Files in BushmanLab/ltrparser
LTR Parser
.travis.yml
DESCRIPTION
LICENSE
R/ltr-parser.R
R/misc.R
R/test.R
R/unitTests.R
README.md
Rmd/ltr-parser.Rmd
config/genetherapy.config.tsv
config/hiv.config.tsv
data/HIV1_ALL_2018_ltr_DNA.fasta
data/lanl.ltr.1.bt2
data/lanl.ltr.2.bt2
data/lanl.ltr.3.bt2
data/lanl.ltr.4.bt2
data/lanl.ltr.fasta
data/lanl.ltr.rev.1.bt2
data/lanl.ltr.rev.2.bt2
subsample.sh
testdata/demo/csv/hivTest1_u3.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest1_u5.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest2_u3.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest2_u5.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest3_u3.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest3_u5.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest4_u3.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest4_u5.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest5_u3.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest5_u5.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest6_u3.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest6_u5.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest7_u3.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest7_u5.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest8_u3.R2.csv
testdata/demo/csv/hivTest8_u5.R2.csv
testdata/demo/fastq.gz/hivTest1_u3.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest1_u5.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest2_u3.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest2_u5.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest3_u3.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest3_u5.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest4_u3.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest4_u5.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest5_u3.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest5_u5.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest6_u3.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest6_u5.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest7_u3.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest7_u5.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest8_u3.R2.fastq.gz
testdata/demo/fastq.gz/hivTest8_u5.R2.fastq.gz
testdata/download.metadata.sh
testdata/testdata.tsv
