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In ichimomo/frasyr: Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R

frasyr

- Fisheries Research Agency (FRA) provides the method for calculating sustainable yield (SY) with R - VPAを用いた資源量推定と，その推定結果をもとにしてMSYを基礎とした目標管理基準値を計算するためのRのパッケージです．開発途中のものであること，ご承知おきください．

使い方など

https://ichimomo.github.io/main/ に一括した情報へのリンクがあります

インストール方法

# devtoolsをインストールしていない人はインストールする
install.packages("devtools")

# マスター版（最新・安定版）をインストールする場合
devtools::install_github("ichimomo/frasyr")

# 開発中の最新版をインストールする場合（バグ可能性あり！）
# ref=""で開発中のブランチを指定します。だいたい、"dev"ブランチに開発中のものがあります
devtools::install_github("ichimomo/frasyr", ref="dev")

# 過去の安定版を指定してインストールする場合
# @以下にリリースバージョンを指定します
devtools::install_github("ichimomo/frasyr@v1.00")

# 以上の操作をしてfrasyrをインストールしてから、以下のコマンドで呼び出します
library(frasyr)

リリースバージョン

• v1.00 : future-rvpaから移動してきたほぼそのままのバージョン
• v1.10 : future.vpaにuse.MSEオプションを追加
• v1.20 : 2019年アジ・イワシ事前検討会用
• v2.00 : 2020年アジ・イワシ研究機関会議用(事前配布版)
• 将来予測のメイン関数をfuture.vpaからfuture_vpaに移行。基本的な使い方は以下のマニュアルのリンク先を参照のこと
• v2.01 : 2020年アジ・イワシ研究機関会議用(最終版)
• fit.parでL1の場合のSDをRMSEに統一
• v2.1.0.0 : 2020年度資源評価会議用プロトタイプバージョン
• VPAを用いたモデル診断スクリプトをvignetteに追加
• 途中でプラスグループが変わる（対馬マイワシ）VPAの計算を修正
• ほか、関数のテストを充実。

マニュアル

• VPAによる資源量推定　vignette
• VPAモデル診断スクリプト　vignette
• fitSR関数による再生産関係推定　vignette

これらはRコマンドで以下のようにしても見れます。

devtools::install_github("ichimomo/frasyr", ref="dev", build_vignettes=TRUE) # インストールするときにvignetteを作る（時間かかります）
library(frasyr)
vignette(package="frasyr") # 利用可能なvignetteを調べる
vignette("vpa",package="frasyr") # VPAの実施のしかた
vignette("Diagnostics-for-VPA",package="frasyr") # VPAのモデル診断

• 再生産関係のモデル診断 wiki
• 将来予測関数の使い方：wiki

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frasyr_tool群の全体説明はこちら

ichimomo/frasyr documentation built on Dec. 11, 2023, 12:50 a.m.