Files in icr-ctl/animl
A Collection of ML Tools for Conservation Research
.Rbuildignore
.gitignore
DESCRIPTION
LICENSE
NAMESPACE
R/classification.R
R/data_management.R
R/detect.R
R/file_management.R
R/link.R
R/old/applyPredictions.R
R/old/bestGuess.R
R/old/convertCoordinates.R
R/old/detect.R
R/old/extractBoxes.R
R/old/generator.R
R/old/loadMDModel.R
R/old/megadetector.R
R/old/parseMDjson.R
R/old/predictSpecies.R
R/old/setupEnvironment.R
R/plot_boxes.R
R/reid.R
R/sequence_classification.R
R/split.R
R/video_processing.R
README.md
animl-env.yml
animl.Rproj
examples/FullWorkflow_animl.R
examples/Southwest/2021-05-28_SYFR0041.JPG
examples/Southwest/2021-06-30_SYFR0218.JPG
examples/Southwest/2021-07-24_SYFR0655.JPG
examples/Southwest/2021-08-08_RCNX0063.JPG
examples/Southwest/2021-11-11_11110007.JPG
examples/Southwest/2021-11-14_11150025.JPG
examples/Southwest/2021-12-07_12080069.JPG
examples/Southwest/Africa Gate_B012_2021-05-27_1247_24303.jpg
examples/Southwest/African forest 2-9-2021.MOV
examples/Southwest/Asian Plains_S012_2022-08-25_1148_15344.jpg
examples/Southwest/B013_IMG_0005.JPG.jpeg
examples/Southwest/IMAG0004.JPG
examples/Southwest/IMAG0031.JPG
examples/Southwest/IMAG0046.JPG
examples/Southwest/IMAG0104.JPG
examples/Southwest/IMAG0107.JPG
examples/Southwest/IMAG1065.JPG
examples/Southwest/IMG_0006.MP4
examples/TrainingWorkflow.R
examples/Workflow_animl-py.R
examples/Zooniverse_Integration.R
examples/groundtruth.csv
examples/pipeline_example.R
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000001.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000002.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000003.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000004.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000005.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000006.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000007.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000008.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000009.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000010.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000011.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000012.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000013.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000014.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000015.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000016.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000017.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000018.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000019.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000020.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000021.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000022.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000023.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000024.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000025.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000026.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000027.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000028.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000029.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000030.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000031.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000032.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000033.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000034.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000035.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000036.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000037.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000038.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000039.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000040.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000041.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000042.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000043.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000044.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000045.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000046.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000047.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000048.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000049.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000050.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000051.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000052.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000053.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000054.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000055.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000056.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000057.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000058.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000059.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 1/EK000060.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000008.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000009.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000010.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000011.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000012.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000013.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000014.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000015.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000016.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000017.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000018.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000019.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000020.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000021.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000022.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000023.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000024.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000025.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000026.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000027.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000028.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000029.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000030.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000031.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000032.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000033.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000034.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000035.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000036.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000037.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000038.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000039.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000040.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000041.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000042.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000043.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000044.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000045.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000046.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000047.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000048.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000049.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000050.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000051.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000052.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000053.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000054.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000055.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000056.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000057.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000058.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000059.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000060.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000061.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000062.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000063.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000064.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000065.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000066.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000067.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000068.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000069.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000070.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000071.AVI
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000072.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000073.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000074.JPG
examples/test_data/Peru/S90/SDZG 2/EK000075.AVI
examples/test_data/Southwest/2021-05-28_SYFR0041.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-06-30_SYFR0218.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-07-24_SYFR0655.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-08-08_RCNX0063.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-11-11_11110007.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-11-14_11150025.JPG
examples/test_data/Southwest/2021-12-07_12080069.JPG
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0395.MP4
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0396.MP4
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0397.MP4
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0398.MP4
examples/test_data/Southwest/Culvert/IMG_0399.MP4
examples/test_data/Southwest/IMAG0004.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG0031.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG0046.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG0104.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG0107.JPG
examples/test_data/Southwest/IMAG1065.JPG
inst/animlenv.yml
man/WorkingDirectory.Rd
man/build_file_manifest.Rd
man/check_file.Rd
man/crop_images.Rd
man/detect_MD_batch.Rd
man/extract_embeddings.Rd
man/extract_frame_single.Rd
man/extract_frames.Rd
man/extract_frames_old.Rd
man/get_animals.Rd
man/get_empty.Rd
man/load_data.Rd
man/load_miewid.Rd
man/load_model.Rd
man/megadetector.Rd
man/parse_MD.Rd
man/plot_boxes.Rd
man/predict_species.Rd
man/remove_link.Rd
man/save_data.Rd
man/sequence_classification.Rd
man/single_classification.Rd
man/sort_MD.Rd
man/sort_species.Rd
man/update_labels.Rd
