In fisabio/fisabior: Funciones del Área de Desigualdades de FISABIO
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## NO BORRAR ESTA SECCIÓN ##
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library(knitr)
options(
formatR.arrow = T,
width = 105,
tikzDefaultEngine = "xetex"
)
opts_chunk$set(tidy = F,
prompt = F,
fig.path = "figuras/fig_",
cache.path = "cache/chunk_",
fig.align = "center",
fig.show = "hold",
fig.pos = "h",
dev = "tikz",
fig.width = 10,
fig.height = 5,
cache = F,
par = T,
comment = "#",
warning = F,
message = F)
options(tikzMetricsDictionary = paste0(dirname(current_input(T)), "/figuras/tikzMetrics"))
knit_hooks$set(crop = hook_pdfcrop)
opts_knit$set(root.dir = paste0(dirname(current_input(T)), "/../../"),
base.dir = dirname(current_input(T)))
source("../../configuracion/config.R")
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## DESDE AQUÍ YA PUEDES BORRAR ##
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Sobre esta plantilla
La elaboración de esta plantilla se asocia al paquete de R fisabior, en el que puedes participar abiertamente como desarrollador de cara a mejorar el producto final. Este paquete empieza con el propósito de homogeneizar la elaboración de proyectos estadísticos en la fundación, así como el facilitar una estructura organizativa común que facilite tanto la búsqueda de información dentro de un proyecto, como la colaboración de otros estadísticos de FISABIO en un proyecto abierto.
Fruto de esta idea inicial, una de las primeras sugerencias que se recibieron y aceptaron fue la de crear una plantilla uniforme que sirviera de base para la elaboración de informes estadísticos, y como suele decirse de aquellos polvos estos lodos. Esta plantilla está pensada para ser trabajada directamente a través de R empleando knitr o, en caso de querer obviar ligeramente la complejidad de órdenes y comandos de \LaTeX, a través de rmarkdown:
- en el primero de los casos se crea un archivo
.Rnw a compilar desde R empleando knitr y se copian y pegan los archivos asociados a la plantilla (logotipo de los estadísticos de FISABIO e imagen de Creative Commons y unas referencias bibliográficas de muestra),
- la opción
rmarkdown crea un archivo .Rmd a compilar desde R empleando knitr, copiándose y pegándose los mismos archivos de respaldo.
Ambas opciones son igualmente válidas, aunque muy posiblemente la primera alternativa sea más apetecible para quienes deseen afinar mucho el aspecto del documento, tener un control absoluto del mismo o, sencillamente sean unos fanáticos de \LaTeX; mientras que la segunda puede ser más atractiva para quienes deseen elaborar un informe rápido, conformándose con las opciones marcadas por defecto (generan un resultado competitivo), y sin emplear --casi-- ninguna orden o comando de \LaTeX \space (casi, porque para retocar el acabado de algunas tablas, quizá haya que echar mano del paquete de R xtable el cual, pese a estar escrito en R, tiene infinitud de opciones \LaTeX).
Acerca de knitr
source("configuracion/config.R")
library(sp)
library(RColorBrewer)
data("aragon_iam")
opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1))
paleta <- brewer.pal(6, "OrRd")
plot(aragon_iam,
col = paleta[findInterval(with(aragon_iam@data, observada / esperada),
c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10))])
legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"),
title = "RME", fill = paleta, bty = "n")
par(opar)
Asimismo, además de figuras (como vimos anteriormente) también podemos crear tablas fácilmente gracias a la función knitr::kable(). De forma adicional, con la función xtable::xtable() se puede obtener un control mucho más fino del resultado.
Añadir imágenes
Para cargar imágenes que no procedan del código incrustado en el propio documento lo mejor es utilizar la función knitr::include_graphics("ruta/a/la/imagen") en un chunk de código estándar knitr::include_graphics("fisabior.png"), cuyo resultado es:
knitr::include_graphics(path = "figuras/logo-ccby.png")
Estructura de este documento
Como puedes ver, el documento inicial se estructura en secciones, así como secciones de 2º y 3er nivel. Por defecto, estas secciones vienen numeradas para poder hacer referencia a ellas de forma más eficaz aunque, como se dijo anteriormente, todo en este documento es editable. Echemos un vistazo a las posibilidades que ofrece la plantilla.
Citas textuales
En el documento se pueden insertar citas textuales de más de unas pocas palabras (normalmente el límite se marca en 80 caracteres, aunque puede variar). P. ej.,:
Como dijo Jacinto el de mi pueblo
\lipsum[1]
Tablas
Seguramente sea necesario añadir tablas, bien sean pequeñitas (p. ej., véase la \Cref{tab:1}, generada con el entorno table) o largas (p. ej., véase la \Cref{long:2}, generada con el entorno longtable).
\begin{table}[h!]
\centering
\caption{Esto es una tabla}
\label{tab:1}
\scalebox{0.9}{
\begin{tabular}{cll}
\toprule
$i$ & $x_i$ & $y_i = f(x_i)$ \
\midrule
1 & $x_0 = 0$ & $0$ \
2 & $x_1 = 0.75$ & $-0.0409838$ \
3 & $x_2 = 1.5$ & $1.31799$ \
\bottomrule
\end{tabular}
}
\end{table}
\begin{longtable}{lcr}
\caption{Esto es una tabla más larga, que coincide con el final de una página. Además, tiene una leyenda bastante larga, que ocupa un mínimo de dos líneas, para ver cómo quedaría una vez compilado\label{long:2}} \
\toprule
\multicolumn{1}{c}{\textbf{Tiempo}} &
\multicolumn{1}{c}{\textbf{Combinación}} &
\multicolumn{1}{c}{\textbf{Otros combinaciones}} \
\midrule
\endfirsthead
\multicolumn{3}{c}{\small {\bfseries \tablename \space \thetable{}.} Continuación.} \
\toprule
\multicolumn{1}{c}{\textbf{Tiempo}} &
\multicolumn{1}{c}{\textbf{Combinación}} &
\multicolumn{1}{c}{\textbf{Otros combinaciones}} \
\midrule
\endhead
\bottomrule \multicolumn{3}{r}{\small Continúa en la página siguiente.} \
\endfoot
\bottomrule
\multicolumn{3}{l}{\small Aquí iría el pie de tabla definitivo.} \
\endlastfoot
\centering
% Contenido de la tabla.
0 & (1, 11, 13725) & (1, 12, 10980), (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (3, 1, 0) \
2745 & (1, 12, 10980) & (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
5490 & (1, 12, 13725) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
8235 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
10980 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
13725 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
16470 & (1, 13, 16470) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
19215 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
21960 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
24705 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
27450 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
30195 & (2, 2, 2745) & (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
0 & (1, 11, 13725) & (1, 12, 10980), (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (3, 1, 0) \
2745 & (1, 12, 10980) & (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
5490 & (1, 12, 13725) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
8235 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
10980 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
13725 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
16470 & (1, 13, 16470) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
19215 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
21960 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
24705 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
27450 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
30195 & (2, 2, 2745) & (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
0 & (1, 11, 13725) & (1, 12, 10980), (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (3, 1, 0) \
2745 & (1, 12, 10980) & (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
5490 & (1, 12, 13725) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
8235 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
10980 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
13725 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
16470 & (1, 13, 16470) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
19215 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
21960 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
24705 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
27450 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
30195 & (2, 2, 2745) & (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
0 & (1, 11, 13725) & (1, 12, 10980), (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (3, 1, 0) \
2745 & (1, 12, 10980) & (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
5490 & (1, 12, 13725) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
8235 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
10980 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
13725 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
16470 & (1, 13, 16470) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
19215 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
21960 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
24705 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
27450 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \
30195 & (2, 2, 2745) & (2, 3, 0), (3, 1, 0)
\end{longtable}
Figuras
También se pueden añadir figuras (p. ej., \Cref{fig:1}). Para las figuras que no se hayan generado a raíz de la compilación del propio análisis estadístico en R, el formato recomendado es PDF (aunque, ciertamente, para una imagen con pocos elementos, un formato PNG o JPEG con una resolución como mínimo de 600x600 píxeles, es más que suficiente). Para aquellos gráficos que provengan directamente desde R, se recomienda marcar como opción de knitr global dev = "tikz", lo cual genera las figuras empleando el paquete de \LaTeX \space tikz, obtiéndose un resultado mucho más fino (por ejemplo, se evita una posible divergencia entre las fuentes empleadas desde R --opciones muy limitadas-- y \LaTeX \space --opciones virtualmente infinitas--).
\begin{figure}[h!]
\centering
\includegraphics[width = 5cm]{figuras/fisabior.png}
\caption{Un logo molón, y con una leyenda un poco larga (de un mínimo de dos líneas), para ver cómo quedaría una vez compilado. \ Además, se le ha añadido un segundo párrafo: estamos locos}
\label{fig:1}
\end{figure}
Referencias cruzadas con el paquete cleveref
Una de las pocas circunstancias en las que nos veremos obligados a emplear un par de comandos \LaTeX \space es a la hora de realizar referencias cruzadas dentro del propio documento. En principio, esto solo implica conocer dos comandos muy sencillos, de forma que no creemos que suponga una gran molestia para los usuarios de rmarkdown.
Para efectuar una referencia cruzada, resulta más adecuado usar el comando \cref (paquete cleveref) en lugar de \ref del paquete hyperref. Las ventajas que incorpora su uso son varias, entre las que se incluyen:
- se incluye el nombre del entorno en la referencia. P. ej., para obtener un resultado como `Tabla 1', los comandos y resultados al emplear ambos paquetes son:
hyperref: Tabla \ref{tab:1} produce Tabla \ref{tab:1},cleveref: \Cref{tab:1} produce \Cref{tab:1},- permite referenciar una secuencia de elementos del mismo entorno. P. ej., para obtener un resultado del tipo `Tablas 1 y 2', los comandos y resultados al emplear ambos paquetes son:
hyperref: Tablas \ref{tab:1} y \ref{long:2} produce Tablas \ref{tab:1} y \ref{long:2},cleveref: \Cref{tab:1,long:2} produce \Cref{tab:1,long:2},- es posible combinar referencias a entornos de diferente índole (tablas, figuras, ecuaciones, secciones, ...). P. ej., para obtener un resultado del tipo `Tablas 1 a 2 y Figura 1', los comandos y resultados al emplear ambos paquetes son:
hyperref: Tablas \ref{tab:1} y \ref{long:2} y Figura \ref{fig:1} produce Tablas \ref{tab:1} y \ref{long:2} y Figura \ref{fig:1},cleveref: \Cref{tab:1,long:2,fig:1} produce \Cref{tab:1,long:2,fig:1}.
Citas y referencias bibliográficas
Las referencias se generan con biblatex y biber, siendo muy fácil introducirlas. P. ej., en cuanto a su número:
- se pueden meter una [@Congdon2014] a una [@Daniels2008],
- de dos [@Gelman2014; @Harrell2015] en dos [@Bivand2013; @Blangiardo2015],
- a cascoporro [@Chang2012; @Duda2001; @Fawcett2006; @Greenland2008; @Lash2014],
- o a cholón [@Congdon2014; @Daniels2008; @Gelman2014; @Harrell2015; @Bivand2013; @Blangiardo2015; @Chang2012; @Duda2001; @Fawcett2006; @Greenland2008; @Lash2014; @Lunn2012; @Matloff2016; @Rothman2008; @Wickham2015].
Respecto a su apariencia, se puede obtener una cita entre paréntesis o sin ellos (contextual). P. ej., para una cita entre paréntesis normal y corriente, basta con usar [@documento\_a\_citar], si se desea citar únicamente el año, con [-@documento\_a\_citar] es suficiente, y si se quiere meter la cita como elemento del texto, con @documento\_a\_citar se consigue.
Apéndice A
En principio los apéndices están reservados para el trabajo directo desde \LaTeX, aunque en todo caso es posible añadir una sección final con este propósito (eso sí, teniendo en cuenta que el tratamiento si se desease construir una tabla de contenidos inicial será diferente).
Referencias bibliográficas
\setlength{\parindent}{-1cm}
\setlength{\leftskip}{1cm}
\noindent
fisabio/fisabior documentation built on May 16, 2019, 12:57 p.m.
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########################################################### ## NO BORRAR ESTA SECCIÓN ## ########################################################### library(knitr) options( formatR.arrow = T, width = 105, tikzDefaultEngine = "xetex" ) opts_chunk$set(tidy = F, prompt = F, fig.path = "figuras/fig_", cache.path = "cache/chunk_", fig.align = "center", fig.show = "hold", fig.pos = "h", dev = "tikz", fig.width = 10, fig.height = 5, cache = F, par = T, comment = "#", warning = F, message = F) options(tikzMetricsDictionary = paste0(dirname(current_input(T)), "/figuras/tikzMetrics")) knit_hooks$set(crop = hook_pdfcrop) opts_knit$set(root.dir = paste0(dirname(current_input(T)), "/../../"), base.dir = dirname(current_input(T))) source("../../configuracion/config.R") ########################################################### ## DESDE AQUÍ YA PUEDES BORRAR ## ###########################################################
Sobre esta plantilla
La elaboración de esta plantilla se asocia al paquete de R fisabior, en el que puedes participar abiertamente como desarrollador de cara a mejorar el producto final. Este paquete empieza con el propósito de homogeneizar la elaboración de proyectos estadísticos en la fundación, así como el facilitar una estructura organizativa común que facilite tanto la búsqueda de información dentro de un proyecto, como la colaboración de otros estadísticos de FISABIO en un proyecto abierto.
Fruto de esta idea inicial, una de las primeras sugerencias que se recibieron y aceptaron fue la de crear una plantilla uniforme que sirviera de base para la elaboración de informes estadísticos, y como suele decirse de aquellos polvos estos lodos. Esta plantilla está pensada para ser trabajada directamente a través de R empleando knitr o, en caso de querer obviar ligeramente la complejidad de órdenes y comandos de \LaTeX, a través de rmarkdown:
- en el primero de los casos se crea un archivo
.Rnwa compilar desde R empleando knitr y se copian y pegan los archivos asociados a la plantilla (logotipo de los estadísticos de FISABIO e imagen de Creative Commons y unas referencias bibliográficas de muestra), - la opción
rmarkdowncrea un archivo.Rmda compilar desde R empleandoknitr, copiándose y pegándose los mismos archivos de respaldo.
Ambas opciones son igualmente válidas, aunque muy posiblemente la primera alternativa sea más apetecible para quienes deseen afinar mucho el aspecto del documento, tener un control absoluto del mismo o, sencillamente sean unos fanáticos de \LaTeX; mientras que la segunda puede ser más atractiva para quienes deseen elaborar un informe rápido, conformándose con las opciones marcadas por defecto (generan un resultado competitivo), y sin emplear --casi-- ninguna orden o comando de \LaTeX \space (casi, porque para retocar el acabado de algunas tablas, quizá haya que echar mano del paquete de R xtable el cual, pese a estar escrito en R, tiene infinitud de opciones \LaTeX).
Acerca de knitr
source("configuracion/config.R") library(sp) library(RColorBrewer) data("aragon_iam") opar <- par(mar = c(1, 1, 1, 1)) paleta <- brewer.pal(6, "OrRd") plot(aragon_iam, col = paleta[findInterval(with(aragon_iam@data, observada / esperada), c(0, 0.1, 0.5, 1, 1.5, 2, 10))]) legend("topleft", c("<0.1", "0.1-0.5", "0.5-1", "1-1.5", "1.5-2", ">=2"), title = "RME", fill = paleta, bty = "n") par(opar)
Asimismo, además de figuras (como vimos anteriormente) también podemos crear tablas fácilmente gracias a la función knitr::kable(). De forma adicional, con la función xtable::xtable() se puede obtener un control mucho más fino del resultado.
Añadir imágenes
Para cargar imágenes que no procedan del código incrustado en el propio documento lo mejor es utilizar la función knitr::include_graphics("ruta/a/la/imagen") en un chunk de código estándar knitr::include_graphics("fisabior.png"), cuyo resultado es:
knitr::include_graphics(path = "figuras/logo-ccby.png")
Estructura de este documento
Como puedes ver, el documento inicial se estructura en secciones, así como secciones de 2º y 3er nivel. Por defecto, estas secciones vienen numeradas para poder hacer referencia a ellas de forma más eficaz aunque, como se dijo anteriormente, todo en este documento es editable. Echemos un vistazo a las posibilidades que ofrece la plantilla.
Citas textuales
En el documento se pueden insertar citas textuales de más de unas pocas palabras (normalmente el límite se marca en 80 caracteres, aunque puede variar). P. ej.,:
Como dijo Jacinto el de mi pueblo
\lipsum[1]
Tablas
Seguramente sea necesario añadir tablas, bien sean pequeñitas (p. ej., véase la \Cref{tab:1}, generada con el entorno table) o largas (p. ej., véase la \Cref{long:2}, generada con el entorno longtable).
\begin{table}[h!] \centering \caption{Esto es una tabla} \label{tab:1} \scalebox{0.9}{ \begin{tabular}{cll} \toprule $i$ & $x_i$ & $y_i = f(x_i)$ \ \midrule 1 & $x_0 = 0$ & $0$ \ 2 & $x_1 = 0.75$ & $-0.0409838$ \ 3 & $x_2 = 1.5$ & $1.31799$ \ \bottomrule \end{tabular} } \end{table}
\begin{longtable}{lcr} \caption{Esto es una tabla más larga, que coincide con el final de una página. Además, tiene una leyenda bastante larga, que ocupa un mínimo de dos líneas, para ver cómo quedaría una vez compilado\label{long:2}} \ \toprule \multicolumn{1}{c}{\textbf{Tiempo}} & \multicolumn{1}{c}{\textbf{Combinación}} & \multicolumn{1}{c}{\textbf{Otros combinaciones}} \ \midrule \endfirsthead
\multicolumn{3}{c}{\small {\bfseries \tablename \space \thetable{}.} Continuación.} \ \toprule \multicolumn{1}{c}{\textbf{Tiempo}} & \multicolumn{1}{c}{\textbf{Combinación}} & \multicolumn{1}{c}{\textbf{Otros combinaciones}} \ \midrule \endhead
\bottomrule \multicolumn{3}{r}{\small Continúa en la página siguiente.} \ \endfoot
\bottomrule \multicolumn{3}{l}{\small Aquí iría el pie de tabla definitivo.} \ \endlastfoot \centering
% Contenido de la tabla. 0 & (1, 11, 13725) & (1, 12, 10980), (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (3, 1, 0) \ 2745 & (1, 12, 10980) & (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 5490 & (1, 12, 13725) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 8235 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 10980 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 13725 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 16470 & (1, 13, 16470) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 19215 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 21960 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 24705 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 27450 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 30195 & (2, 2, 2745) & (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 0 & (1, 11, 13725) & (1, 12, 10980), (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (3, 1, 0) \ 2745 & (1, 12, 10980) & (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 5490 & (1, 12, 13725) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 8235 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 10980 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 13725 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 16470 & (1, 13, 16470) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 19215 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 21960 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 24705 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 27450 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 30195 & (2, 2, 2745) & (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 0 & (1, 11, 13725) & (1, 12, 10980), (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (3, 1, 0) \ 2745 & (1, 12, 10980) & (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 5490 & (1, 12, 13725) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 8235 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 10980 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 13725 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 16470 & (1, 13, 16470) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 19215 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 21960 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 24705 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 27450 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 30195 & (2, 2, 2745) & (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 0 & (1, 11, 13725) & (1, 12, 10980), (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (3, 1, 0) \ 2745 & (1, 12, 10980) & (1, 13, 8235), (2, 2, 0), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 5490 & (1, 12, 13725) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 8235 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 10980 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 13725 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 16470 & (1, 13, 16470) & (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 19215 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 21960 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 24705 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 27450 & (1, 12, 16470) & (1, 13, 13725), (2, 2, 2745), (2, 3, 0), (3, 1, 0) \ 30195 & (2, 2, 2745) & (2, 3, 0), (3, 1, 0) \end{longtable}
Figuras
También se pueden añadir figuras (p. ej., \Cref{fig:1}). Para las figuras que no se hayan generado a raíz de la compilación del propio análisis estadístico en R, el formato recomendado es PDF (aunque, ciertamente, para una imagen con pocos elementos, un formato PNG o JPEG con una resolución como mínimo de 600x600 píxeles, es más que suficiente). Para aquellos gráficos que provengan directamente desde R, se recomienda marcar como opción de knitr global dev = "tikz", lo cual genera las figuras empleando el paquete de \LaTeX \space tikz, obtiéndose un resultado mucho más fino (por ejemplo, se evita una posible divergencia entre las fuentes empleadas desde R --opciones muy limitadas-- y \LaTeX \space --opciones virtualmente infinitas--).
\begin{figure}[h!] \centering \includegraphics[width = 5cm]{figuras/fisabior.png} \caption{Un logo molón, y con una leyenda un poco larga (de un mínimo de dos líneas), para ver cómo quedaría una vez compilado. \ Además, se le ha añadido un segundo párrafo: estamos locos} \label{fig:1} \end{figure}
Referencias cruzadas con el paquete cleveref
Una de las pocas circunstancias en las que nos veremos obligados a emplear un par de comandos \LaTeX \space es a la hora de realizar referencias cruzadas dentro del propio documento. En principio, esto solo implica conocer dos comandos muy sencillos, de forma que no creemos que suponga una gran molestia para los usuarios de rmarkdown.
Para efectuar una referencia cruzada, resulta más adecuado usar el comando \cref (paquete cleveref) en lugar de \ref del paquete hyperref. Las ventajas que incorpora su uso son varias, entre las que se incluyen:
- se incluye el nombre del entorno en la referencia. P. ej., para obtener un resultado como `Tabla 1', los comandos y resultados al emplear ambos paquetes son:
hyperref:Tabla \ref{tab:1}produce Tabla \ref{tab:1},cleveref:\Cref{tab:1}produce \Cref{tab:1},- permite referenciar una secuencia de elementos del mismo entorno. P. ej., para obtener un resultado del tipo `Tablas 1 y 2', los comandos y resultados al emplear ambos paquetes son:
hyperref:Tablas \ref{tab:1} y \ref{long:2}produce Tablas \ref{tab:1} y \ref{long:2},cleveref:\Cref{tab:1,long:2}produce \Cref{tab:1,long:2},- es posible combinar referencias a entornos de diferente índole (tablas, figuras, ecuaciones, secciones, ...). P. ej., para obtener un resultado del tipo `Tablas 1 a 2 y Figura 1', los comandos y resultados al emplear ambos paquetes son:
hyperref:Tablas \ref{tab:1} y \ref{long:2} y Figura \ref{fig:1}produce Tablas \ref{tab:1} y \ref{long:2} y Figura \ref{fig:1},cleveref:\Cref{tab:1,long:2,fig:1}produce \Cref{tab:1,long:2,fig:1}.
Citas y referencias bibliográficas
Las referencias se generan con biblatex y biber, siendo muy fácil introducirlas. P. ej., en cuanto a su número:
- se pueden meter una [@Congdon2014] a una [@Daniels2008],
- de dos [@Gelman2014; @Harrell2015] en dos [@Bivand2013; @Blangiardo2015],
- a cascoporro [@Chang2012; @Duda2001; @Fawcett2006; @Greenland2008; @Lash2014],
- o a cholón [@Congdon2014; @Daniels2008; @Gelman2014; @Harrell2015; @Bivand2013; @Blangiardo2015; @Chang2012; @Duda2001; @Fawcett2006; @Greenland2008; @Lash2014; @Lunn2012; @Matloff2016; @Rothman2008; @Wickham2015].
Respecto a su apariencia, se puede obtener una cita entre paréntesis o sin ellos (contextual). P. ej., para una cita entre paréntesis normal y corriente, basta con usar [@documento\_a\_citar], si se desea citar únicamente el año, con [-@documento\_a\_citar] es suficiente, y si se quiere meter la cita como elemento del texto, con @documento\_a\_citar se consigue.
Apéndice A
En principio los apéndices están reservados para el trabajo directo desde \LaTeX, aunque en todo caso es posible añadir una sección final con este propósito (eso sí, teniendo en cuenta que el tratamiento si se desease construir una tabla de contenidos inicial será diferente).
Referencias bibliográficas
\setlength{\parindent}{-1cm} \setlength{\leftskip}{1cm} \noindent
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