inst/doc/MetaMass.R

In stuchly/MetaMass: Tools for Mass Spectrometry data meta-analysis

### R code from vignette source 'MetaMass.rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: MetaMass.rnw:57-62 (eval = FALSE)
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## install.packages("devtools") ##  Install devtools from R
## library(devtools) ## load devtools
## install_github("stuchly/MetaMass") ## Install MetaMass
## library(MetaMass) ## load MetaMass
## vignette("MetaMass") ## see more detailed vignette


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### code chunk number 2: MetaMass.rnw:96-98
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filename<-system.file("extdata","Bileck.txt",package="MetaMass")
filename


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### code chunk number 3: MetaMass.rnw:127-128 (eval = FALSE)
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## analyze.MSfile(MSfile = "Data_Fig2a.txt", overlap=2, output = "Fig2a")


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### code chunk number 4: MetaMass.rnw:150-151 (eval = FALSE)
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## analyze.MSfile(MSfile = "Data_Fig2a.txt", overlap=2, output = "Fig2acurves", markers = c(3:8))


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### code chunk number 5: MetaMass.rnw:167-168 (eval = FALSE)
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## analyze.MSfile(MSfile = "Data_Fig2a.txt", overlap=2, output = "Fig2aUniGOoverlap", markers = 4)


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### code chunk number 6: MetaMass.rnw:183-184 (eval = FALSE)
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## analyze.MSfile(MSfile = "study4.txt", overlap=1, output = "study4", markers = 8)


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### code chunk number 7: MetaMass.rnw:194-195 (eval = FALSE)
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## analyze.MSfile(MSfile = c("study4.txt","study9.txt", "study10.txt"),  overlap=2, output = "study4910")


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### code chunk number 8: example 1
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library(MetaMass)
file2<-system.file("extdata","Data_Fig2a.txt",package="MetaMass")
analyze.MSfile(MSfile = file2, overlap=2, output = "Fig2a")


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### code chunk number 9: example 2
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library(MetaMass)
file2<-system.file("extdata","Data_Fig2a.txt",package="MetaMass")
analyze.MSfile(MSfile = file2, overlap=2, output = "Fig2acurves", markers = c(3:8))


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### code chunk number 10: example 3
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library(MetaMass)
file2<-system.file("extdata","Data_Fig2a.txt",package="MetaMass")
analyze.MSfile(MSfile = file2, overlap=2, output = "Fig2aUniGOoverlap", markers = 4)


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### code chunk number 11: example 4
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library(MetaMass)
study4<-system.file("extdata","Carvalho.txt",package="MetaMass")
analyze.MSfile(MSfile = study4, overlap=1, output = "study4", markers = 8)


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### code chunk number 12: example 5
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library(MetaMass)
study4_9_10<-system.file("extdata",c("Carvalho.txt","Bileck.txt","Thakar.txt"),package="MetaMass")
analyze.MSfile(MSfile = study4_9_10,  overlap=2, output = "study4910")


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### code chunk number 13: MetaMass.rnw:273-274 (eval = FALSE)
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## data_table<-read.table(filename,header=TRUE,sep="\t")


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### code chunk number 14: MetaMass.rnw:286-287 (eval = FALSE)
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## colnames(data_table)[sapply(data.table,is.numeric)]


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### code chunk number 15: MetaMass.rnw:305-307
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data(levelsC)
levelsC


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### code chunk number 16: MetaMass.rnw:327-334
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file2<-system.file("extdata","Data_Fig_1b.txt",package="MetaMass")

##cluster with respect MSfile only (cluster.metadata=FALSE by default)
res2<-analyze.MSfile(MSfile=file2,Metadata=c("Christoforou"),output="res2",markers=c(3:5))
data2<-get.data(res2,data.only=TRUE)
cls2_1<-get.clusters(res2,rID=1) #rID=1 annotation with respect to markers[1]; default
head(cls2_1)


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### code chunk number 17: MetaMass.rnw:344-345
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data2<-data.frame(data2,main_component1=cls2_1$main_component[data2$cluster])