R/DNA2AA.R

In samstroupe/DNA2AA: Translates DNA or RNA to Amino Acids

#' Translates DNA or RNA sequence to Amino Acids
#'
#' @param dna the sequence of DNA or RNA to be translated, must be divisible by 3
#' @examples
#' x <- "ATGCTGGGG"
#' Dna2AA(x)
#'
#'
#' @export

Dna2AA <- function(dna){
codon.table <- matrix(c("TTT", "TTC", "TTA", "TTG",
                    "CTT", "CTC", "CTA", "CTG",
                    "GTT", "GTC", "GTA", "GTG",
                    "ATT", "ATC", "ATA", "ATG",
                    "TCT", "TCC", "TCA", "TCG",
                    "CCT", "CCC", "CCA", "CCG",
                    "GCT", "GCC", "GCA", "GCG",
                    "ACT", "ACC", "ACA", "ACG",
                    "TAT", "TAC", "TAA", "TAG",
                    "CAT", "CAC", "CAA", "CAG",
                    "GAT", "GAC", "GAA", "GAG",
                    "AAT", "AAC", "AAA", "AAG",
                    "TGT", "TGC", "TGA", "TGG",
                    "CGT", "CGC", "CGA", "CGG",
                    "GGT", "GGC", "GGA", "GGG",
                    "AGT", "AGC", "AGA", "AGG",
                    "F", "F", "L", "L",
                    "L", "L", "L", "L",
                    "V", "V", "V", "V",
                    "I", "I", "I", "M",
                    "S", "S", "S", "S",
                    "P", "P", "P", "P",
                    "A", "A", "A", "A",
                    "T", "T", "T", "T",
                    "Y", "Y", "*", "*",
                    "H", "H", "Q", "Q",
                    "D", "D", "E", "E",
                    "N", "N", "K", "K",
                    "C", "C", "*", "W",
                    "R", "R", "R", "R",
                    "G", "G", "G", "G",
                    "S", "S", "R", "R"), 64, 2)

dna <- toupper(dna)
dna <- gsub("U","T", dna)
numcodons <- nchar(dna)/3
pos.codon <- seq(from=1, by=3, length.out = numcodons)

 results <- c()
for (i in 1:numcodons){
  cur.code <- substring(dna, pos.codon[i], pos.codon[i]+2)
  results <- c(results, codon.table[codon.table[,1]==cur.code, 2])
}
 return(results)
    }