "RN"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "RIO GRANDE DO SUL"] <- "RS"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "ROND?NIA"] <- "RO"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "RORAIMA"] <- "RR"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "SANTA CATARINA"] <- "SC"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "S?O PAULO"] <- "SP"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "SERGIPE"] <- "SE"
dados$estadoNotificacao[dados$estadoNotificacao == "TOCANTINS"] <- "TO"
}
# RESULTADO DO TESTE
if("resultadoTeste" %in% nomesVars){
dados$resultadoTeste <- as.character(dados$resultadoTeste)
dados$resultadoTeste <- rm_accent(dados$resultadoTeste)
dados$resultadoTeste <- str_replace_all(dados$resultadoTeste, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$resultadoTeste <- str_to_upper(dados$resultadoTeste)
dados$resultadoTeste <- str_trim(dados$resultadoTeste, side = "both")
dados$resultadoTeste <- str_squish(dados$resultadoTeste)
dados$resultadoTeste[dados$resultadoTeste == ""] <- NA
}
# ESTADO DO TESTE
if("estadoTeste" %in% nomesVars){
dados$estadoTeste <- as.character(dados$estadoTeste)
dados$estadoTeste <- rm_accent(dados$estadoTeste)
dados$estadoTeste <- str_replace_all(dados$estadoTeste, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$estadoTeste <- str_to_upper(dados$estadoTeste)
dados$estadoTeste <- str_trim(dados$estadoTeste, side = "both")
dados$estadoTeste <- str_squish(dados$estadoTeste)
dados$estadoTeste[dados$estadoTeste == "SOLICITADO"] <- "1-Solicitado"
dados$estadoTeste[dados$estadoTeste == "CONCLUIDO"] <- "2-Concluido"
dados$estadoTeste[dados$estadoTeste == "COLETADO"] <- "3-Coletado"
dados$estadoTeste[dados$estadoTeste == "EXAME NAO SOLICITADO"] <- "4-Nao Solicitado"
dados$estadoTeste[dados$estadoTeste == ""] <- NA
}
# TIPO DE TESTE
if("tipoTeste" %in% nomesVars){
dados$tipoTeste <- as.character(dados$tipoTeste)
dados$tipoTeste <- rm_accent(dados$tipoTeste)
dados$tipoTeste <- str_replace_all(dados$tipoTeste, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$tipoTeste <- str_to_upper(dados$tipoTeste)
dados$tipoTeste <- str_trim(dados$tipoTeste, side = "both")
dados$tipoTeste <- str_squish(dados$tipoTeste)
dados$tipoTeste[dados$tipoTeste == "RT PCR"] <- "1-RT_PCR"
dados$tipoTeste[dados$tipoTeste == "TESTE RAPIDO ANTICORPO"] <- "2-TR_Anticorpo"
dados$tipoTeste[dados$tipoTeste == "TESTE RAPIDO ANTIGENO"] <- "3-TR_Antigeno"
dados$tipoTeste[dados$tipoTeste == "ENZIMAIMUNOENSAIO ELISA IGM"] <- "4-ELISA"
dados$tipoTeste[dados$tipoTeste == "ENZIMAIMUNOENSAIO ELISA"] <- "4-ELISA"
dados$tipoTeste[dados$tipoTeste == "IMUNOENSAIO POR ELETROQUIMIOLUMINESCENCIA ECLIA IGG"] <- "5-ECLISA"
dados$tipoTeste[dados$tipoTeste == "IMUNOENSAIO POR ELETROQUIMIOLUMINESCENCIA ECLIA"] <- "5-ECLISA"
dados$tipoTeste[dados$tipoTeste == "QUIMIOLUMINESCENCIA CLIA"] <- "6-CLIA"
dados$tipoTeste[dados$tipoTeste == ""] <- NA
}
# CLASSIFICACAO FINAL
if("classificacaoFinal" %in% nomesVars){
dados$classificacaoFinal <- as.character(dados$classificacaoFinal)
dados$classificacaoFinal <- rm_accent(dados$classificacaoFinal)
dados$classificacaoFinal <- str_replace_all(dados$classificacaoFinal, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$classificacaoFinal <- str_to_upper(dados$classificacaoFinal)
dados$classificacaoFinal <- str_trim(dados$classificacaoFinal, side = "both")
dados$classificacaoFinal <- str_squish(dados$classificacaoFinal)
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == ""] <- NA
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "DESCARTADO"] <- "1-Descartado"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "CONFIRMACAO LABORATORIAL"] <- "2-Confirmado Laboratorial"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "CONFIRMADO LABORATORIAL"] <- "2-Confirmado Laboratorial"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "CONFIRMACAO CLINICO EPIDEMIOLOGICO"] <- "3-Confirmado Clinico-Epidemiologico"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "CONFIRMADO CLINICO EPIDEMIOLOGICO"] <- "3-Confirmado Clinico-Epidemiologico"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "CONFIRMADO CLINICO IMAGEM"] <- "4-Confirmado Clinico-Imagem"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "CONFIRMACAO CLINICO IMAGEM"] <- "4-Confirmado Clinico-Imagem"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "CONFIRMACAO CLINICO"] <- "5-Confirmado Clinico"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "CONFIRMADO CLINICO"] <- "5-Confirmado Clinico"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "CONFIRMADO POR CRITERIO CLINICO"] <- "5-Confirmado Clinico"
dados$classificacaoFinal[dados$classificacaoFinal == "SINDROME GRIPAL NAO ESPECIFICADA"] <- "6-SG Nao Especificada"
}
# EVOLUCAO CASO
if("evolucaoCaso" %in% nomesVars){
dados$evolucaoCaso <- as.character(dados$evolucaoCaso)
dados$evolucaoCaso <- rm_accent(dados$evolucaoCaso)
dados$evolucaoCaso <- str_replace_all(dados$evolucaoCaso, "[^[:alpha:]]", " ")
dados$evolucaoCaso <- str_to_upper(dados$evolucaoCaso)
dados$evolucaoCaso <- str_trim(dados$evolucaoCaso, side = "both")
dados$evolucaoCaso <- str_squish(dados$evolucaoCaso)
dados$evolucaoCaso[dados$evolucaoCaso == "CURA"] <- "1-Cura"
dados$evolucaoCaso[dados$evolucaoCaso == "OBITO"] <- "2-Obito"
dados$evolucaoCaso[dados$evolucaoCaso == "EM TRATAMENTO DOMICILIAR"] <- "3-Em tratamento domiciliar"
dados$evolucaoCaso[dados$evolucaoCaso == "INTERNADO"] <- "4-Internado"
dados$evolucaoCaso[dados$evolucaoCaso == "INTERNADO EM UTI"] <- "5-Internado em UTI"
dados$evolucaoCaso[dados$evolucaoCaso == "IGNORADO"] <- "6-Ignorado"
dados$evolucaoCaso[dados$evolucaoCaso == "CANCELADO"] <- "7-Cancelado"
dados$evolucaoCaso[dados$evolucaoCaso == ""] <- NA
}
## PARTE 2
# RESULTADO DO TESTE (2)
if("resultadoTeste" %in% nomesVars){
dados = dados %>% mutate(
resultadoTeste = case_when(classificacaoFinal == "2-Confirmado Laboratorial" ~ "POSITIVO",
TRUE ~ resultadoTeste))
}
# ESTADO DO TESTE (2)
if("estadoTeste" %in% nomesVars){
dados = dados %>% mutate(
estadoTeste = case_when(!is.na(resultadoTeste) ~ "2-Concluido",
is.na(resultadoTeste) & !is.na(dataTeste) ~ "3-Coletado",
TRUE ~ estadoTeste))
}
# CLASSIFICACAO FINAL (2)
if("classificacaoFinal" %in% nomesVars){
dados = dados %>% mutate(
classificacaoFinal = case_when(
resultadoTeste == "POSITIVO" ~ "2-Confirmado Laboratorial",
resultadoTeste != "POSITIVO" & classificacaoFinal == "2-Confirmado Laboratorial" ~ "3-Confirmado Clinico-Epidemiologico",
resultadoTeste == "NEGATIVO" & is.na(classificacaoFinal) ~ "1-Descartado",
TRUE ~ classificacaoFinal))
}
# PURGE LEVELS
dados <- droplevels(dados)
# RETURN
return(dados)
}
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