R/nkbc-primbeh-typ-40.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc40 <- list(
  code = "nkbc40",
  kortnamn = "nkbc_primbeh_typ_40",
  lab = c(
    sv = "Typ av primär behandling"
  ),
  pop = c(
    sv = "opererade fall utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Enbart opererade fall
      !is.na(op_kir_dat),

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      outcome = factor(d_prim_beh_Varde,
        levels = c(1L, 2L),
        labels = c(
          "Primär operation",
          "Preoperativ onkologisk behandling"
        )
      )
    )
  },
  sjhkod_var = "op_inr_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_trigrp", "d_nstad"),
  om_indikatorn = list(
    sv = paste(
      "Preoperativ (neoadjuvant) onkologisk behandling är aktuellt när reduktion av primärtumören önskas inför kirurgi och/eller utvärdering av behandlingseffekten med tumören kvar är en fördel.",
      "Tumörstorlek, spridning till lymfkörtlarna liksom biologisk subtyp påverkar val av preoperativ behandling eller ej, liksom typ av preoperativ behandling."
    )
  ),
  vid_tolkning = list(
    sv = "För fall med preoperativ onkologisk behandling är östrogenreceptoruttryck hämtat från nålsbiopsi innan behandling, i övriga fall från operation."
  ),
  inkl_beskr_onk_beh = FALSE, # Använder inte uppgifter från onkologi-formulär
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc40) <- "nkbcind"