R/nkbc-tackning-for-op-36.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

# Jfr https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-onlinerapporter/src/2018-05-19/nkbc36.R#lines-193

#' @export
nkbc36 <- list(
  code = "nkbc36",
  kortnamn = "nkbc_tackning_for_op_36",
  lab = c(
    sv = "Täckningsgrad för rapportering av operation",
    en = "Coverage for reporting surgery"
  ),
  pop = c(
    sv = "anmälda fall utan fjärrmetastas vid diagnos där planerad åtgärd är primär operation eller preoperativ onkologisk behandling",
    en = "reported cases without distant metastasis at diagnosis where the planned action is primary surgery or preoperative oncological treatment"
  ),
  pop_short = c(
    sv = "fall med planerad operation och utan fjärrmetastas vid diagnos",
    en = "cases with planned surgery and without distant metastasis at diagnosis"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      a_diag_dat >= "2021-07-01",

      # version < 2.5 (2021-06-09):
      # Planerad åtgräd är primär operation, preoperativ onkologisk behandling eller konservativ behandling
      a_planbeh_typ_Varde %in% c(1, 2) |
        # version >= 2.5 (2021-06-09):
        # Planerad åtgräd är primär operation eller preoperativ onkologisk behandling
        a_planbeh_typ_Varde %in% c(1, 4, 5),

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      outcome = !is.na(op_inr_dat) | !is.na(op_inr_enh)
    )
  },
  sjhkod_var = "d_opans_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_a_planbeh_typ"),
  comment =
    c(
      sv = "Variabeln för planerad åtgärd på formulär anmälan kompletterades i registret juni 2021 så att planerad preop onk beh (op planeras) kan särskiljas från planerad konservativ onk beh (op planeras ej). Rapporten inkluderad därför enbart fall diagnosiserade fr.o.m. andra halvåret 2021."
    ),
  om_indikatorn = list(
    sv = "Rapportering av operationsuppgifter sker på ett eget formulär till kvalitetsregistret, separat från anmälan.",
    en = "Information about surgery is reported on a separate form in NKBC, separately from the notification form."
  ),
  # vid_tolkning = list(
  #   sv = "Fall med planerad konservativ behandling ingår också i populationen för fall diagnosticerade innan juni 2021.",
  #   en = "Cases with planned conservative treatment are also included in the population for cases diagnosed before June 2021."
  # ),
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc36) <- "nkbcind"