Tests/SciServerUnitTests/CasJobsTest.R

In sciserver/SciScript-R: Package for accessing SciServer tools.

library(SciServer) 

token1 = Authentication.login(Authentication_loginName, Authentication_loginPassword);
  
test.CasJobs_getSchemaName<-function(){
    
  casJobsId = CasJobs.getSchemaName()
  checkTrue(casJobsId != "")
}
  
test.CasJobs_getTables<-function(){

  tables = CasJobs.getTables(context="MyDB")
}
  
test.CasJobs_executeQuery<-function(){

  df = CasJobs.executeQuery(sql=CasJobs_TestQuery, context=CasJobs_TestDatabase, format="dataframe")
  dfString = capture.output(write.csv(df,row.names=FALSE,quote=FALSE))
  dfString = paste(paste(dfString,collapse="\n"),"\n",sep="")
  checkTrue(dfString == CasJobs_TestTableCSV)
}
  
test.CasJobs_submitJob<-function(){

  res = try(CasJobs.executeQuery(sql=paste("DROP TABLE ", CasJobs_TestTableName1, sep=""), context="MyDB", format="dataframe"), silent=TRUE)
    
  jobId = CasJobs.submitJob(sql=paste(CasJobs_TestQuery, " into MyDB.", CasJobs_TestTableName1, sep=""), context="MyDB")
  checkTrue(jobId != "")
  jobDescription = CasJobs.waitForJob(jobId=jobId, verbose=TRUE)
  df = CasJobs.executeQuery(sql=paste("DROP TABLE ", CasJobs_TestTableName1, sep=""), context="MyDB", format="dataframe")
}
  
test.CasJobs_getJobStatus<-function(){
    
  jobId = CasJobs.submitJob(sql=CasJobs_TestQuery, context=CasJobs_TestDatabase)
  jobDescription = CasJobs.getJobStatus(jobId)
  checkTrue(jobDescription$JobID == jobId)
}
  
test.CasJobs_cancelJob<-function(){
    
  jobId = CasJobs.submitJob(sql=CasJobs_TestQuery, context=CasJobs_TestDatabase)
  isCanceled = CasJobs.cancelJob(jobId=jobId)
  checkTrue(isCanceled)
}
  
test.CasJobs_waitForJob<-function(){
    
  jobId = CasJobs.submitJob(sql=CasJobs_TestQuery, context=CasJobs_TestDatabase)
  jobDescription = CasJobs.waitForJob(jobId=jobId, verbose=TRUE)
  checkTrue(jobDescription$Status >= 3)
}
  
test.CasJobs_writeFitsFileFromQuery<-function(){
    
  res = try(file.remove(CasJobs_TestFitsFile), silent=TRUE)
    
  didWrite = CasJobs.writeFitsFileFromQuery(fileName=CasJobs_TestFitsFile, queryString=CasJobs_TestQuery, context="MyDB")
  checkTrue(didWrite)
  checkTrue(file.exists(CasJobs_TestFitsFile))
  file.remove(CasJobs_TestFitsFile)
}
  
test.CasJobs_uploadDataFrameToTable_uploadCSVDataToTable<-function(){
    
  res = try(CasJobs.executeQuery(sql=paste("DROP TABLE ", CasJobs_TestTableName2, sep=""), context="MyDB", format="dataframe"),silent=TRUE)
    
    
  df = fread(CasJobs_TestTableCSV)
  
  result = CasJobs.uploadDataFrameToTable(df, tableName=CasJobs_TestTableName2, context="MyDB")
  checkTrue(result)
  table = CasJobs.executeQuery(sql=paste("select * from ", CasJobs_TestTableName2, sep=""), context="MyDB", format="dataframe")
  checkEquals(df,table)
  result2 = CasJobs.executeQuery(sql=paste("DROP TABLE ", CasJobs_TestTableName2, sep=""), context="MyDB", format="dataframe")

  result = CasJobs.uploadCSVDataToTable(csv=CasJobs_TestTableCSV, tableName=CasJobs_TestTableName2, context="MyDB")
  checkTrue(result)
  df2 = CasJobs.executeQuery(sql=paste("select * from ", CasJobs_TestTableName2, sep=""), context="MyDB", format="dataframe")
  checkEquals(df,df2)
  result2 = CasJobs.executeQuery(sql=paste("DROP TABLE ", CasJobs_TestTableName2, sep=""), context="MyDB", format="dataframe")
}