Files in icr-ctl/animl
A Collection of ML Tools for Conservation Research
.Rbuildignore
.gitignore
DESCRIPTION
LICENSE
NAMESPACE
R/applyPredictions.R
R/bestGuess.R
R/convertCoordinates.R
R/dataManagement.R
R/detectMD.R
R/extractBoxes.R
R/fileManagement.R
R/generators.R
R/imagesFromVideos.R
R/loadMDModel.R
R/parseMD.R
R/parseMDjson.R
R/pipeline.R
R/plotBoxes.R
R/predictSpecies.R
R/sequenceClassification.R
R/setupDirectory.R
R/setupEnvironment.R
R/splitData.R
R/symlink.R
R/testMD.R
R/updateResults.R
R/utils-pipe.R
README.md
animl-env.yml
animl.Rproj
examples/FullWorkflow_animl.R
examples/TrainingWorkflow.R
examples/Zooniverse_Integration.R
examples/groundtruth.csv
examples/pipeline_example.R
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000001.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000002.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000003.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000004.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000005.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000006.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000007.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000008.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000009.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000010.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000011.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000012.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000013.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000014.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000015.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000016.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000017.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000018.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000019.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000020.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000021.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000022.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000023.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000024.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000025.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000026.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000027.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000028.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000029.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000030.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000031.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000032.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000033.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000034.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000035.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000036.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000037.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000038.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000039.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000040.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000041.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000042.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000043.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000044.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000045.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000046.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000047.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000048.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000049.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000050.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000051.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000052.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000053.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000054.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000055.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000056.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000057.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000058.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000059.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000060.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000008.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000009.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000010.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000011.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000012.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000013.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000014.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000015.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000016.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000017.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000018.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000019.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000020.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000021.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000022.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000023.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000024.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000025.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000026.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000027.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000028.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000029.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000030.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000031.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000032.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000033.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000034.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000035.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000036.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000037.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000038.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000039.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000040.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000041.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000042.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000043.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000044.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000045.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000046.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000047.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000048.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000049.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000050.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000051.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000052.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000053.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000054.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000055.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000056.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000057.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000058.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000059.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000060.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000061.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000062.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000063.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000064.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000065.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000066.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000067.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000068.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000069.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000070.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000071.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000072.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000073.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000074.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000075.AVI
examples/test_data/Southwest/2021-05-28_SYFR0041.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-06-30_SYFR0218.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-07-24_SYFR0655.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-08-08_RCNX0063.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-11-11_11110007.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-11-14_11150025.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-12-07_12080069.JPG
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0395.MP4
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0396.MP4
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0397.MP4
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0398.MP4
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0399.MP4
examples/test_data/Southwest/IMAG0004.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG0031.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG0046.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG0104.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG0107.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG1065.JPG
inst/animlenv.yml
man/ImageGenerator.Rd
man/ImageGeneratorSize.Rd
man/animl.Rd
man/applyPredictions.Rd
man/bestGuess.Rd
man/buildFileManifest.Rd
man/checkFile.Rd
man/convertCoordinates.Rd
man/cropImageGenerator.Rd
man/cropImageTrainGenerator.Rd
man/cropImages.Rd
man/detectObject.Rd
man/detectObjectBatch.Rd
man/extractBoxes.Rd
man/extractBoxesFromFlat.Rd
man/extractBoxesFromMD.Rd
man/getAnimals.Rd
man/getEmpty.Rd
man/imageAugmentationColor.Rd
man/imageAugmentationGeometry.Rd
man/imageLabel.Rd
man/imageLabelCrop.Rd
man/imagesFromVideos.Rd
man/loadData.Rd
man/loadImage.Rd
man/loadImageResize.Rd
man/loadImageResizeCrop.Rd
man/loadImageResizeSize.Rd
man/loadMDModel.Rd
man/parseMD.Rd
man/parseMDjson.Rd
man/pipe.Rd
man/plotBoxes.Rd
man/predictSpecies.Rd
man/processYOLO5.Rd
man/resizePad.Rd
man/saveData.Rd
man/sequenceClassification.Rd
man/setupDirectory.Rd
man/setupEnv.Rd
man/symUnlink.Rd
man/symlinkMD.Rd
man/symlinkSpecies.Rd
man/testMD.Rd
man/updateResults.Rd
