R/2009/R/thesaurus2009.R

In scossin/IMthesaurusANSM: Thesaurus des Interactions Medicamenteuses de l ANSM

# setwd("../R")
rm(list=ls())
# classe parente
library(methods)
source("../../parsing_POO_thesaurus.R")

fichier_thesaurus_txt = "../TXT/thesaurus_2009.txt"
fichier_mol_seules_csv = "../CSV/mol_thesaurus_seules2009.csv"
fichier_mol_famille_csv = "../CSV/mol_famille_thesaurus2009.csv"

test <- new(Class = "Thesaurus",fichier_thesaurus_txt = fichier_thesaurus_txt,
            fichier_mol_seules_csv = fichier_mol_seules_csv
            ,fichier_mol_famille_csv=fichier_mol_famille_csv)

length(test$thesaurus)
test$retirer_premieres_lignes()
test$thesaurus[1:10]
test$thesaurus[1:10] <- ""
test$retirer_premieres_lignes()
### nombre de pages à diminuer
length(test$thesaurus)
## num page
test$retirer_num_page()
test$retirer_num_page()

## espace :
test$retirer_espace()
test$retirer_espace()

## retirer les accents
test$retirer_accent()

## certaines lignes sont seules :
test$retirer_bas_de_page("^ANSM")
test$retirer_bas_de_page("Interactions medicamenteuses - Thesaurus")
test$retirer_bas_de_page("www.ansm.sante.fr [0-9]+")

## 
test$pb_2009_famille_heparine()

##
test$lignes_entrees
test$set_lignes_entrees()
test$thesaurus[test$lignes_entrees]

##
test$verif_entrees()

test$verif_entrees2()



test$remove_entrees(nom_entree = "ANTI-INFECTIEUX ET INR")
test$remove_entrees(nom_entree = "ANTICANCEREUX ET INR")
test$remove_entrees(nom_entree = "ECG.")
test$verif_entrees2()

## df :
test$thesaurus_to_df()
nrow(test$df)

test$add_mecanisme_explication()

test$verif_interaction()

test$retire_AUTRES()

test$verif_interaction()

test$retire_MEDICAMENTS()

test$verif_interaction()

test$verif_mol_famille()

test$verif_famille_entrees()

test$contenu_description_hors_molecules()


test$replace_il_convient()

test$classifie_niveau()

voir <- test$verif_absence_de_niveau()

df <- test$df
test$df_sans_doublon()
test$create_manuellement()
df <- test$df
test$set_df_decompose()
test$check_decompose()

thesaurus2009 <- test
save(thesaurus2009, file="../../../data/thesaurus2009.rdata")