R/ListFaunaTals.camp.r

In fvgls/CampR: Libreria de funciones en R para el programa CAMP

#' Capturas y tallas mínima y máxima de grupos de especies para todos los lances de una campaña **permite incluir lances especiales**
#'
#' @description Muestras las abundancias totales **sin estratificar**, en número y peso y las tallas mínima y máxima de un grupo taxonómico de especies para todos los lances de una campaña. Hay que tener en cuenta que en numerosas especies de invertebrados no se toman datos de tallas, sobre todo históricamente, por lo que para estos taxones Lmin y Lmax resultan NA
#' @param gr Grupo de la especie: 1 peces, 2 crustáceos 3 moluscos 4 equinodermos 5 invertebrados. 6 desechos y no orgánicos no se puede incluir.
#' @param camp Campaña a representar en el mapa de un año comcreto (XX): Demersales "NXX", Porcupine "PXX", Arsa primavera "1XX" y Arsa otoño "2XX"
#' @param dns Elige el origen de las bases de datos: Porcupine "Pnew", Cantábrico "Cant, Golfo de Cádiz "Arsa" (únicamente para sacar datos al IBTS, no gráficos)
#' @param excl.sect Sectores a excluir como carácter, se pueden elegir tanto los sectores como estratos
#' @param profrange Si c(profmin,profmax) filtra por ese rango de profundidad, por defecto NA no filtra por profunidades, debe ser o NA o un rango con dos profundidades
#' @param incl2 Si T incluye los lances especiales "2"
#' @family ListadosFauna
#' @examples ListFaunaTals.camp(gr="1",camp="N90",dns="Cant",excl.sect=NA)
#' @examples ListFaunaTals.camp(gr="1",camp="N90",dns="Cant",excl.sect=NA,profrange=c(400,500))
#' @export
ListFaunaTals.camp<- function(gr="1",camp,dns,cor.time=TRUE,excl.sect=NA,profrange=NA,incl2=TRUE) {
  if (length(camp)>1) {stop("seleccionadas más de una campaña, no se pueden sacar resultados de más de una")}
  if (gr==6) {stop("No tiene sentido tallas de deshechos")}
  ch1<-DBI::dbConnect(odbc::odbc(), dns)
  listsps<-DBI::dbGetQuery(ch1,paste("select grupo,esp,lance,peso_gr,numero from FAUNA",camp," where grupo='",gr,"'",sep=""))
  talls<-DBI::dbGetQuery(ch1,paste0("select lance,esp,talla,numer,peso_m,peso_gr from NTALL",camp," where grupo='",gr,"'"))
  DBI::dbDisconnect(ch1)
  lan<-datlan.camp(camp,dns,redux=TRUE,excl.sect=excl.sect,incl2=incl2,incl0=FALSE)
  lan<-lan[,c("lance","sector","prof","weight.time")]
  lan$lance<-format(lan$lance,width = 3)
  talls$npond<-talls$numer*talls$peso_gr/talls$peso_m
  if (any(!is.na(excl.sect))) {
    lan$sector<-gsub("NA","N",lan$sector) # print(datos)
    for (i in 1:length(excl.sect)) {if (length(grep(excl.sect[i],as.character(lan$sector)))>0) lan<-lan[-grep(excl.sect[i],as.character(lan$sector)),]}
    lan$sector<-factor(as.character(lan$sector))
  }
  if (any(!is.na(profrange))) lan<-filter(lan,prof>min(profrange) & prof<max(profrange))
  dumb<-merge(listsps,lan)
  if (cor.time){
  dumb$peso<-dumb$peso_gr/dumb$weight.time
  dumb$num<-dumb$numero/dumb$weight.time
  }
  else
    {dumb$peso=dumb$peso_gr
    dumb$num=dumb$numero}
  dumbtal<-merge(dumb,talls,all.x = T)
  listaesp<-levels(factor(dumb$esp))
  ndat<-length(listaesp)
  if (sum(dim(tapply(dumb$num,dumb[,c(1,2)],sum)))==0) stop(paste("Ningún lance tras la exclusión de sector",ifelse(!is.na(excl.sect),excl.sect,profrange)))
  dumbtap<-rowSums(!is.na(tapply(dumb$numero,dumb[,c("esp","lance")],sum,na.rm=T)),na.rm=T)
  dumbpes<-round(rowMeans(tapply(dumb$peso,dumb[,c("esp","lance")],mean,na.rm=T),na.rm=T),1)
  dumbnum<-round(rowMeans(tapply(dumb$num,dumb[,c("esp","lance")],mean,na.rm=T),na.rm=T),1)
  dumbTpes<-round(rowSums(tapply(dumb$peso,dumb[,c("esp","lance")],sum,na.rm=T),na.rm=T),1)
  dumbTnum<-round(rowMeans(tapply(dumb$num,dumb[,c("esp","lance")],sum,na.rm=T),na.rm=T),1)
  dumbmax<-tapply(dumbtal$talla,dumbtal$esp,hablar::max_)
  dumbmin<-tapply(dumbtal$talla,dumbtal$esp,hablar::min_)
  dumbres<-data.frame(camp=camp,gr=gr,esp=as.numeric(listaesp),especie=NA,nlans=dumbtap,peso_gr=dumbpes,num=dumbnum,Tpes=dumbTpes,Tnum=dumbTnum,Lmin=dumbmin,Lmax=dumbmax)
#  dumbres<-data.frame(gr=NULL,esp=NULL,especie=NULL,nlans=NULL,num=NULL,peso_gr=NULL,Lmin=NULL,Lmax=NULL)
  for (i in 1:nrow(dumbres)) {
    dumbres$especie[i]<-buscaesp(dumbres$gr[i],dumbres$esp[i])
    }
  if (any(!is.na(profrange))) dumbres<-data.frame(camp=dumbres$camp,profmin=profrange[1],profrange[2],dumbres[,2:9])
  if (any(!is.na(excl.sect))) print(paste("Excluidos los sectores/estratos",excl.sect))
  dumbres[order(dumbres$peso_gr,decreasing=TRUE),]
}