Nothing
locCorot <-
function (macoquires) {
if (macoquires$isprox == 1) stop ("This function is only avalaible if Macoqui was run with presence/absence data ")
## Esta funcion puede tardar en obtener los resultados.
print ("This process can take some computing time.")
elcor <- macoquires$CorElementos
datos <- macoquires$datos
# ncor <- ncorotipos + npsg
ncor <- ncol(elcor) - 2
nvar <- nrow(elcor) - 1
nf <- nrow(datos)
nc <- ncol(datos)
mres <- array(0, dim=c(nf, 1 + 4*ncor))
aux <- array (0, dim=c(nvar))
vcor <- array (0, dim=c(nvar))
pcor <- array (0, dim=c(nvar)) # Pertenencia de la especie al corotipo
t_elcor <- t(elcor)
for (j in 1:ncor) {
# Valores de 'membresia al corotipo/grupo"
pcor <- t_elcor[2+j, 1:nvar]
# Para marcar que especies est?n en el corotipo/grupo j
vcor <- t_elcor[2, 1:nvar]
vcor [vcor!=j] <- 0
vcor [vcor == j ] <- 1 # Queda con 1 cuando pertenece a ci y 0, si no.
# C?lculos:
for (i in 1:nf) {
mres[i,1] <- i
aux <- sum(datos[i, ] * vcor )
mres[i,1+(j-1)*4+2] <- aux # SR
if (aux>0) mres[i,1+(j-1)*4+1] <- 1 # P
aux <- datos[i, ]* vcor * pcor
mres[i,1+(j-1)*4+3] <- max(datos[i, ] * pcor) # MMD
mres[i,1+(j-1)*4+4] <- sum(datos[i, ] * pcor) # FSR
}
}
#
# Etiquetas
#
p<-paste("P",1:ncor, sep="")
sr<-paste("SR",1:ncor, sep="")
mmd<-paste("MMD",1:ncor, sep="")
fsr<-paste("FSR",1:ncor, sep="")
et <- c("Loc", p, sr, mmd, fsr)
pos <- 1
et2<-et
for (i in 1:ncor) {
for (j in 1:4) {
pos <- pos + 1
et2[pos] <- et [1+i+(j-1)*ncor]
}
}
dimnames(mres) <- list(1:nf, et2)
print (mres)
macoquires[["locCorotipos"]] <- mres # Asignamos globalmente (<<) locCorotipos
# return (mres)
invisible (macoquires)
}
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