Files in CCSBT/sbtr

sbtr

R/TB11.table.mean.catch.r R/calc_MSYstuff.R R/om_compare_plus_group.R R/om_get_MSY.R R/om_get_all_files.R R/om_get_cov_est.R R/om_plot_NLL.R R/om_plot_PEN.R R/om_plot_SR.R R/om_plot_SSB.R R/om_plot_abundance_index_fits.R R/om_plot_age_fits.R R/om_plot_harvest_rates.R R/om_plot_length_fits.R R/om_plot_recruitment.R R/om_plot_shaded.R R/om_plot_tagging_fits.R R/om_table_likelihood.R R/plot.SR.R R/plot_ASP.R R/plot_Kobe.R R/plot_MSYstuff.R R/sbtr.version.R README.md man/calc.MSYstuff.R.Rd man/dot-onAttach.Rd man/get_MSY_vals.Rd man/get_all_files.Rd man/get_cov_est.Rd man/panel_cor.Rd man/panel_hist.Rd man/panel_smooth.Rd man/plot_ASP.Rd man/plot_ASP_projection.Rd man/plot_Australian_age_fits.Rd man/plot_Australian_age_fits_old.Rd man/plot_CPUE_fit_comparison.Rd man/plot_Indonesian_age_fits.Rd man/plot_Indonesian_selectivity.Rd man/plot_Kobe.Rd man/plot_Kobe_TRO.Rd man/plot_M_vector.Rd man/plot_NLL_by_M.Rd man/plot_NLL_by_m.Rd man/plot_NLL_by_mM.Rd man/plot_NLL_by_steepness.Rd man/plot_SR.Rd man/plot_SSB.Rd man/plot_SSB_compare.Rd man/plot_aerial_survey_fit_comparison.Rd man/plot_all_survey_fit.Rd man/plot_compare_plus_groups.Rd man/plot_harvest_rates.Rd man/plot_length_fits_LL.Rd man/plot_length_resid_LL.Rd man/plot_lev.Rd man/plot_numbers_at_age.Rd man/plot_pen_by_M0.Rd man/plot_pen_by_M10.Rd man/plot_pen_by_steepness.Rd man/plot_recruitment.Rd man/plot_recruitment_and_ssb.Rd man/plot_tagging_fits.Rd man/plot_tagging_fits_pooled.Rd man/plot_tagging_fits_pooled_compare.Rd man/plot_tagging_fits_same_age.Rd man/plot_tagging_fits_subsequent.Rd man/plot_troll_survey_fit.Rd man/plot_troll_survey_fit_comparison.Rd man/table_likelihood.Rd to_add_to_pkg/2013_07 Portland meeting scripts.r to_add_to_pkg/2014_06 Seattle meeting scripts.r to_add_to_pkg/Array of values.r to_add_to_pkg/CPUE by length.r to_add_to_pkg/CPUE.by.length.r to_add_to_pkg/Compare fits.r to_add_to_pkg/Compare recruitment.r to_add_to_pkg/Get.totalB.r to_add_to_pkg/IndoAgeFits.r to_add_to_pkg/LengthsLL1.r to_add_to_pkg/LengthsLL2.r to_add_to_pkg/LengthsLL3.r to_add_to_pkg/LengthsLL4.r to_add_to_pkg/MP_statsumm.R to_add_to_pkg/MP_statsumm_robust.R to_add_to_pkg/MSY values Grid sampled.r to_add_to_pkg/MSY values.r to_add_to_pkg/OLD ReadME single runs.r to_add_to_pkg/OLD Readme SBTproj.r to_add_to_pkg/OLD Readme compare plots.r to_add_to_pkg/OS14.Fig.Comp.Rec.B10.Catch.r to_add_to_pkg/OS14.Fig.Old.and.New.Rec.B10.SSB.r to_add_to_pkg/OS14NT18.Fig_Catch_SSB.R to_add_to_pkg/OS17.Fig.Old.and.New.Rec.B10.SSB.r to_add_to_pkg/Phase planes.r to_add_to_pkg/Plot.ASP.r to_add_to_pkg/Plot.MSY.cov.r to_add_to_pkg/Plot.SPR.r to_add_to_pkg/Plot.fromMSYstats.R to_add_to_pkg/Plot.meanF.r to_add_to_pkg/Plot.phase.plane.r to_add_to_pkg/Plot.surv.r to_add_to_pkg/PlotNLLComponents.r to_add_to_pkg/PlotNLLRecDecades.r to_add_to_pkg/PlotNLLbyM.r to_add_to_pkg/PlusGroup9by3.r to_add_to_pkg/Rec autocorrel pen.r to_add_to_pkg/Rec medians base.r to_add_to_pkg/Rec medians sensitivities.r to_add_to_pkg/Rec pen and dev by yr.r to_add_to_pkg/Recdev autocorrelation high vs low.r to_add_to_pkg/Recruitment.r to_add_to_pkg/SD residuals.r to_add_to_pkg/SSB and r quantiles.r to_add_to_pkg/SSB medians sensitivities.r to_add_to_pkg/SSB quantiles.r to_add_to_pkg/SSB ref points.r to_add_to_pkg/SSB10plus boxplots.r to_add_to_pkg/ShadedPlots.r to_add_to_pkg/Steepness vs Rdev autocorrelation.r to_add_to_pkg/SurveyIndexFits.r to_add_to_pkg/TB06.tradeoff.MPs.r to_add_to_pkg/TB06.tradeoff.r to_add_to_pkg/TB06.tradeoff_3tuning.r to_add_to_pkg/TB10.cpue.median.past.present.r to_add_to_pkg/TB10.recquantiles.r to_add_to_pkg/TB10.table.CPUE.quants.rel.R to_add_to_pkg/TB10.table.biomass.R to_add_to_pkg/TB10.worms.CPUE.r to_add_to_pkg/TB10.worms.SSB.r to_add_to_pkg/TB10.worms.aerial.r to_add_to_pkg/TB11.Bratio.boxplots.r to_add_to_pkg/TB11.C.medians.r to_add_to_pkg/TB11.C.percentiles.r to_add_to_pkg/TB11.SRquantiles.by.h.r to_add_to_pkg/TB11.SRquantiles.r to_add_to_pkg/TB11.SSB.percentiles.r to_add_to_pkg/TB11.SSBquantiles.r to_add_to_pkg/TB11.compare.group.stats.Doug.R to_add_to_pkg/TB11.compare.group.stats.Doug.r to_add_to_pkg/TB11.compare.group.stats.R to_add_to_pkg/TB11.compare.group.stats.r to_add_to_pkg/TB11.cpue.past.present.R to_add_to_pkg/TB11.filebases.r to_add_to_pkg/TB11.get.totalB.r to_add_to_pkg/TB11.med.all.base OUTPUTS.r to_add_to_pkg/TB11.med.all.base.r to_add_to_pkg/TB11.prob.C.updown.r to_add_to_pkg/TB11.prob.C.updown.v2.r to_add_to_pkg/TB11.table.C.prob.rel.mult.R to_add_to_pkg/TB11.table.SSB.prob.rel.mult.R to_add_to_pkg/TB11.table.SSB.prob.rel.r to_add_to_pkg/TB11.table.SSB.quants.rel.r to_add_to_pkg/TB11.table.big.Bali.r to_add_to_pkg/TB11.table.catch.quants.mean.r to_add_to_pkg/TB11.table.final.Bali.r to_add_to_pkg/TB11.table.mean.catch.r to_add_to_pkg/TB11.tradeoff.MPs.r to_add_to_pkg/TB11.wiggle v3.R to_add_to_pkg/TB11.wiggle v3.r to_add_to_pkg/TB11.worms.SSB.C.steepness.r to_add_to_pkg/TB11.worms.SSB.Catch.multiples.r to_add_to_pkg/TB14.SSBquantiles.r to_add_to_pkg/TB14.table.final.Seattle.r to_add_to_pkg/TableLikeRecDecades.r to_add_to_pkg/TableLikelihoodComponents v2.r to_add_to_pkg/TableLikelihoodComponents.r to_add_to_pkg/Tagging fits combine tagger groups.r to_add_to_pkg/Tagging fits same year.r to_add_to_pkg/Tagging fits subsequent.r to_add_to_pkg/_plot_SSB_medians.R to_add_to_pkg/add.polygon.r to_add_to_pkg/calc.RAM.database.R to_add_to_pkg/calc.SURPLUSstuff.R to_add_to_pkg/get.all.data.r to_add_to_pkg/get.all.files.r to_add_to_pkg/get.prj.r to_add_to_pkg/get.stats.R to_add_to_pkg/lkhdprof.R to_add_to_pkg/myboxes.r to_add_to_pkg/plot harvest rates.R to_add_to_pkg/plot.B10.SSB.R.compare.r to_add_to_pkg/plot.SPR.R to_add_to_pkg/plot.meanF.R to_add_to_pkg/plot.phase.plane.r to_add_to_pkg/read.admb.r to_add_to_pkg/resample.code.r to_add_to_pkg/resll.r to_add_to_pkg/sim.F.B10.r to_add_to_pkg/to_add_from_RH/DataFits_singlerun.R to_add_to_pkg/to_add_from_RH/SOL ONR 467.pdf to_add_to_pkg/to_add_from_RH/comb.distro.R to_add_to_pkg/to_add_from_RH/sumofbinomPOP.R to_add_to_pkg/write.MSY.dat.file.r update.R